日期 |
時間 |
授課題目 |
授課內(nèi)容 |
第一天 |
09:30-10:00 |
生物信息學(xué)與Perl語言概述 |
概括介紹生物信息學(xué)背景與Perl語言的概念及特點 |
10:00-10:20 |
軟件安裝與運行環(huán)境調(diào)試 |
Perl語言解釋器、編輯器安裝,Perl程序運行測試 | |
10:20-12:00 |
基本操作與基本概念 |
DOS、Unix命令行操作基本命令;Perl語言基本變量與操作符 | |
13:30-16:00 |
基本變量 |
變量、字符串賦值、基本運算等練習(xí) | |
第二天 |
09:30-12:00 |
基本語法結(jié)構(gòu) |
判斷結(jié)構(gòu);循環(huán)結(jié)構(gòu);練習(xí) |
13:30-16:00 |
數(shù)組及應(yīng)用 |
數(shù)組的概念及用法;練習(xí) | |
第三天 |
09:30-11:00 |
文件與文件夾操作 |
文件的讀入與輸入;文件夾操作;練習(xí) |
11:00-12:00 |
二維數(shù)組與hash表及應(yīng)用 |
二維數(shù)組概念、關(guān)聯(lián)數(shù)組(hash表)概念及用法;練習(xí) | |
13:30-16:00 |
常用函數(shù)及子程序 |
常用Perl語言基礎(chǔ)函數(shù)學(xué)習(xí);子程序概念與應(yīng)用;練習(xí) | |
第四天 |
09:30-12:00 |
正則表達(dá)式及生物信息學(xué)Perl程序?qū)嵗?/DIV> |
Perl特色功能正則表達(dá)式學(xué)習(xí)與應(yīng)用;生物信息學(xué)實例程序?qū)W習(xí);練習(xí) |
13:30-16:00 |
Bioperl簡介、CPAN簡介、常用生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫與軟件簡介 |
Bioperl簡介與安裝;Perl第三方代碼庫CPAN簡介;常用生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫簡介、數(shù)據(jù)類型與應(yīng)用;常用生物信息學(xué)軟件數(shù)據(jù)格式及軟件應(yīng)用簡介 | |
授課實例 |
1、生物學(xué)數(shù)據(jù)文件批量的合并、分隔、去冗余等。
2、生物信息序列數(shù)據(jù)fastq、fasta、genbank文件等格式轉(zhuǎn)換與批量自動化處理。
3、按個性化實驗需求,從生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫文件(如genbank、EMBL)中批量自動化提取特定數(shù)據(jù)信息。
4、表格矩陣型數(shù)據(jù)的行列轉(zhuǎn)換、特定數(shù)據(jù)信息的自動化過濾與數(shù)據(jù)篩選等。
5、二代測序原始數(shù)據(jù)的批量過濾處理,如barcode識別、質(zhì)量值過濾等。
6、基因、蛋白質(zhì)序列特定位點的識別,如起始、終止位點、ORF、motif、CDS等。
7、生物信息學(xué)數(shù)據(jù)序列特征提取與自動化統(tǒng)計,如GC百分含量、k-mer統(tǒng)計、基因反向互補(bǔ)轉(zhuǎn)換等。
8、生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫文件的批量自動化下載與信息提取(選學(xué))。 |
培訓(xùn)班類型:(可多選) |
□實用生物信息學(xué)培訓(xùn)班 □論文發(fā)表所需的圖表處理實用技能
□生物信息與宏基因組分析專題研討班 □Perl語言專題班
□實用生物信息技術(shù)及應(yīng)用(羅靜初教授主講) | ||||||||||||||||
姓名: |
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性別 |
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民族: |
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職稱: |
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身份證號 |
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工作單位: |
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住宿: |
是□;否□ | ||||||||||||||
研究方向: |
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報名時間: |
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通訊地址: |
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郵編: |
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固定電話: |
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手機(jī): |
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E-mail: |
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報名種類: |
A□ B□ (該選項僅報名生物信息培訓(xùn)班人員填寫) | ||||||||||||||||
對課程了解情況 |
☆☆☆☆☆ |
感興趣的課程: |
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信息渠道: |
□中心主頁 □郵件宣傳(張利英、員麗麗)□海報 □單頁 □銷售員 □丁香園 □生物論壇 □生物通郵件、主頁 □朋友推薦 | ||||||||||||||||
發(fā)票抬頭: |
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發(fā)票內(nèi)容: |
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住宿明細(xì) |
入住時間:
離店時間: |
房間類型 |
□大床間
□標(biāo)準(zhǔn)間(和 合。
□拼房(與其他學(xué)員拼標(biāo)準(zhǔn)間) | ||||||||||||||
備注: |
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