OpGen全基因組圖譜技術(shù)助力完成無油樟基因組項(xiàng)目

日前，由美國弗羅里達(dá)大學(xué)等科研機(jī)構(gòu)共同完成的“無油樟基因組”研究計(jì)劃，成功的繪制出了無油樟的完整基因組圖譜，首次解釋了被子植物在基因上與其他植物的區(qū)別，這或許可以解開“惱人”的被子植物起源之謎。這一項(xiàng)目的成果以三篇文章的形式，發(fā)表在12月19日的《Science》雜志上。

 

在該項(xiàng)研究中，研究人員首先利用羅氏454、Illumina對(duì)無油樟進(jìn)行了基因組測(cè)序。接下來為了盡可能高的提升序列拼接質(zhì)量，以及最大限度的減少缺口，研究人員采用了OpGen公司的全基因組圖譜技術(shù)（Whole Genome Mapping, WGM）來進(jìn)行測(cè)序序列拼接。借助OpGen的Genome-Builder™組件，DNA單分子酶切圖譜被結(jié)合到測(cè)序得到的骨架上，從而拼接出更大的超級(jí)骨架，最終將基因組Scaffold N50和N90分別提高了2倍和2.4倍，最大的骨架達(dá)到23Mb。而且，OpGen全基因組圖譜的拼接結(jié)果得到了FISH以及454 paired-end數(shù)據(jù)的驗(yàn)證。此外，研究人員還對(duì)無油樟進(jìn)行了全基因組圖譜的de novo拼接，并利用de novo拼接結(jié)果對(duì)NGS測(cè)序拼接結(jié)果來進(jìn)行校正。

 

更為重要的是，該研究還將OpGen全基因組圖譜技術(shù)的拼接數(shù)據(jù)與BAC-end sequence的拼接數(shù)據(jù)進(jìn)行了比較。結(jié)果顯示，無論是N50、N90還是骨架數(shù)量，OpGen全基因組圖譜技術(shù)都要優(yōu)于后者。文章中指出：“這些結(jié)果顯示，OpGen的GenomeBuilder™完全能夠取代BAC-end sequence的拼接方法�！薄氨狙芯克�展示的與全基因組圖譜技術(shù)相結(jié)合的序列拼接策略，被證明是一種成功的基因組研究策略，即使是面對(duì)比無油樟具有更加復(fù)雜重復(fù)結(jié)構(gòu)的基因組也完全能夠勝任�！�

 

這是OpGen的全基因組圖譜技術(shù)又一次在頂級(jí)期刊上證明其在基因組研究中的價(jià)值。此前，利用這項(xiàng)技術(shù)完成的山羊、絳蟲、梅花、靈芝等基因組研究就發(fā)表在《Nature》及其子刊上。而OpGen的全基因組圖譜技術(shù)在這些實(shí)際案例中的成功應(yīng)用，也證明了它無可比擬的成熟性與穩(wěn)定性。

 

 

OpGen全基因組圖譜技術(shù)，利用全自動(dòng)、高通量的方法，能夠?qū)�DNA單分子進(jìn)行限制性內(nèi)切酶圖譜分析，并將DNA單分子圖譜組裝成染色體水平甚至基因組水平的圖譜，即全基因組圖譜。目前，OpGen全基因組圖譜技術(shù)被廣泛用于基因組序列拼接、比較基因組學(xué)、微生物菌株分型等研究領(lǐng)域。其成功應(yīng)用物種已超過300種，發(fā)表文獻(xiàn)超過120篇，包括《Lancet》、《Nature》、《Science》、《PNAS》等頂級(jí)期刊。

 

 

自2010年起，上海吉泰遠(yuǎn)成生物科技有限公司成為OpGen公司中國區(qū)獨(dú)家代理商，全線代理OpGen的Argus™基因組光學(xué)圖譜系統(tǒng)。上海吉泰遠(yuǎn)成生物科技有限公司是一家專注于生命科學(xué)和生物技術(shù)領(lǐng)域的高科技企業(yè)，是國內(nèi)代理銷售生物試劑、儀器并自主研發(fā)生產(chǎn)的知名公司。目前公司已建立起全國性銷售、信息、物流網(wǎng)絡(luò)，總部設(shè)在上海。