伯豪生物獲批籌建上海市高通量疾病標(biāo)志物分析平臺(tái)

    近日，伯豪生物獲批籌建上海市高通量疾病標(biāo)志物篩選、驗(yàn)證和數(shù)據(jù)分析研發(fā)公共服務(wù)平臺(tái)。

    針對(duì)疾病標(biāo)志物篩選的研究熱度已持續(xù)數(shù)十年，目前，各類(lèi)重大疾病如惡性腫瘤、嚴(yán)重心腦血管疾病、遺傳性疾病等，常常是醫(yī)治花費(fèi)巨大，嚴(yán)重影響患者及其家庭的正常工作和生活，對(duì)患者和社會(huì)都造成巨大的負(fù)擔(dān)，因此針對(duì)疾病的生物標(biāo)志物篩選驗(yàn)證等一直是臨床研究和應(yīng)用的熱點(diǎn)。隨著高通量芯片技術(shù)、高通量測(cè)序技術(shù)、液體活檢等技術(shù)的成熟，也加快了疾病標(biāo)志物篩選和驗(yàn)證的研究速度。同時(shí)，作為高通量的技術(shù)，基因芯片和新一代測(cè)序?qū)�樣本進(jìn)行檢測(cè)后會(huì)產(chǎn)生大量數(shù)據(jù)。對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘，從中找出疾病相關(guān)的基因，是一項(xiàng)非常重要的工作。

    伯豪生物此次籌建上海市高通量疾病標(biāo)志物篩選、驗(yàn)證和數(shù)據(jù)分析研發(fā)公共服務(wù)平臺(tái)，旨在利用高通量平臺(tái)綜合技術(shù)和大數(shù)據(jù)存儲(chǔ)分析的優(yōu)勢(shì)，協(xié)助各類(lèi)研究機(jī)構(gòu)、企業(yè)、醫(yī)院、藥廠進(jìn)行高通量疾病標(biāo)志物篩選、驗(yàn)證和數(shù)據(jù)分析服務(wù)，從而為本區(qū)域的該類(lèi)高技術(shù)服務(wù)的集聚效應(yīng)提供支撐。

    該平臺(tái)的建立是伯豪生物領(lǐng)銜啟動(dòng)國(guó)家發(fā)展改革委基因檢測(cè)技術(shù)應(yīng)用示范中心之“高發(fā)腫瘤及遺傳性疾病基因檢測(cè)示范中心”之后的又一重點(diǎn)平臺(tái)工程項(xiàng)目。高通量疾病標(biāo)志物篩選、驗(yàn)證和數(shù)據(jù)分析研發(fā)公共服務(wù)平臺(tái)建立完成后，也將為“高發(fā)腫瘤及遺傳性疾病基因檢測(cè)示范中心”提供技術(shù)平臺(tái)支撐。

    平臺(tái)籌建完成后，將整合資源為上海和華東地區(qū)的合作伙伴，提供系統(tǒng)而全面的“高通量疾病標(biāo)志物篩選、驗(yàn)證和數(shù)據(jù)分析”解決方案。具體如下：

• 升級(jí)高通量基因芯片服務(wù)平臺(tái)，實(shí)現(xiàn)年3000—4000項(xiàng)目的服務(wù)能力。

    從基因組水平，篩選與重大疾病相關(guān)的基因，采用高通量基因分析檢測(cè)手段，如高通量樣本處理技術(shù)、高通量測(cè)序、高通量基因芯片、生物信息大數(shù)據(jù)分析等技術(shù)和設(shè)備，進(jìn)行全基因組掃描、大規(guī)模分析和運(yùn)算，篩選疾病候選基因。

• 建立數(shù)字化PCR、焦磷酸測(cè)序等驗(yàn)證服務(wù)平臺(tái)，進(jìn)行擴(kuò)大樣本的生物標(biāo)志物驗(yàn)證。

    對(duì)候選基因采用經(jīng)典的測(cè)序方法、熒光定量PCR方法、生物芯片方法、以及近幾年迅速發(fā)展的數(shù)字PCR方法等進(jìn)行多方面的校驗(yàn)，確定重大疾病患者樣本中高發(fā)頻率位點(diǎn)，構(gòu)建預(yù)測(cè)模型，并對(duì)構(gòu)建的預(yù)測(cè)模型采用新樣本進(jìn)行大樣本檢測(cè)和修正，確定模型的敏感性、特異性和準(zhǔn)確性。

• 提升生物信息計(jì)算、分析和存儲(chǔ)能力，建立基于web端的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)、分析和共享平臺(tái)，為用戶(hù)提供在線(xiàn)分析服務(wù)。

    提升生物信息服務(wù)器的集群計(jì)算、分析和存儲(chǔ)能力，建立數(shù)據(jù)分析體系，對(duì)高通量數(shù)據(jù)進(jìn)行分析和知識(shí)挖掘。依據(jù)數(shù)據(jù)流分析過(guò)程，開(kāi)發(fā)標(biāo)準(zhǔn)化、預(yù)處理、差異篩選、聚類(lèi)、功能模塊統(tǒng)計(jì)分析、可視化等常規(guī)算法。建立基于web端的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)、分析和共享平臺(tái)，為用戶(hù)提供在線(xiàn)分析服務(wù)。

• 建立標(biāo)準(zhǔn)化的服務(wù)平臺(tái)質(zhì)量管理體系，實(shí)驗(yàn)室信息管理體系和項(xiàng)目管理體系

    針對(duì)不同的子平臺(tái)技術(shù)特點(diǎn)，編寫(xiě)用于平臺(tái)操作的標(biāo)準(zhǔn)化流程，建成后的平臺(tái)，將具有規(guī)范的SOP體系、質(zhì)量管理體系、實(shí)驗(yàn)室信息管理體系和項(xiàng)目管理體系，有專(zhuān)業(yè)化的技術(shù)團(tuán)隊(duì)進(jìn)行專(zhuān)業(yè)化試驗(yàn)、數(shù)據(jù)分析操作。
 

• 關(guān)于上海市研發(fā)公共服務(wù)平臺(tái)

     建設(shè)上海研發(fā)公共服務(wù)平臺(tái)是《上海實(shí)施科教興市戰(zhàn)略行動(dòng)綱要》明確提出的一項(xiàng)戰(zhàn)略任務(wù)，是落實(shí)科學(xué)發(fā)展觀的重要舉措，也是上海建設(shè)創(chuàng)新型城市的重要支撐。研發(fā)平臺(tái)是運(yùn)用信息、網(wǎng)絡(luò)等現(xiàn)代技術(shù)構(gòu)建的開(kāi)放的科技基礎(chǔ)設(shè)施和公共服務(wù)體系，由科學(xué)數(shù)據(jù)共享、科技文獻(xiàn)服務(wù)、儀器設(shè)施共用、資源條件保障、試驗(yàn)基地協(xié)作、專(zhuān)業(yè)技術(shù)服務(wù)、行業(yè)檢測(cè)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)移服務(wù)、創(chuàng)業(yè)孵化服務(wù)和管理決策支持十大系統(tǒng)組成。

    作為國(guó)家科技基礎(chǔ)條件平臺(tái)的重要組成部分，上海研發(fā)公共服務(wù)平臺(tái)將有效整合集成上海及長(zhǎng)三角地區(qū)的研發(fā)資源，通過(guò)開(kāi)放儀器設(shè)施與研究基地，共享科學(xué)數(shù)據(jù)和科技文獻(xiàn)，提供專(zhuān)業(yè)技術(shù)、創(chuàng)業(yè)孵化、技術(shù)轉(zhuǎn)移等服務(wù)，促進(jìn)科技資源在全社會(huì)范圍內(nèi)的高效配置和共享利用，提升企業(yè)自主創(chuàng)新能力，降低創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)成本，加強(qiáng)產(chǎn)學(xué)研合作，系統(tǒng)優(yōu)化科技創(chuàng)新和產(chǎn)業(yè)化環(huán)境，提高上海綜合競(jìng)爭(zhēng)能力，增強(qiáng)上海的服務(wù)功能，促進(jìn)長(zhǎng)三角區(qū)域科技、經(jīng)濟(jì)和社會(huì)的可持續(xù)發(fā)展。