肝臟被稱為人體的“生命塔”,承擔著代謝,解毒,免疫,消化等重要的人體機能。肝臟擁有強大的代償功能,一般輕傷不下火線。但當今社會快速的工作節(jié)奏和不規(guī)律的生活習慣,使得肝損傷在現(xiàn)代人群中成為一種常態(tài),因此,關于肝損傷修復及其分子調控機制一直是學術研究熱點。
最近幾年利用譜系示蹤技術發(fā)現(xiàn),肝臟損傷后主要是通過肝細胞重編程的方式實現(xiàn)肝細胞的再生(并非來源于干細胞分化),即肝細胞在受到門靜脈肝臟損傷時,肝細胞去分化成肝祖細胞樣細胞(LPLCs),促進肝臟的再生。
但是關于肝細胞發(fā)生重編程的分子基礎,尤其是表觀遺傳調控機制,目前仍然不清楚。
7月3日,國際學術期刊Cell Stem Cell 在線發(fā)表了題為A Homeostatic Arid1a-Dependent Permissive Chromatin State Licenses Hepatocyte Responsiveness to Liver-Injury-Associated YAP Signaling 的研究論文。該研究成果由中國科學院分子細胞科學卓越創(chuàng)新中心/生物化學與細胞生物學研究所惠利健組與中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所李亦學組合作完成。
研究發(fā)現(xiàn):染色體重塑調控蛋白Arid1a維持一系列與干性和再生相關基因染色質呈開放的狀態(tài),當肝細胞受到損傷時,可幫助肝臟損傷活化的轉錄因子Yap入核,結合到染色質呈開放狀態(tài)的靶基因上,激活肝細胞重編程相關基因的表達,進而促進肝細胞去分化的發(fā)生。
本研究中發(fā)現(xiàn)的表觀遺傳修飾和轉錄因子活性協(xié)同調控細胞命運的機制,對于研究其它組織再生修復具有重要意義。
南模生物為該研究構建了Arid1a3xflag 和Yap3xflag小鼠模型。
該研究中,科研人員發(fā)現(xiàn)SWI/SNF復合物的關鍵組分Arid1a可特異的調控肝細胞重編程。若在肝細胞中特異性敲除Arid1a基因,會抑制肝臟門靜脈損傷所誘導的肝細胞去分化,導致肝臟的損傷修復出現(xiàn)缺陷。
Fig.1 門靜脈周圍損傷時,肝細胞向肝祖細胞樣細胞轉化所需的Arid1a
那Arid1a蛋白是如何在損傷再生的肝細胞中發(fā)揮作用呢?
鑒于Arid1a是染色質重塑復合體的重要組分,科研人員通過ATAC-seq技術研究染色質開放區(qū)域。發(fā)現(xiàn)Arid1a蛋白可與LPLC相關基因(誘導肝祖細胞樣細胞產生)的增強子區(qū)域結合,維持該系列基因染色質保持開放狀態(tài)。對靜息狀態(tài)下的Arid1a3xflag及喂食DDC造成肝損傷的Arid1a3xflag小鼠進行ChIP-qPCR分析,發(fā)現(xiàn):不管是靜息狀態(tài)還是肝損傷,Arid1a都可與LPLC相關基因結合。
Fig.2 Arid1a通過染色質重塑控制肝臟祖細胞樣細胞的形成
Arid1a蛋白在靜息狀態(tài)已經發(fā)揮功能,維持一系列與干性和再生相關的基因染色質保持開放的狀態(tài),賦予肝細胞及時應對損傷修復。當肝臟受到損傷時,Yap(一種關鍵的再生信號傳導途徑)會迅速入核,結合到染色質呈開放狀態(tài)的靶基因上,激活肝細胞重編程相關基因的表達,促進成熟肝細胞去分化為肝祖細胞樣細胞,實現(xiàn)肝臟的再生。
Fig.3 Arid1a介導的染色質預打開狀態(tài)是肝祖細胞樣細胞形成的基礎
Highlights
➤該研究利用Arid1a肝臟特異性敲除小鼠,發(fā)現(xiàn)Arid1a基因敲除會抑制肝細胞的去分化,導致肝臟的損傷修復出現(xiàn)缺陷,證明Arid1a在肝臟修復再生過程中發(fā)揮了重要作用。
➤ 該研究證明染色體重塑蛋白Arid1a維持肝細胞重編程基因在肝細胞中的開放狀態(tài),有利于轉錄因子結合,開啟重編程相關基因的表達,誘導重編程的發(fā)生,揭示了表觀遺傳修飾和轉錄因子活性協(xié)同調控細胞命運的機制。
➤該研究將染色體重塑蛋白Arid1a介導的表觀遺傳調控與在細胞干性和分化相關的Hipp/Yap信號通路建立了聯(lián)系。該研究發(fā)現(xiàn)Arid1a介導的重編程基因預打開,幫助了Yap對重編程相關基因的轉錄激活,使肝細胞具有響應Hippo/Yap信號通路潛能的分子基礎。
Fig.4 Arid1a調控損傷誘導的肝細胞重編程機制
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