近年來,單細胞測序技術的迅速發(fā)展和應用推廣,為科研人員從多維度揭示生物發(fā)育、腫瘤發(fā)生發(fā)展、感染與免疫,以及藥物研究等領域的科學問題提供了有力的工具。而在目前商業(yè)化的高通量單細胞測序技術之中,10x Genomics的Chromium平臺是應用最為廣泛的解決方案,助力國內(nèi)外的科研、轉(zhuǎn)化和應用機構(gòu)來解決復雜的生物學問題,從而改善人類健康。Chromium單細胞解決方案可從基因表達、染色質(zhì)可及性、細胞表面蛋白、免疫克隆型、抗原特異性以及CRISPR編輯等多個角度解析生物復雜性,實現(xiàn)真正的單細胞多組學分析。
10x Genomics的經(jīng)典款儀器Chromium Controller,輕巧便攜,是您實驗室自用、外出服務的必備神器,而于2020年推出的自動化建庫工作站Chromium Connect,從細胞懸液到可用于測序的文庫,可最大限度地減少不同用戶、不同樣品甚至不同地點的單細胞數(shù)據(jù)差異,大大提高實驗室效率。
然而,隨著單細胞測序的不斷發(fā)展,研究人員對能夠分析數(shù)十萬甚至數(shù)百萬細胞大規(guī)模研究的需求不斷增加,如研究免疫學和傳染病反應,對大腦和神經(jīng)系統(tǒng)等極其復雜的系統(tǒng)進行深入分析,對整個發(fā)育階段的細胞類型進行完整的圖譜分析,以及大規(guī)模單細胞 CRISPR 和藥物篩選等。而更高通量的研究往往耗時耗力、費用高昂,因此,如今10x Genomics Chromium X系列解決方案應運而生。
10x Genomics Chromium X是一種新型高通量單細胞測序文庫構(gòu)建解碼系統(tǒng),單次最多運行上百萬細胞,可大大降低檢測成本。那么它是怎么做到的呢,數(shù)據(jù)表現(xiàn)又如何?別著急,我們將通過Q&A形式為您一一揭曉~
Q 10x Chromium X如何實現(xiàn)單次運行百萬單細胞?
與10x 之前推出的兩款儀器Chromium Controller和Chromium Connect相同,最新推出的Chromium X系列產(chǎn)品也是基于Next GEM技術研發(fā),其核心之處在于采用先進的微流控技術,可在幾分鐘內(nèi)完成成千上萬個單細胞微滴生成和條形碼標記,而每個微滴都含有一個可識別的條形碼,便于下游分析。
而與之前的Controller和Connect兩款儀器的8通道,每個通道最多捕獲10,000個細胞不同的是,X儀器有16個通道,每個通道最多捕獲20,000個細胞,再結(jié)合10x的CellPlex多樣本混樣技術,每個通道最多可捕獲60,000個細胞,去除雙細胞率后,每張芯片最多可捕獲750,000個單細胞。
Q 10x Chromium X系列儀器有幾款,有什么區(qū)別?
10x Chromium X系列儀器有兩款,iX和X,兩款儀器外觀相同,但性能不同。X是最全能的一款儀器,從低通量LT到標準通量Standard到高通量HT全部兼容,具有超高的靈活性,無論是入門級的試點研究,還是進行大規(guī)模的超高通量實驗,都能完美兼容,并可運行多種應用如單細胞基因表達、免疫分析、ATAC及Multiome;iX可謂是X的入門款,兼容LT和Standard,可通過購買升級包直接升級到X,進而運行高通量試劑盒HT,實現(xiàn)單次運行百萬細胞。當然,iX比X價格更低,是一種經(jīng)濟實惠的選擇。
Q 單次實驗這么高的通量,成本究竟能降低多少?
10x Chromium X搭配高通量的試劑盒HT,可使總體實驗成本降低70-80%,單個細胞的成本降低多達7倍!
Q 使用10x Chromium X儀器的數(shù)據(jù)表現(xiàn)怎么樣?
1. 在Chromium Controller和X兩款儀器上運行標準通量產(chǎn)出數(shù)據(jù)對比
10x使用Standard標準通量的試劑盒分別在Chromium X和Chromium Controller上進行了不同應用(單細胞基因表達、免疫分析、ATAC及Multiome)的內(nèi)部測試實驗,兩者產(chǎn)生的數(shù)據(jù)非常相似,說明標準通量的試劑在兩款儀器上運行可產(chǎn)生基本一致的實驗結(jié)果。
2. 在10x Chromium X儀器上運行標準通量和高通量試劑產(chǎn)出數(shù)據(jù)對比
10x使用 Chromium X 和新 HT 試劑盒進行了一項內(nèi)部研究,以評估 7 種不同的藥物化合物對 2 種非小細胞肺癌細胞系隨時間的影響。結(jié)合CellPlex 技術,將來自相同處理的樣品進行混樣處理,并在Chromium X 上運行單細胞基因表達Standard和 HT 兩種解決方案。基因中位數(shù)和UMI檢出率以及UMAP圖中的聚類分析均表現(xiàn)出高度相似,二者的t-SNE投影圖也高度重疊。
然后用基因表達數(shù)據(jù)來注釋細胞群,主要的細胞亞型如 B 細胞、T 細胞、自然殺傷細胞和單核細胞,以及健康的肺細胞和腫瘤細胞,都可以很好地鑒定區(qū)分。疊加抗體數(shù)據(jù)后,健康的肺細胞如肺泡上皮細胞和纖毛細胞,在 HT 和標準方案中都能檢測到。但綠色的 ELF3+/EPCAM+ 細胞群僅存在于 HT得到的數(shù)據(jù)中,而單獨使用Standard方案無法檢測得到。說明高通量和標準通量可產(chǎn)生可比擬的數(shù)據(jù)結(jié)果,但高通量解決方案比標準通量更能檢測出稀有細胞類群。
Q 10x Chromium X可以用于哪些應用方向?
10x新的Chromium X 和單細胞高通量 HT 解決方案能夠在廣泛的研究領域?qū)崿F(xiàn)新的應用。從對不同患者群體的深度免疫組庫分析,到在癌癥樣本中尋找超稀有的腫瘤細胞,到構(gòu)建復雜的大腦和神經(jīng)系統(tǒng)的綜合圖譜,再到大規(guī)模的單細胞 CRISPR 篩選和藥物鑒定等。
10x Chromium X系列單細胞系統(tǒng)可以根據(jù)您需要的實驗規(guī)模開展任何10x Genomics單細胞實驗,并具有業(yè)界最高的通量靈活性,可分析數(shù)百至百萬級的細胞。俗話說早就是優(yōu)勢,早點邁入單細胞研究的新臺階,解鎖10x Chromium X為您帶來的無限可能,也就把握了高通量單細胞研究的先動優(yōu)勢。X系列現(xiàn)已接受預定,早預定早發(fā)貨,欲購從速!
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