多地發(fā)現(xiàn)變異新冠病毒感染者,溯源揭示完整傳播鏈

2020年末，在英國(guó)、南非等多個(gè)國(guó)家發(fā)現(xiàn)的變異新冠病毒，由于傳播力增強(qiáng)、致死率增高引發(fā)了全世界人民的廣泛關(guān)注。而近日，在我國(guó)新冠肺炎疫情防控進(jìn)入常態(tài)化防控階段，多地相繼出現(xiàn)散發(fā)、聚集或多點(diǎn)散發(fā)聚集疫情，其中也發(fā)現(xiàn)了變異新冠病毒感染者，再加上臨近春節(jié)，導(dǎo)致疫情防控形勢(shì)變得嚴(yán)峻而復(fù)雜。

在目前全球疫情確診人數(shù)屢創(chuàng)新高的背景下，我們無(wú)法獨(dú)善其身，進(jìn)口產(chǎn)品外包裝屢現(xiàn)新冠病毒的新聞也時(shí)刻提醒著我們新冠病毒仍沒(méi)有遠(yuǎn)去。近日，中國(guó)疾病預(yù)防控制中心病毒病預(yù)防控制所等機(jī)構(gòu)的研究人員分析對(duì)比了2020年4-11月的輸入病毒導(dǎo)致的十起本土疫情首例病例的新冠病毒基因特征，為我國(guó)新冠防控策略的制定以及后續(xù)新冠疫情的溯源提供了參考依據(jù)^[1]。
 

該研究對(duì)十株病毒基因組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行了詳細(xì)分析，包括：

• 新冠病毒的全基因組測(cè)序

• 使用CLC Genomics Workbench對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行全基因組拼接

• 將拼接結(jié)果與參考序列 (NC_045512.2) 比對(duì)

• 基于比對(duì)結(jié)果分析變異位點(diǎn)

• 選取GISAID數(shù)據(jù)庫(kù)特征性序列，構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)

結(jié)果表明，這十起本土疫情的首例病例基因組按照中國(guó)分型法可劃分為4個(gè)型，按照Pangolin 分型法可劃分為7 個(gè)型，與我國(guó)1-3月份武漢流行的毒株屬于不同基因型，不是本土SARS⁃CoV⁃2的持續(xù)傳播。與近期英國(guó)和南非變異株屬于不同基因型，無(wú)相關(guān)性。

病毒的全基因組測(cè)序方案目前主要有靶向測(cè)序和宏基因組測(cè)序兩種，其中的靶向測(cè)序是將基因組中病毒的核酸序列進(jìn)行靶向富集，然后進(jìn)行測(cè)序，具有靈活性高、特異性強(qiáng)、操作便捷、成本低等特點(diǎn)，彌補(bǔ)了宏基因組測(cè)序靈敏度不足和數(shù)據(jù)分析繁瑣等缺陷。QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel基于多重PCR技術(shù)，僅需1輪PCR即可有針對(duì)性的從復(fù)雜的背景信息里將新型冠狀病毒的全基因片段進(jìn)行完整的擴(kuò)增，再根據(jù)不同的測(cè)序需求進(jìn)行簡(jiǎn)單的文庫(kù)構(gòu)建即可上機(jī)測(cè)序。

QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel可以保留可能出現(xiàn)的變異序列信息，針對(duì)目前出現(xiàn)的變異新冠病毒，如英國(guó)發(fā)現(xiàn)的B.1.1.7以及南非發(fā)現(xiàn)的B.1.351，其病毒變異位點(diǎn)均可有效擴(kuò)增并檢出。

B.1.1.7突變株相關(guān)突變位點(diǎn) 

 B.1.351突變株相關(guān)突變位點(diǎn) 

多重PCR技術(shù)實(shí)驗(yàn)簡(jiǎn)單操作方便，很容易實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化，靈敏度較高，即使針對(duì)病毒載量較低 (qPCR Ct≥35) 的樣本也能輕松擴(kuò)增得到全基因組序列，美國(guó)馬里蘭州衛(wèi)生部針對(duì)不同病毒載量樣本的測(cè)試結(jié)果表明QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel對(duì)新冠病毒的基因組覆蓋度極高，對(duì)大部分樣本的覆蓋度高于99.95%，針對(duì)Ct值37.5的樣本也能擴(kuò)增并實(shí)現(xiàn)95%的覆蓋度，確保呈現(xiàn)最完整的病毒核酸信息。

同時(shí)基于多重PCR技術(shù)的病毒全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)量小、分析容易、外源干擾少，特別適合疾控中心和科研院所等機(jī)構(gòu)進(jìn)行病毒的檢測(cè)、變異鑒定等研究。數(shù)據(jù)分析更是可以選擇文獻(xiàn)報(bào)道中使用的CLC Genomics Workbench，CLC 提供了針對(duì)QIAseq SARS-CoV-2完整的分析流程，通過(guò)一鍵式分析即可獲得病毒對(duì)應(yīng)的一致性序列及突變位點(diǎn)信息。

目前全球疫情蔓延加劇惡化，雖然我國(guó)不會(huì)再出現(xiàn)類(lèi)似武漢的嚴(yán)重情況，但疫情防控任務(wù)依然繁重。相信在全國(guó)人民的共同努力下，我們終將取得疫情防控的全面勝利！

參考文獻(xiàn)：

[1] 趙翔，馮曄囡，陳志肖，等. 輸入病毒導(dǎo)致的十起本土疫情首例病例新冠病毒基因特征分析[J/OL]. 病毒學(xué)報(bào). https://doi.org/10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003863

*以上產(chǎn)品僅限科研使用，不可用于診斷過(guò)程。

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