oligo synthesis
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引物合成:
引物合成是通過測定引物的OD值,溶解引物,最終合成引物的一個完善的過程。 目前引物合成基本采用固相亞磷酰胺三酯法。亞磷酰胺三酯法合成DNA片段,具有高效、快速的偶聯(lián)以及起始反應(yīng)物比較穩(wěn)定的特點。亞磷酰胺三酯法是將DNA固定在固相載體上完成DNA鏈的合成的,合成的方向是由待合成引物的3′端向5′端合成的,相鄰的核苷酸通過3′→5′磷酸二酯鍵連接。
引物合成是一種化學(xué)合成,一般都采用β--乙腈亞磷酰胺化學(xué)合成引物,合成時從3’→5’方向進(jìn)行,通常3’端的第一個堿基結(jié)合在CPG (Controlled Pore Glass,CPG)上。
主要合成步驟:
第一步(脫保護(hù)):脫掉附加在CPG單體上的第一個堿基5’-OH基團(tuán)上的保護(hù)基 (DMTr),準(zhǔn)備附加下一個新的堿基。
第二步(活化):活化新的堿基單體 (Phosphoramidite),準(zhǔn)備與第一個堿基進(jìn)行反應(yīng)。
第三步(偶聯(lián)):第二個堿基與第一個堿基發(fā)生偶聯(lián)反應(yīng)。
第四步(封閉):將沒有反應(yīng)的第一個堿基的5’-OH加帽封死 (Capping),使其不再進(jìn)一步參與反應(yīng)。
第五步(氧化):將核苷亞磷酸酯氧化成更穩(wěn)定的核苷磷酸酯 (即將三價磷氧化成五價磷)。
重復(fù)進(jìn)行一至五步的循環(huán),直至合成完所需的引物 DNA序列。
合成結(jié)束后,將引物分子從CPG上切下,再進(jìn)行進(jìn)一步的純化。
引物長度
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產(chǎn)量(OD)
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純化方式
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價格(¥)
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周期(工作日)
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<11 base (短鏈引物) |
1-2 | RPC | 20.00/條 | 3 |
3-5 | RPC | 30.00/條 | 3 | |
1-2 | HPLC | 100.00/條 | 3 | |
3-5 | HPLC | 150.00/條 | 3 | |
11-59 base | 1-2 | PAGE | 2.20/base | 3 |
3-5 | PAGE | 3.20/base | 5 | |
6-10 | PAGE | 4.20/base | 5 | |
1-2 | HPLC | 6.00/base | 4 | |
3-5 | HPLC | 12.00/base | 5 | |
6-10 | HPLC | 16.00/base | 5 | |
60-100 base | 1-2 | PAGE | 5.00/base | 5 |
3-4 | PAGE | 9.00/base | 5 | |
>100 base | 2 | PAGE | 詢價 | 詳詢 |
1. 磷酸化(Phosphorylation): 5’磷酸化可用于接頭、克隆和基因構(gòu)建以及連接酶催化的連接反應(yīng)。 磷酸化可抗外切酶消化的相關(guān)實驗中,也用于阻止DNA聚合酶催化的DNA鏈延伸反應(yīng)。
2. 生物素(Biotin):生物素修飾能夠耐受熱和pH。生物素化的DNA能夠成功的轉(zhuǎn)化進(jìn)入細(xì)菌 。 引物生物素標(biāo)記,可用于非放射性免疫分析來檢測蛋白質(zhì)、胞內(nèi)化學(xué)染色、細(xì)胞分離、核酸分離、雜交檢測特異性的DNA/RNA序列、離子通道構(gòu)象變化等。
3. 地高新(Digoxigenin):地高新是一種從毛地黃植物分離出來的類固醇物質(zhì),因為毛地黃植物的花和葉子是這種物質(zhì)唯一自然來源,所以抗地高新抗體不會結(jié)合到其他生物物質(zhì)。地高新經(jīng)由一個11個原子的間臂連接到脲嘧啶的C5位置。雜交的地高新探針可以由抗地高新抗體來檢測, 這個抗體一般會與堿性磷酸酶,過氧化物酶,熒光素或膠體金偶連�;蛘邲]有偶連的抗地高新抗體但偶連的抗抗體。 地高新標(biāo)記的探針可用于各種雜交反應(yīng),如DNA-DNA雜交(Southern blotting),DNA-RNA雜交(Northern blotting)斑點雜交(Dot blotting ), 克隆雜交,原位雜交以及酶聯(lián)免疫分析(ELISA)。
4. 內(nèi)部氨基修飾:主要用C6-dT aminolinker來加到胸腺嘧啶殘基上來進(jìn)行內(nèi)部修飾。修飾后氨基與主鏈相距10個原子距離,可用于進(jìn)一步的標(biāo)記和酶連接(如堿性磷酸酶)。
5. 5'氨基修飾:可用于制備功能化的寡核苷酸,廣泛應(yīng)用在DNA芯片(DNA Microarray)和多重標(biāo)記診斷系統(tǒng)。目前提供5' C6 氨基修飾和5' C12氨基修飾兩種, 前者可用于連接一些即便靠近寡核苷酸也不會影響其功能的化合物,后者用于親和純化基團(tuán)的連接和一些熒光標(biāo)記,尤其是當(dāng)熒光可能會因標(biāo)記太靠近DNA鏈而被淬滅時。
6. 3'氨基修飾:可用于制備功能化的寡核苷酸,廣泛應(yīng)用在DNA芯片(DNA Microarray)和多重標(biāo)記診斷系統(tǒng)。目前提供5' C6 氨基修飾和5' C12氨基修飾兩種, 前者可用于連接一些即便靠近寡核苷酸也不會影響其功能的化合物,后者用于親和純化基團(tuán)的連接和一些熒光標(biāo)記,尤其是當(dāng)熒光可能會因標(biāo)記太靠近DNA鏈而被淬滅時。
7. 巰基(Thiol):5'-巰基在很多方面與氨基修飾類似。巰基可用于加附各種修飾如熒光標(biāo)記物和生物素。 例如可以在碘乙酸和馬來酰亞胺衍生物存在下來制作巰基連接的熒光探針。 5'的巰基修飾主要用5'巰基修飾單體(5'-Thiol-Modifier C6-CE Phosphoramidite 或Thiol-Modifier C6 S-S CE Phosphoramidite)。 用5'-Thiol-Modifier C6-CE單體修飾后必須進(jìn)行硝酸銀氧化以去除保護(hù)基(trityl),而Thiol-Modifier C6 S-S CE單體修飾后須用DTT將二硫鍵還原成巰基。
8. Spacer:Spacer 可為寡核苷酸標(biāo)記提供必要的間隔以減少標(biāo)記基團(tuán)與寡核苷酸間的相互作用,主要應(yīng)用于DNA發(fā)夾結(jié)構(gòu)和雙鏈結(jié)構(gòu)研究。 C3 spacer 主要用于模仿核糖的3'和5'羥基間的三碳間隔,或“替代”一個序列中未知的堿基。 3'-Spacer C3用于引進(jìn)一個3'間臂從而阻止3'端外切酶和3'端聚合酶發(fā)揮作用。 Spacer 18 常用于引進(jìn)一個強疏水基團(tuán)。
1. 引物凍干粉
2. 檢測報告
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