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SBC提供了深度空間蛋白質(zhì)組技術(shù)，可進(jìn)行高靈敏度的空間非靶向蛋白質(zhì)組檢測(cè)
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蛋白質(zhì)作為功能分子，在生命活動(dòng)中起到非常關(guān)鍵的作用。蛋白質(zhì)組學(xué)研究的目的是對(duì)整個(gè)組織或細(xì)胞蛋白質(zhì)組進(jìn)行全面的研究。然而，無(wú)論是大塊組織的蛋白質(zhì)組檢測(cè)，亦或是質(zhì)譜流式等技術(shù)，都只獲得了組織或細(xì)胞中的蛋白質(zhì)表達(dá)水平，而缺失了蛋白質(zhì)在組織中的空間表達(dá)分布信息。為此，空間蛋白質(zhì)組檢測(cè)技術(shù)應(yīng)運(yùn)而生。這類技術(shù)可以確認(rèn)蛋白質(zhì)在空間上特定區(qū)域的表達(dá)水平，從而更精準(zhǔn)地比較不同組織區(qū)域的蛋白表達(dá)差異和功能差異，使研究組織空間區(qū)域內(nèi)蛋白表達(dá)成為可能。
SBC提供了深度空間蛋白質(zhì)組技術(shù)，可進(jìn)行高靈敏度的空間非靶向蛋白質(zhì)組檢測(cè)。該技術(shù)使用激光捕獲顯微切割技術(shù)（LCM）將組織切片（冷凍切片、FFPE）中的目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行切割捕獲，然后提取蛋白質(zhì)，用4D質(zhì)譜技術(shù)（timsTOF Pro）進(jìn)行蛋白質(zhì)組檢測(cè)。
● 為什么選擇深度空間蛋白質(zhì)組技術(shù)？
大多數(shù)空間蛋白質(zhì)組檢測(cè)技術(shù)都是利用抗體探針對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行靶向蛋白質(zhì)檢測(cè)，因此需要研究者根據(jù)先驗(yàn)知識(shí)預(yù)先決定要檢測(cè)的蛋白panel。然而，目前的蛋白質(zhì)檢測(cè)panel包含的蛋白質(zhì)數(shù)量較少，遠(yuǎn)低于蛋白質(zhì)組的實(shí)際復(fù)雜性。因此，需要一種能對(duì)空間組織的特定區(qū)域進(jìn)行非靶向蛋白質(zhì)組檢測(cè)的技術(shù)。SBC的深度空間蛋白質(zhì)組技術(shù)使用質(zhì)譜技術(shù)對(duì)蛋白質(zhì)組進(jìn)行檢測(cè)，擺脫了抗體探針檢測(cè)技術(shù)在物種和檢測(cè)蛋白數(shù)量上的限制，是空間蛋白質(zhì)組研究的不二利器。
● 深度空間蛋白質(zhì)組技術(shù)介紹
> LCM技術(shù)
激光捕獲顯微切割（Laser capture microdissection，LCM），是在不破壞組織結(jié)構(gòu)，保存要捕獲的細(xì)胞和其周圍組織形態(tài)完整的情況下，利用精確聚焦的激光，直接在冰凍或FFPE膜切片上進(jìn)行切割，從而獲得目的區(qū)域組織樣品，用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)及分析的技術(shù)。該技術(shù)提供了溫和，無(wú)污染且高效的樣品收集方法，包括在分離期間和分離后的任何步驟進(jìn)行全面的目視檢查。切割時(shí)可根據(jù)研究目的選擇任意的大小和靈活的形狀，是空間蛋白質(zhì)組研究精準(zhǔn)捕獲目標(biāo)區(qū)域的優(yōu)秀工具。
> timsTOF Pro技術(shù)
雖然LCM技術(shù)可以幫助我們精準(zhǔn)獲取目標(biāo)組織區(qū)域樣品，但這種樣品中蛋白質(zhì)含量普遍較低，因此需要使用高靈敏度和分辨率的質(zhì)譜儀器進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)檢測(cè)。引入雙TIMS/PASEF® (Parallel Accumulation - SErial Fragmentation平行累積串行碎裂)分離技術(shù)的timsTOFﾠPro平臺(tái)使得蛋白質(zhì)組學(xué)進(jìn)入了4D蛋白質(zhì)組學(xué)新時(shí)代。傳統(tǒng)的3D分離技術(shù)包括保留時(shí)間（retentionﾠtime）、質(zhì)荷比（m/z）、離子強(qiáng)度（intensity），4D分離技術(shù)增加了第四個(gè)維度⸺離子淌度（mobility），進(jìn)而大幅度地提高了掃描速度和檢測(cè)靈敏度，大幅提升蛋白鑒定的數(shù)量和覆蓋率。
● 深度空間蛋白質(zhì)組+GeoMx DSP：精準(zhǔn)聚焦目標(biāo)區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組一站式解決方案
空間組學(xué)研究日新月異，由于單一組學(xué)能獲得的信息具有片面性，不能滿足科研工作者們想要獲得組織中全面分子生物學(xué)信息的需求，空間多組學(xué)聯(lián)合研究開(kāi)始發(fā)展起來(lái)。在這里，SBC提供了空間轉(zhuǎn)錄組+空間蛋白質(zhì)組全鏈條技術(shù)服務(wù)。
首先，利用GeoMx DSP空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)和深度空間蛋白質(zhì)組技術(shù)獲得空間轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的表達(dá)譜，這兩種技術(shù)聯(lián)合使用有2個(gè)優(yōu)點(diǎn)：
1. 兩種技術(shù)都需要在組織切片上選擇感興趣區(qū)域（ROI）進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，因此可以從連續(xù)切片中選擇垂直方向上相同的ROI檢測(cè)轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組，保證了檢測(cè)區(qū)域的一致性；
2. GeoMx DSP的WTA檢測(cè)panel幾乎包含了所有的蛋白編碼基因，與深度空間蛋白質(zhì)組的非靶向蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，能夠無(wú)偏向性地獲得編碼基因轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組表達(dá)信息。
SBC提供了深度空間蛋白質(zhì)組技術(shù)，可進(jìn)行高靈敏度的空間非靶向蛋白質(zhì)組檢測(cè)。該技術(shù)使用激光捕獲顯微切割技術(shù)（LCM）將組織切片（冷凍切片、FFPE）中的目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行切割捕獲，然后提取蛋白質(zhì)，用4D質(zhì)譜技術(shù)（timsTOF Pro）進(jìn)行蛋白質(zhì)組檢測(cè)。
● 為什么選擇深度空間蛋白質(zhì)組技術(shù)？
大多數(shù)空間蛋白質(zhì)組檢測(cè)技術(shù)都是利用抗體探針對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行靶向蛋白質(zhì)檢測(cè)，因此需要研究者根據(jù)先驗(yàn)知識(shí)預(yù)先決定要檢測(cè)的蛋白panel。然而，目前的蛋白質(zhì)檢測(cè)panel包含的蛋白質(zhì)數(shù)量較少，遠(yuǎn)低于蛋白質(zhì)組的實(shí)際復(fù)雜性。因此，需要一種能對(duì)空間組織的特定區(qū)域進(jìn)行非靶向蛋白質(zhì)組檢測(cè)的技術(shù)。SBC的深度空間蛋白質(zhì)組技術(shù)使用質(zhì)譜技術(shù)對(duì)蛋白質(zhì)組進(jìn)行檢測(cè)，擺脫了抗體探針檢測(cè)技術(shù)在物種和檢測(cè)蛋白數(shù)量上的限制，是空間蛋白質(zhì)組研究的不二利器。
● 深度空間蛋白質(zhì)組技術(shù)介紹
> LCM技術(shù)
激光捕獲顯微切割（Laser capture microdissection，LCM），是在不破壞組織結(jié)構(gòu)，保存要捕獲的細(xì)胞和其周圍組織形態(tài)完整的情況下，利用精確聚焦的激光，直接在冰凍或FFPE膜切片上進(jìn)行切割，從而獲得目的區(qū)域組織樣品，用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)及分析的技術(shù)。該技術(shù)提供了溫和，無(wú)污染且高效的樣品收集方法，包括在分離期間和分離后的任何步驟進(jìn)行全面的目視檢查。切割時(shí)可根據(jù)研究目的選擇任意的大小和靈活的形狀，是空間蛋白質(zhì)組研究精準(zhǔn)捕獲目標(biāo)區(qū)域的優(yōu)秀工具。
> timsTOF Pro技術(shù)
雖然LCM技術(shù)可以幫助我們精準(zhǔn)獲取目標(biāo)組織區(qū)域樣品，但這種樣品中蛋白質(zhì)含量普遍較低，因此需要使用高靈敏度和分辨率的質(zhì)譜儀器進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)檢測(cè)。引入雙TIMS/PASEF® (Parallel Accumulation - SErial Fragmentation平行累積串行碎裂)分離技術(shù)的timsTOFﾠPro平臺(tái)使得蛋白質(zhì)組學(xué)進(jìn)入了4D蛋白質(zhì)組學(xué)新時(shí)代。傳統(tǒng)的3D分離技術(shù)包括保留時(shí)間（retentionﾠtime）、質(zhì)荷比（m/z）、離子強(qiáng)度（intensity），4D分離技術(shù)增加了第四個(gè)維度⸺離子淌度（mobility），進(jìn)而大幅度地提高了掃描速度和檢測(cè)靈敏度，大幅提升蛋白鑒定的數(shù)量和覆蓋率。
深度空間蛋白質(zhì)組服務(wù)首先會(huì)對(duì)包埋塊或切片進(jìn)行HE染色，確認(rèn)形態(tài)學(xué)特征。隨后，利用LCM技術(shù)，在相鄰的連續(xù)切片上進(jìn)行ROI切割、收集和合并，并提取其中的蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)在酶解后使用timsTOFﾠPro進(jìn)行蛋白質(zhì)組檢測(cè)。為了更好地發(fā)揮4D質(zhì)譜儀的微量檢測(cè)優(yōu)勢(shì)，SBC采用了DIA數(shù)據(jù)采集模式,增強(qiáng)對(duì)中低豐度蛋白質(zhì)的檢測(cè)能力。最后，SBC將對(duì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行全面的分析，剖析數(shù)據(jù)中蘊(yùn)含的空間生物學(xué)意義。
● 技術(shù)優(yōu)勢(shì)
1、LCM技術(shù)不會(huì)破壞組織結(jié)構(gòu)，保證切割后組織形態(tài)完整；
2、LCM技術(shù)切割時(shí)不會(huì)引入外源污染，對(duì)細(xì)胞溫和，避免降解；
3、LCM技術(shù)可靈活切割任意形狀和大小的目標(biāo)區(qū)域，精準(zhǔn)高效；
4、timsTOF Pro利用離子淌度在時(shí)間和空間進(jìn)行聚焦，使靈敏度提高了20倍，對(duì)微量組織樣品（如LCM切割獲得的組織切片）適應(yīng)性好；
5、timsTOF Pro通過(guò)離子淌度維度的加入使峰容量增加了10倍，能鑒定到更多的蛋白；
6、timsTOF Pro在任何速度下均能保持高分辨率和穩(wěn)定的性能；
7、利用液質(zhì)技術(shù)進(jìn)行空間蛋白質(zhì)組非靶向檢測(cè)，可無(wú)偏分析目標(biāo)區(qū)域的蛋白質(zhì)組成。
● 應(yīng)用方向
1、鑒定不同表型區(qū)域的差異蛋白及生物學(xué)功能，探索關(guān)鍵靶點(diǎn)和機(jī)制
2、篩選疾病診斷及預(yù)后的空間蛋白質(zhì)標(biāo)志物
3、繪制組織器官的空間蛋白質(zhì)組圖譜
4、與空間轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析，從空間水平進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組和蛋白組的多組學(xué)研究
● 技術(shù)優(yōu)勢(shì)
1、LCM技術(shù)不會(huì)破壞組織結(jié)構(gòu)，保證切割后組織形態(tài)完整；
2、LCM技術(shù)切割時(shí)不會(huì)引入外源污染，對(duì)細(xì)胞溫和，避免降解；
3、LCM技術(shù)可靈活切割任意形狀和大小的目標(biāo)區(qū)域，精準(zhǔn)高效；
4、timsTOF Pro利用離子淌度在時(shí)間和空間進(jìn)行聚焦，使靈敏度提高了20倍，對(duì)微量組織樣品（如LCM切割獲得的組織切片）適應(yīng)性好；
5、timsTOF Pro通過(guò)離子淌度維度的加入使峰容量增加了10倍，能鑒定到更多的蛋白；
6、timsTOF Pro在任何速度下均能保持高分辨率和穩(wěn)定的性能；
7、利用液質(zhì)技術(shù)進(jìn)行空間蛋白質(zhì)組非靶向檢測(cè)，可無(wú)偏分析目標(biāo)區(qū)域的蛋白質(zhì)組成。
● 應(yīng)用方向
1、鑒定不同表型區(qū)域的差異蛋白及生物學(xué)功能，探索關(guān)鍵靶點(diǎn)和機(jī)制
2、篩選疾病診斷及預(yù)后的空間蛋白質(zhì)標(biāo)志物
3、繪制組織器官的空間蛋白質(zhì)組圖譜
4、與空間轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析，從空間水平進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組和蛋白組的多組學(xué)研究
● 樣本類型
1、FFPE石蠟塊或FFPE切片（膜切片）
2、OCT包埋塊或OCT切片（膜切片）
3、通過(guò)LCM收集到的微量組織樣品
● 部分樣本數(shù)據(jù)結(jié)果
SBC深度空間蛋白質(zhì)組檢測(cè)結(jié)果展示如下：
1、FFPE石蠟塊或FFPE切片（膜切片）
2、OCT包埋塊或OCT切片（膜切片）
3、通過(guò)LCM收集到的微量組織樣品
● 部分樣本數(shù)據(jù)結(jié)果
SBC深度空間蛋白質(zhì)組檢測(cè)結(jié)果展示如下：
由表中結(jié)果可以看出，在小于1mm2的切片組織區(qū)域中，依賴timsTOFPro強(qiáng)大的微量蛋白檢測(cè)能力，能夠檢測(cè)到數(shù)千個(gè)蛋白質(zhì)。更小的區(qū)域我們也同樣具有相關(guān)經(jīng)驗(yàn)。
● 深度空間蛋白質(zhì)組+GeoMx DSP：精準(zhǔn)聚焦目標(biāo)區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組一站式解決方案
空間組學(xué)研究日新月異，由于單一組學(xué)能獲得的信息具有片面性，不能滿足科研工作者們想要獲得組織中全面分子生物學(xué)信息的需求，空間多組學(xué)聯(lián)合研究開(kāi)始發(fā)展起來(lái)。在這里，SBC提供了空間轉(zhuǎn)錄組+空間蛋白質(zhì)組全鏈條技術(shù)服務(wù)。
首先，利用GeoMx DSP空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)和深度空間蛋白質(zhì)組技術(shù)獲得空間轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的表達(dá)譜，這兩種技術(shù)聯(lián)合使用有2個(gè)優(yōu)點(diǎn)：
1. 兩種技術(shù)都需要在組織切片上選擇感興趣區(qū)域（ROI）進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，因此可以從連續(xù)切片中選擇垂直方向上相同的ROI檢測(cè)轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組，保證了檢測(cè)區(qū)域的一致性；
2. GeoMx DSP的WTA檢測(cè)panel幾乎包含了所有的蛋白編碼基因，與深度空間蛋白質(zhì)組的非靶向蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，能夠無(wú)偏向性地獲得編碼基因轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組表達(dá)信息。
其次，在兩種組學(xué)數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析過(guò)程中，得益于兩種組學(xué)數(shù)據(jù)的無(wú)偏向性，我們可以分析：
1. 分析基因在mRNA和蛋白質(zhì)的表達(dá)相關(guān)性，并篩選相關(guān)性較高的基因作為關(guān)鍵靶點(diǎn)；
2. 整合轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的功能富集分析結(jié)果，確認(rèn)表型形成過(guò)程中的關(guān)鍵信號(hào)通路；
3. 兩種組學(xué)聯(lián)合可更全面地篩選診斷、分型、預(yù)后生物標(biāo)志物；
4. 分析轉(zhuǎn)錄因子（蛋白質(zhì)）⸺靶基因（mRNA）調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，鑒定重要調(diào)控因子。
最后，利用靶向驗(yàn)證技術(shù)，如IHC、IF、mIF技術(shù)，在組織切片中對(duì)鑒定到的關(guān)鍵基因表達(dá)水平進(jìn)行原位靶向驗(yàn)證，使結(jié)果論述更加完整。
1. 分析基因在mRNA和蛋白質(zhì)的表達(dá)相關(guān)性，并篩選相關(guān)性較高的基因作為關(guān)鍵靶點(diǎn)；
2. 整合轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的功能富集分析結(jié)果，確認(rèn)表型形成過(guò)程中的關(guān)鍵信號(hào)通路；
3. 兩種組學(xué)聯(lián)合可更全面地篩選診斷、分型、預(yù)后生物標(biāo)志物；
4. 分析轉(zhuǎn)錄因子（蛋白質(zhì)）⸺靶基因（mRNA）調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，鑒定重要調(diào)控因子。
最后，利用靶向驗(yàn)證技術(shù)，如IHC、IF、mIF技術(shù)，在組織切片中對(duì)鑒定到的關(guān)鍵基因表達(dá)水平進(jìn)行原位靶向驗(yàn)證，使結(jié)果論述更加完整。
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