葵花寶典：蛋白質(zhì)組學(xué)發(fā)文章的四重境界

某寶典卷首曰：“欲練神功，必先自宮�！本砦苍唬骸凹词棺詫m，未必成功�！边@個(gè)慘痛案例告訴我們，欲成大事必付出常人難及的巨大代價(jià)，然而最終是否成功，仍有很多因素影響，練錯(cuò)一招，走火入魔。臨床醫(yī)生做科研亦如此，白天忙臨床已經(jīng)是一把辛酸淚，還要晚上寫(xiě)文章、申課題，簡(jiǎn)直是滿紙荒唐言。

倘若砸下百萬(wàn)經(jīng)費(fèi)就能發(fā)CNS，世界和平就不再是夢(mèng)想，可惜隔行如隔山，縱使柳葉刀旋轉(zhuǎn)跳躍不停歇，一樣會(huì)落入基因測(cè)序的惡性循環(huán)；寶貴的臨床樣本堆積成山，如何修煉科研神功，將之化為文章的金礦？少年郎，陳博見(jiàn)你骨骼驚奇，請(qǐng)收下這部《蛋白質(zhì)組研究寶典》。

寶典總綱：“天之道，損有余而補(bǔ)不足，是故虛勝實(shí)，不足勝有余�！标惒┙o大家強(qiáng)行翻譯成大白話：蛋白質(zhì)是一切生命活動(dòng)的直接參與者，蛋白質(zhì)表達(dá)的差異將影響到相關(guān)的生理功能變化，蛋白質(zhì)組學(xué)研究是揭示疾病相關(guān)分子機(jī)制的最直接研究手段，iTRAQ技術(shù)是最常用的蛋白質(zhì)組學(xué)研究方案。

譯文：樣本+iTRAQ+WB。這是最簡(jiǎn)單粗暴但有效的蛋白質(zhì)組學(xué)研究套路，在臨床樣本中用iTRAQ找到差異蛋白，經(jīng)過(guò)最基本的數(shù)據(jù)分析后，進(jìn)行WB或IHC的驗(yàn)證，發(fā)在諸如：Proteomics、Proteome Sci、Plos One等雜志上，屢試不爽。如下例：

Fang P, Ying H, et al. Dissecting characteristics and dynamics of differentially expressed proteins during multistage carcinogenesis of human colorectal cancer. World J Gastroenterol. 2016. (IF=2.8)

這篇文章用一臺(tái)5600質(zhì)譜儀做iTRAQ（目前蛋白質(zhì)組研究中，主流的高分辨率質(zhì)譜是QE或5600），在樣本中找到3000多種差異蛋白，并做了GO分析、聚類分析、數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)等最基本的數(shù)據(jù)分析，最后做了IHC驗(yàn)證，影響因子2.8分。

此類研究周期短、花錢(qián)少、文章好發(fā)、有深挖潛力，實(shí)乃搶時(shí)間畢業(yè)、趕時(shí)間結(jié)題的神器！作為接下來(lái)一系列課題申請(qǐng)的前期研究，這足以打下堅(jiān)實(shí)的基金申請(qǐng)基礎(chǔ)。

譯文：細(xì)胞+基因芯片+iTRAQ+WB+功能驗(yàn)證。遙想當(dāng)初，很多老師意氣風(fēng)發(fā)砸錢(qián)做芯片，數(shù)據(jù)堆積如山，一臉懵逼。然而如今世風(fēng)日下，基因芯片灌水發(fā)文章很難上5分，怎么將課題繼續(xù)下去？其實(shí)芯片數(shù)據(jù)結(jié)合蛋白質(zhì)組學(xué)可以玩出新花樣，比如下面這篇：

Cheng DD, Yu T, et al. MiR-542-5p is a negative prognostic factor and promotes osteosarcoma tumorigenesis by targeting HUWE1. Oncotarget. 2016. (IF=5.0)

作者甚至沒(méi)有臨床樣本，只在細(xì)胞水平通過(guò)miRNA芯片找到功能miRNA，隨后干擾miRNA，做細(xì)胞水平的iTRAQ，找到了miRNA的作用靶點(diǎn)，并進(jìn)行了WB驗(yàn)證，最終做了簡(jiǎn)單的功能驗(yàn)證，影響因子5.0分。

此外，在5分這一檔上，還有個(gè)iTRAQ灌水小神器：SCIENTIFIC REPORTS雜志(IF=5.2)。其中的蛋白質(zhì)組研究套路非常簡(jiǎn)明：臨床樣本+iTRAQ+數(shù)據(jù)分析+WB/IHC+功能驗(yàn)證。對(duì)于經(jīng)費(fèi)緊張的老師，這是目前發(fā)5分文章性價(jià)比最高的方案之一。

譯文：臨床樣本+ iTRAQ + WB/IHC +功能驗(yàn)證+臨床相關(guān)性。轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的輪回，就是從臨床出發(fā)，再回到臨床。若要將研究檔次再上一層樓，從5分向10分攀登，必然要回到大量臨床樣本的驗(yàn)證中，將新發(fā)現(xiàn)的Biomarker的臨床相關(guān)性予以證實(shí)。下面這篇文章，若能在分子機(jī)制上略加探索，分?jǐn)?shù)再上一層樓絕不是問(wèn)題：

Chiung HH, Chia WH, et al. Identification and characterization of potential biomarkers by quantitative tissue proteomics of primary lung adenocarcinoma. Mol Cell Proteomics. 2016.(IF=5.9)

此時(shí)，發(fā)文章已經(jīng)不再是唯一的目標(biāo)，找到更有臨床價(jià)值的Biomarker，做成診斷試劑盒，申請(qǐng)專利，開(kāi)公司，走上人生巔峰將不再是遙不可及的夢(mèng)想。

譯文：臨床樣本 + iTRAQ + 蛋白質(zhì)組對(duì)基因組的深度注釋。第四重功法變化多端，突破10分之后，每一項(xiàng)研究都飽含了深思熟慮，無(wú)法簡(jiǎn)單重復(fù)，只可意會(huì)不可言傳，這里只能略舉一例：

Mertins P, Mani DR, et al. Proteogenomics connects somatic mutations to signalling in breast cancer. Nature. 2016. (IF=38.1)

（詳見(jiàn)上期文章《蛋白組學(xué)之逆襲，深度注釋基因組》）

今日華山論劍，陳博只分享神功的前四重境界，其余五重心法奧妙無(wú)窮，兇險(xiǎn)異常，不可輕易嘗試。其意博，其理奧，其趣深，天地之象分，陰陽(yáng)之候列，變化之由表，死生之兆彰，不謀而遺跡自同，勿約而幽明斯契，稽其言有微，驗(yàn)之事不忒，誠(chéng)可謂至道之宗，奉生之始矣。

蛋白質(zhì)組學(xué)研究是臨床醫(yī)生的萬(wàn)金油，想充分利用手里的臨床樣本？想發(fā)高檔次文章？想設(shè)計(jì)自己的研究方案？請(qǐng)通過(guò)下方郵箱或微信與陳博聯(lián)系，陳博給你開(kāi)小灶。