腫瘤抑制子HIC1通過影響下游lncRNA-numb進(jìn)而影響葡萄膜黑素瘤（UM）激活過程

葡萄膜黑素瘤（UM）是一種最常見的眼內(nèi)腫瘤，占據(jù)了黑色素瘤的5%左右。大約有一半的原發(fā)UM患者有發(fā)生肝轉(zhuǎn)移的風(fēng)險(xiǎn)，但是目前對(duì)于分子層面的精確診斷和治療還不完善。先前的研究表明，基因組拷貝數(shù)變異與UM的轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)有關(guān)。GNAQ，GNA11，BAP1的基因突變也與UM相關(guān)�，F(xiàn)有研究表明，轉(zhuǎn)錄組長鏈非編碼RNA（lncRNA）與腫瘤發(fā)生關(guān)系密切。CASC15 lncRNA在黑色素瘤發(fā)展過程中表達(dá)上調(diào)，與細(xì)胞增殖和轉(zhuǎn)移相關(guān)。但是，是否有l(wèi)ncRNA參與了UM的發(fā)生過程，與UM的發(fā)生發(fā)展有密切關(guān)系呢？本研究從該角度出發(fā)，為我們展示了腫瘤抑制子HIC1通過影響下游lncRNA-numb，影響UM腫瘤激活過程。

1UM疾病相關(guān)基因篩選

為了尋找UM發(fā)病相關(guān)基因，研究人員對(duì)UM組織和三個(gè)正常組織進(jìn)行了全基因組表達(dá)譜芯片篩選（No1.Affymetrix Gene 2.0 ST），發(fā)現(xiàn)有760個(gè)上調(diào)和479個(gè)下調(diào)基因。其中，有38個(gè)基因是和腫瘤相關(guān)，影響細(xì)胞增殖。研究人員將其中的HIC1作為候選基因。

接下來，研究人員用高密度組織芯片（No2.tissue microarray）對(duì)16個(gè)正常和192個(gè)黑色素瘤組織以HIC1抗體進(jìn)行染色，發(fā)現(xiàn)HIC1表達(dá)確實(shí)在大部分腫瘤組織中消失。進(jìn)一步的結(jié)果也發(fā)現(xiàn)HIC1在黑色素瘤皮膚和眼睛中表達(dá)顯著下調(diào)。因此，HIC1在UM中特異性下調(diào)，可能與UM過程相關(guān)。

另外，研究人員對(duì)不同UM細(xì)胞系進(jìn)行了檢測(cè)，RT-PCR和Western blot分析表明在UM細(xì)胞系中，HIC1表達(dá)下調(diào)。
 

2 HIC1生物學(xué)功能分析

通過在OCM-1和Mum-2B細(xì)胞中轉(zhuǎn)染慢病毒，人為提高HIC1的表達(dá)，檢測(cè)CCK-8和克隆形成能力。結(jié)果顯示，轉(zhuǎn)染組細(xì)胞增殖在第3天開始受到抑制，克隆形成能力也下降。流式細(xì)胞儀檢測(cè)細(xì)胞周期階段表明， 51.5%的HIC1過表達(dá)細(xì)胞都停留在G1期，對(duì)照組34.5%細(xì)胞停留在G1期。細(xì)胞侵襲能力檢測(cè)表明，轉(zhuǎn)染組細(xì)胞侵襲能力下降。因此，HIC1在UM細(xì)胞中減弱了細(xì)胞的增殖和侵襲能力。
 

3 HIC1下游調(diào)控lncRNA分析

已有研究顯示，HIC1抑制下游基因表達(dá)，但是，作為一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，HIC1是否調(diào)控了lncRNA的表達(dá)，目前還不清楚。因此，研究人員把HIC1過表達(dá)OCM1和Mum-2B細(xì)胞系進(jìn)行了全基因組lncRNA篩選（No3.Agilent lncRNA array，由上海伯豪提供）。結(jié)果顯示，共有194個(gè)lncRNAs在兩個(gè)細(xì)胞系中都差異表達(dá)，其中，3倍以上有69和上調(diào)和7個(gè)下調(diào)。研究人員對(duì)其中的四個(gè)lncRNA-872, lncRNA-158, lncRNA-SRPK2, lncRNA-numb進(jìn)行了確認(rèn)。qRT-PCR表明，只有l(wèi)ncRNA-numb在兩組細(xì)胞中都顯著上調(diào)。同時(shí)，當(dāng)在HDF細(xì)胞中敲降HIC1，lncRNA-numb表達(dá)下降。因此，lncRNA-numb的表達(dá)受到HIC1調(diào)控。

4 lncRNA-numb是一個(gè)UM腫瘤抑制子

分析顯示，lncRNA-numb由LOC101928143基因編碼，位于NUMB基因上游，由兩個(gè)不同長度（635和644 bp）轉(zhuǎn)錄本組成。RT-PCR檢測(cè)顯示，UM細(xì)胞中只存在635bp長度的轉(zhuǎn)錄本。當(dāng)在OCM-1和Mum-2B，及乳腺癌細(xì)胞系MDA-231細(xì)胞中過表達(dá)HIC1，lncRNA-635表達(dá)增加。

進(jìn)一步在OCM-1和Mum-2B中過量表達(dá)lncRNA-535，檢測(cè)細(xì)胞生長，發(fā)現(xiàn)Mum-2B中，細(xì)胞生長收到抑制。克隆形成實(shí)驗(yàn)顯示，OCM-1和Mum-2B過表達(dá)細(xì)胞中，形成能力減弱，以HIC1過表達(dá)表型一致。lncRNA-635過表達(dá)也顯著抑制細(xì)胞的侵襲能力。因此，這些結(jié)果都表明HIC1通過影響下游lncRNA-numb的表達(dá)，影響了UM腫瘤的發(fā)展過程。

本研究是一篇非常巧妙地在研究的不同階段運(yùn)用不同芯片進(jìn)行研究的文章。其中，初期篩選用mRNA表達(dá)譜芯片，后期擴(kuò)大樣本確認(rèn)運(yùn)用了組織芯片，下游調(diào)控因子篩選運(yùn)用了lncRNA芯片。每一次芯片的運(yùn)用有其必要性和重要性，為其鎖定研究對(duì)象，尋找下游調(diào)控lncRNA起到了非常重要的作用。

原文出處：Cheng G, He J, Zhang L, Ge S, Zhang H, Fan X3.HIC1 modulates uveal melanoma progression by activating lncRNA-numb.Tumour Biol.2016.