蛋白樣品:
準備好裂解液后,使用BCA或Bradford等檢測方法仔細測量蛋白濃度。進行上樣時,確保加入等量的蛋白樣品,以確保公平比較,從而最大限度地減少上樣誤差。不要使凝膠過載!如果您的表達目標非常低,可選擇加樣孔體積大的凝膠,這樣可提高上樣量。
陽性和陰性對照:
這些質(zhì)控對于證明您的結果有效至關重要。陽性對照通常是裂解物或組織提取物,其具有過度表達的蛋白。當您的陽性對照未能發(fā)出信號時,您知道該方法可能存在問題。如果您正在使用重組蛋白,那么包含內(nèi)源形式靶標的陽性對照也是一個好主意。這將有助于理清與一抗相關的任何特異性問題。陰性對照同樣也有價值,通常是不會產(chǎn)生目標的裂解物或組織提取物。最好的陰性對照由敲除或未處理的細胞系制備。
內(nèi)參對照:
有幾種廣泛可用的上樣對照抗體,如GAPDH,actin 或 tubulin。由于這些蛋白表達豐度高,因此在適應低豐度目標的樣品表達看到內(nèi)參對照蛋白的過飽非常常見。這里最大的挑戰(zhàn)是內(nèi)參對照和靶蛋白在相同的樣品稀釋系列中通常具有不同的線性,影響定量的準確性,對于目的蛋白表達比較低的蛋白,可選擇低表達的內(nèi)參例如Lamin B1和HSP60等蛋白。此外,研究人員需要證明內(nèi)參蛋白的表達不會因?qū)嶒灄l件的變化而改變。
在第一個檢測線性范圍重疊的地方,蛋白質(zhì)在該重疊區(qū)域內(nèi)的定量將是很好的。然而,在后者中,它們不重疊,容易看出蛋白質(zhì)濃度的變化如何影響一種蛋白條帶強度,而不影響另一種蛋白質(zhì)的條帶強度。在這種情況下,定量是不準確的。
轉(zhuǎn)移效率/總蛋白標準化:
轉(zhuǎn)印完成后,最好評估轉(zhuǎn)移到膜上的蛋白量以及凝膠中剩余的蛋白量。通過評估整個蛋白范圍,產(chǎn)生更廣泛的動態(tài)范圍。這些染色包括凝膠和膜染色,并且可以以各種不同的方式成像。例如AzureRed熒光蛋白染色是一種用于凝膠和印跡膜的定量總蛋白染色試劑,與下游蛋白分析兼容。AzureRed是染色應用的理想選擇,包括轉(zhuǎn)印后染色以確認從凝膠到膜的蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)移情況,以及定量蛋白。執(zhí)行這些檢查不僅可以讓您對實驗的進展充滿信心,現(xiàn)在很多期刊雜志都推薦使用總蛋白定量的方法來進行質(zhì)控,以證明數(shù)據(jù)的可重復性和準確性。
圖1. AzureRed與三種感興趣的蛋白同時成像。
向凝膠中加入稀釋的HeLa細胞裂解物。轉(zhuǎn)印后,將印跡用AzureRed染色,然后在不脫色情況下加入tubulin,ß-actin和GAPDH探針。用Azure Sapphire 雙模式多光譜激光成像系統(tǒng)掃描成像。四個通道進行疊加,總蛋白質(zhì)(AzureRed染色)以灰色顯示;tubulin-紅色,ß-actin-藍色和GAPDH-綠色。
不加入一抗:
這是一個簡單但經(jīng)常被遺忘的WB印跡控制。通過僅僅加入二抗孵育印跡,您將能夠清楚地看到由于實驗中使用的二抗而產(chǎn)生非特異性的條帶。