通過(guò)Sapphire平臺(tái)研究基于熒光的一種蛋白質(zhì)-RNA相互作用的小分子調(diào)節(jié)劑

Azure Biosystems 國(guó)立首爾大學(xué)化學(xué)系CRI化學(xué)蛋白組學(xué)Wan Gi Byun團(tuán)隊(duì)在《Chembiochem》發(fā)表了他們最新的研究成果，基于熒光的緊密結(jié)合分析發(fā)現(xiàn)了一種蛋白質(zhì)-RNA相互作用的小分子調(diào)節(jié)劑。
那為什么要研究RNA-蛋白之間的相互作用呢？
RNA和蛋白是可以相互作用的生物分子，可以通過(guò)物理性相互作用，調(diào)節(jié)彼此的生命周期和功能。mRNA編碼序列指導(dǎo)蛋白質(zhì)和一些調(diào)節(jié)序列的合成，而mRNA的非翻譯區(qū)域通過(guò)調(diào)控蛋白質(zhì)的翻譯、定位和與其他蛋白質(zhì)的相互作用，影響編碼蛋白的命運(yùn)。另一方面，從RNA合成到降解的過(guò)程中，蛋白質(zhì)反過(guò)來(lái)可以結(jié)合和調(diào)控RNA的表達(dá)和功能。RNA與蛋白質(zhì)的相互作用對(duì)于維持細(xì)胞穩(wěn)態(tài)是非常重要的，而干擾兩者的相互作用會(huì)造成細(xì)胞功能失調(diào)和相關(guān)疾病的發(fā)生。
那如何來(lái)檢測(cè)蛋白-RNA間的相互作用呢？
讓我們一起來(lái)看看Wan Gi Byun團(tuán)隊(duì)是怎么做的： 蛋白質(zhì)結(jié)合會(huì)引起微環(huán)境的變化，而這將會(huì)顯著改變與之結(jié)合的核酸偶聯(lián)的熒光基團(tuán)的熒光強(qiáng)度。鑒于此，Wan Gi Byun團(tuán)隊(duì)構(gòu)建了一種簡(jiǎn)單而強(qiáng)大的分析方法來(lái)檢測(cè)let-7 miRNA及其轉(zhuǎn)錄后調(diào)控蛋白Lin28之間的相互作用。通過(guò)熒光EMSA來(lái)確定化合物的活性以及IC50，測(cè)定熒光結(jié)合強(qiáng)度后，經(jīng)4%丙烯酰胺凝膠電泳后，使用Azure Sapphire對(duì)Cy3和TAMRA以及Cy5的熒光信號(hào)進(jìn)行可視化檢測(cè)。
 
  Figure 3. Hit identification and validation (a) Chemical structure of hit compounds. (b) Dose-response curve obtained by fluorescence intensitybased binding assay. Error bars represent the standard deviation from three independent measurements. (c) Hit validation by EMSA.
此外，通過(guò)Western Blot來(lái)檢測(cè)下游信號(hào)通路蛋白的含量變化。
僅需一臺(tái)Sapphire即可完成EMSA和Western Blot的檢測(cè)，Sapphire的功能絕不僅限于此…… Sapphire是市面上唯一可以進(jìn)行掃描式和CCD成像化學(xué)發(fā)光的雙模式成像系統(tǒng)，也是唯一使用3種檢測(cè)器檢測(cè)信號(hào)的成像系統(tǒng)（APD，PMT，CCD），具有更寬的動(dòng)態(tài)范圍，靈敏度更高，分辨率可達(dá)10-1000微米。
Sapphire除了完成Paper中使用的EMSA凝膠阻滯實(shí)驗(yàn)外，還能完成哪些實(shí)驗(yàn)?zāi)兀?br /> 可以完成DNA/Protein凝膠成像，Western Blot化學(xué)發(fā)光，多通道熒光檢測(cè)， in-cell western檢測(cè)，2D和2D-DIGE以及磷屏成像檢測(cè)…… 看到這里，您對(duì)Azure Biosystems是不是更加了解了呢？是不是也想試用一下呢？那就趕緊搜索“北京深藍(lán)云生物科技”來(lái)聯(lián)系我們吧！