云測評(píng)-臺(tái)式測序儀機(jī)皇之爭：MGISEQ-2000 vs NextSeq 2000

說明：本文為讀者投稿，文章作者為利益相關(guān)方。
 

作為業(yè)內(nèi)玩咖，今天看到了第一臺(tái)NextSeq 2000入駐客戶實(shí)驗(yàn)室，畫面頗有宜家質(zhì)感。隔著屏幕，不能“開箱測評(píng)”，但昨天下午準(zhǔn)點(diǎn)收看了illumina的新品云發(fā)布會(huì)現(xiàn)場錄播后，我決定為大家?guī)�來一�?ldquo;云測評(píng)”——臺(tái)式測序儀的機(jī)皇之戰(zhàn)：MGISEQ-2000 vs NextSeq 2000。
 

 
相對(duì)MGISEQ-2000而言，NextSeq 2000更加小巧精致，但僅支持單載片運(yùn)行，提供兩種載片規(guī)格：P2流動(dòng)槽（400M reads）和P3流動(dòng)槽(1000M reads)。每種流動(dòng)槽可提供3種讀長模式：100循環(huán)、200循環(huán)和300循環(huán)，所以在發(fā)布會(huì)上illumina提到的“兩款試劑，六重選擇”，就是指2種流動(dòng)槽和3種讀長的組合選擇。 （順便diss下這張圖，P2和P3流動(dòng)槽的reads數(shù)分別是400M和1000M，支持單次運(yùn)行的最大樣本數(shù)應(yīng)該是一小一大，這里出現(xiàn)了明顯的bug，不認(rèn)真）
 
如果單拎出來比“多重選擇”的話， MGISEQ-2000完勝。兩點(diǎn)：
 
第一，MGISEQ-2000具備雙載片平臺(tái)，可支持兩張載片同時(shí)運(yùn)行。這一點(diǎn)相當(dāng)于“雙卡雙待全網(wǎng)通”。
 
第二，MGISEQ-2000同樣提供兩種規(guī)格的載片：小載片F(xiàn)CS（550M reads）和大載片F(xiàn)CL（1800M reads）。其中，大載片F(xiàn)CL還可以細(xì)分為StandardMPS版本和CoolMPS版本。不同規(guī)格的載片組合運(yùn)行模式可以是1張小載片（FCS*1）或1張大載片（FCL*1），也可以是2張小載片（FCS*2）或2張大載片（FCL*2），還可以是1張小載片和1張大載片（FCS*1+FCL*1），根據(jù)樣本量情況靈活選擇，開機(jī)成本靈活可控。

 
同時(shí)，MGISEQ-2000提供6種讀長模式：SE50、SE100、PE100、PE150、SE400和PE200，折算為循環(huán)數(shù)是5種模式：50循環(huán)、100循環(huán)、200循環(huán)、300循環(huán)和400循環(huán)。如果按NextSeq 2000的宣傳邏輯（“兩款試劑，六重選擇”）來說，那么MGISEQ-2000就是“兩款試劑，25重選擇”（5種流動(dòng)槽組合和5種循環(huán)數(shù)組合）。 當(dāng)然選擇更多，并不一定就是好事。主要還得看“關(guān)鍵性能參數(shù)”是否處于“當(dāng)打之年”。我們下面對(duì)兩個(gè)測序系統(tǒng)從數(shù)據(jù)產(chǎn)出、數(shù)據(jù)質(zhì)量和運(yùn)行時(shí)間這三個(gè)方面進(jìn)行對(duì)比。
 
從單流動(dòng)槽的通量設(shè)定來看（表3），NextSeq 2000和MGISEQ-2000的差距并不大，NextSeq 2000 P2流動(dòng)槽（400M reads）對(duì)標(biāo)MGISEQ-2000 FCS小載片（550M reads），P3流動(dòng)槽（1000M reads）對(duì)標(biāo)FCL大載片（1800M reads）。但由于MGISEQ-2000配備雙載片平臺(tái)，在400循環(huán)雙載片運(yùn)行模式下（FCL*2，PE200），數(shù)據(jù)產(chǎn)出可達(dá)Tb級(jí)別(1440Gb=1.44Tb)，這一點(diǎn)是NextSeq 2000望塵莫及的。

由此可見，靈活的載片組合方式使得MGISEQ-2000擁有極高的通量靈活性（55Gb-1440Gb）。

• 臺(tái)式測序儀的機(jī)皇之爭，第一回合，在數(shù)據(jù)產(chǎn)出的峰值和靈活性等方面，MGISEQ-2000 勝。

     
僅從官方公布的Q30數(shù)值來看（表4），NextSeq 2000和MGISEQ-2000的數(shù)據(jù)質(zhì)量基本相當(dāng)。在云發(fā)布會(huì)上，illumina官方對(duì)NextSeq 2000數(shù)據(jù)質(zhì)量的承諾是：與當(dāng)前的NextSeq 550系統(tǒng)保持了相同的高標(biāo)準(zhǔn)。
  根據(jù)公開資料顯示（表5），MGISEQ-2000與NextSeq 550平臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)品測試表現(xiàn)基本處于同一個(gè)水平，期待后續(xù)兩個(gè)平臺(tái)基于不同測序應(yīng)用更全面的數(shù)據(jù)對(duì)比。

• 臺(tái)式測序儀的機(jī)皇之爭，第二回合，平。

  數(shù)據(jù)來源：華大智造微信公眾號(hào)
樣本來源：中檢院標(biāo)準(zhǔn)品HJ
文庫類型：WGS
測序平臺(tái)：MGISEQ-2000和NextSeq 550
   
從運(yùn)行時(shí)間來看，這兩款機(jī)型的設(shè)定也非常接近，最短時(shí)間13小時(shí)。當(dāng)然，在同一讀長模式下，NextSeq 2000會(huì)更快一些。但我們會(huì)發(fā)現(xiàn)，仍然是依托于雙載片平臺(tái)的優(yōu)勢，使用MGISEQ-2000的2張小載片F(xiàn)CS同時(shí)運(yùn)行與使用NextSeq 2000的P3流動(dòng)槽所產(chǎn)出的數(shù)據(jù)量基本相當(dāng)（1000M VS 550M×2），而此時(shí)在運(yùn)行時(shí)間上，MGISEQ-2000 FCS卻重新占據(jù)了上風(fēng)（見表6）。
 

• 臺(tái)式測序儀的機(jī)皇之爭，第三回合，平。

 
最后我們談一下兩家公司的商業(yè)思路。illumina在這次發(fā)布會(huì)上也提到：NextSeq 2000已在今年第一季度上市，可適配P2和P3兩種流動(dòng)槽；NextSeq 1000 （僅適配P2流動(dòng)槽）將在今年第四季度上市，NextSeq 1000可升級(jí)為 NextSeq 2000。這兩款產(chǎn)品跟MGI華大智造在2019年對(duì)MGISEQ-2000和MGISEQ-2000FAST的市場定位非常類似。
 
值得咂摸的是，如果現(xiàn)在推出的NextSeq 2000就已經(jīng)可以適配P2和P3兩個(gè)流動(dòng)槽，那為什么只需適配P2流動(dòng)槽的NextSeq 1000要等到今年年底才能上市呢？
 
答案很簡單，因?yàn)镻3流動(dòng)槽要2020年底才可以發(fā)布啊，也就是說即使現(xiàn)在用戶購買了NextSeq2000目前也只有P2流動(dòng)槽可以使用，沒有P3流動(dòng)槽的NextSeq2000不就是“NextSeq1000”嗎？如果NextSeq1000和NextSeq2000同時(shí)在一季度開售，那么請(qǐng)問誰愿意先把125K美元（2款機(jī)器之間的售價(jià)之差）無息存在illumina一年？先買臺(tái)NextSeq1000，等P3流動(dòng)槽發(fā)布在申請(qǐng)升級(jí)不就完了？

所以大家現(xiàn)在知道為啥NextSeq1000是2020年第四季度發(fā)布了吧？因?yàn)樗�的發(fā)售時(shí)間需要跟P3流動(dòng)槽同步。

另外很多同學(xué)會(huì)問到那與NextSeq P2流動(dòng)槽參數(shù)一樣的NextSeq500/550Dx機(jī)型（High-Output Flowcell 400M）怎么辦，這不產(chǎn)品體系之間有沖突嗎？這事你也甭操心，因?yàn)镹extSeq550Dx預(yù)計(jì)今年就會(huì)獲得NMPA批準(zhǔn)在中國上市了，所以你想做臨床診斷，你還得乖乖的買“老款”的NextSeq550Dx，畢竟NextSeq2000還只有科研版本，而且不出意外后面的P4流動(dòng)槽面世之時(shí)，NextSeq2000將成為主打P3/P4流動(dòng)槽的機(jī)型，這又跟NextSeq500/550Dx拉開“段位”了，完美。
 
來，我們?cè)倩仡櫼幌挛恼麻_頭這圖，“One Day”不如“Today”的聲音在耳邊回蕩。  
總結(jié)，這次illumina發(fā)布的新品在用戶體驗(yàn)上的表現(xiàn)還是非�？扇�可點(diǎn)的。比如：機(jī)器全干式設(shè)計(jì)、集成式卡盒（illumina的iSeq100和MGI的DNBSEQ E均采用該類設(shè)計(jì)），又比如：機(jī)載二級(jí)分析工具DRAGEN Bio-IT，這些改進(jìn)對(duì)于醫(yī)療機(jī)構(gòu)終端用戶還是具有吸引力的，但是對(duì)于專業(yè)領(lǐng)域的B端商業(yè)用戶就仁者見仁、智者見智了，畢竟內(nèi)置的DRAGEN Bio-IT還是一定程度上增加了儀器成本。
 
遙想2015，華大發(fā)布BGISEQ-500，很多人認(rèn)為是跟illumina的NextSeq 500對(duì)標(biāo)；2020，短短的5年之后，illumina發(fā)布全新的NextSeq 2000/1000，很多人認(rèn)為在跟華大的MGISEQ-2000/FAST對(duì)標(biāo)，不禁令人感慨國產(chǎn)測序儀的進(jìn)步之快、能量之大。

總之，“我們正處在一個(gè)你追我趕、飛躍向前的建設(shè)熱潮中”。我們?yōu)榇烁械脚d奮不已。

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