病毒蛋白樣半胱氨酸蛋白酶在抗COVID-19藥物設計的結構框架的應用

2020年4月29日，由Wioletta Rut, Mikolaj Zmudzinski等人在bioRxiv期刊發(fā)表了《Activity profiling of SARS-CoV-2-PLpro protease provides structural framework for anti-COVID-19 drug design》的文章，文中使用Sappphire對B-Ub-VME標記SARS-CoV和SARS-CoV-2-PLpro蛋白進行掃描成像，并使用Azure spot軟件進行數據分析。

文章摘要

病毒蛋白樣半胱氨酸蛋白酶(PLpro, NSP3)是SARS-CoV-2抗病毒藥物研發(fā)的一個潛在靶點，有助于藥物研發(fā)，在這里,我們使用含有天然和多種非蛋白質的組合底物文庫，并對SARS-CoV-2-PLpro進行了全面的活性分析。我們發(fā)現SARS-CoV-2-PLpro的P2位點對Gly具有高度特異性，P3位點表現出很高的非特異性，P4位點優(yōu)先顯示結合具有疏水性的氨基酸側鏈。

我們還證明了SARS-CoV-2-PLpro具有去泛素化活性，底物結合特征曲線和去泛素化活性高度相關。在定位掃描的基礎上，我們設計了最佳的熒光基質和不可逆抑制劑，研究SARS PLpro變體對其他蛋白酶的選擇性�？傊@項工作揭示了控制PLpro底物特異性的分子規(guī)則，并為開發(fā)具有潛在治療價值的藥物提供了框架。

文中使用Sappphire對B-Ub-VME標記SARS-CoV和SARS-CoV-2-PLpro蛋白進行掃描成像，并使用Azure Spot軟件進行數據分析。