常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測序小樣本量研究思路
兩個組別也能發(fā)高分文章？
mRNA的表達水平很大程度上可以反應(yīng)個體內(nèi)基因的表達特性，不同個體，不同發(fā)育階段，不同組織的表達水平可能各不相同。轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）憑借高通量、價格低、周期短、應(yīng)用范圍廣等優(yōu)勢，已經(jīng)成為研究生物基因表達的一種重要工具，深受科研人員的青睞。 那么如何利用小樣本量進行轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒炘O(shè)計，才能獲得更有價值的研究呢？下面就以幾篇項目文章為例，為大家奉上小樣本的轉(zhuǎn)錄組研究思路，通過簡單的轉(zhuǎn)錄組測序發(fā)揮錦上添花的效果，讓您的實驗數(shù)據(jù)更加充實有力，助力高分文章。
★ 研究思路1★
轉(zhuǎn)錄組測序-發(fā)現(xiàn)關(guān)鍵基因
項目文章：Combined Transcriptome and Metabolome Analysis Reveals That the Potent Antifungal Pyrylium Salt Inhibits Mitochondrial Complex I in Candida albicans
發(fā)表期刊：Microbiology Spectrum
影響因子：9.043
合作單位：海軍軍醫(yī)大學/同濟大學附屬第十人民醫(yī)院
樣本類型：白色念珠菌（n=6）
研究內(nèi)容：在對SM21進行結(jié)構(gòu)修飾的基礎(chǔ)上，合成了具有增強抗真菌活性的新型丙酮酸鹽衍生物xy12。xy12對白色念珠菌的MIC值（MIC90）范圍為0.125-0.25mg/mL，比SM21低約2倍。通過RNA-seq技術(shù)，在xy12處理的白色念珠菌中共鑒定出3454個差異表達基因，通過整合KEGG途徑富集分析，我們發(fā)現(xiàn)抑制氧化磷酸化是xy12的重要抗真菌作用機制。通過線粒體呼吸復(fù)合物I至IV的電子傳輸是氧化磷酸化的常見過程。野生型SC5314的敏感性和xy12相比，線粒體復(fù)合體I（CI）缺陷突變體的敏感性降低，表明xy12的抗真菌作用依賴于CI，同時，xy12處理的白色念珠菌的表型與CI缺陷突變體相似�？傊�，結(jié)果表明，xy12可以通過抑制白色念珠菌中的線粒體復(fù)合物I來抑制氧化磷酸化，為線粒體靶向抗真菌藥物的開發(fā)提供了一種新的先導(dǎo)化合物。
轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果展示：
項目文章：Molecular mechanisms of atrazine toxicity on H19-7 hippocampal neurons revealed by integrated miRNA and mRNA “omics”
發(fā)表期刊：Ecotoxicology and Environmental Safety
影響因子：7.129
合作單位：徐州醫(yī)科大學
樣本類型：大鼠海馬衍生的H19-7細胞（n=6）
研究內(nèi)容：阿特拉津（ATR）是一種在亞洲和南美洲廣泛應(yīng)用的除草劑，其自然降解緩慢，并對人類和動物健康產(chǎn)生有害影響，包括海馬毒性。然而，對ATR誘導(dǎo)的海馬損傷的分子機制知之甚少。因此作者分析了大鼠海馬衍生的H19-7細胞對ATR（500μM）的反應(yīng)的mRNA和miRNA表達譜，GO分析表明，這些DEMs富含與突觸可塑性和抗氧化能力相關(guān)的基因，而KEGG分析表明，富集的DEMs參與鈣信號傳導(dǎo)、軸突引導(dǎo)、MAPK信號傳導(dǎo)和膠質(zhì)細胞癌變。本文鑒定的miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)可能為ATR誘導(dǎo)的海馬神經(jīng)毒性治療提供潛在的生物標志物和新的策略。
轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果展示：
項目文章：Long‐Term High‐Fat Diet Decreases Renal Insulin‐Degrading Enzyme Expression and Function by Inhibiting the PPARγ Pathway
發(fā)表期刊：Molecular Nutrition & Food Research
影響因子：6.575
合作單位：重慶醫(yī)科大學附屬第三醫(yī)院
樣本類型：小鼠腎臟組織（n=6）
研究內(nèi)容：長期高脂肪飲食（HFD）導(dǎo)致胰島素抵抗，這是肥胖和2型糖尿病發(fā)展的主要病因。胰島素清除受損不僅是胰島素抵抗的后果，也是胰島素抵抗的原因。腎臟是胰島素清除的主要部位，其中胰島素降解酶（IDE）在近端小管中起著至關(guān)重要的作用。因此，我們研究了腎IDE在HFD誘導(dǎo)的肥胖小鼠胰島素抵抗調(diào)節(jié)中的作用。RNA-Seq分析發(fā)現(xiàn)PPAR途徑參與其中，腎PPARγ表達降低。PPARγ激動劑羅格列酮可阻止棕櫚酸對IDE表達的抑制。在棕櫚酸處理的細胞中，與IDE啟動子結(jié)合的PPARγ的量減少。羅格列酮改善了HFD喂養(yǎng)小鼠的胰島素清除率和胰島素抵抗，并增加了腎IDE的表達。
轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果展示：
★ 研究思路2★
轉(zhuǎn)錄組測序--轉(zhuǎn)錄水平的驗證
項目文章：Interfering biosynthesis by nanoscale metal-organic frameworks for enhanced radiation therapy
發(fā)表期刊：Biomaterials
影響因子：15.304
合作單位：上海交通大學醫(yī)學院附屬瑞金醫(yī)院/上海市傷骨科研究所
樣本類型：人骨肉瘤細胞系（n=6）
研究內(nèi)容：放射治療(RT)是應(yīng)用最廣泛的癌癥治療方法之一。然而，腫瘤細胞旺盛的生物合成對RT抵抗性起著重要作用。在此，本研究合成了一種多功能的鉿基金屬有機框架（Hf-nMOFs），并負載了3-BrPA（3-BrPA@Hf-nMOFs，縮寫為BHT）用于生物合成靶向放療增敏。同時，利用轉(zhuǎn)錄組技術(shù)對細胞代謝和生物合成中的上調(diào)和下調(diào)基因以及相關(guān)通路進行了研究，揭示BHT的放射增敏機制。這項研究為解決放療瓶頸提供了新的方法和策略，也為合理開發(fā)創(chuàng)新和高效的輻射增敏試劑提供了概念框架。
轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果展示：
項目文章：Ga-containing Ti alloy with improved osseointegration for bone regeneration: In vitro and in vivo studies
發(fā)表期刊：Composites Part B-Engineering
影響因子：11.322
合作單位：上海交通大學醫(yī)學院附屬第九人民醫(yī)院/南京醫(yī)科大學兒童醫(yī)院
樣本類型：大鼠骨髓間充質(zhì)干細胞（BMSCs）（n=6）
研究內(nèi)容：鈦和鈦合金因其優(yōu)異的機械財產(chǎn)、耐磨性和生物相容性而被廣泛應(yīng)用于臨床骨科植入材料。然而，鈦合金的治療效果受到其骨整合不良的限制。因此，本研究旨在通過制造含不同Ga量的鈦合金來改善骨整合不良。評估了Ti–Ga合金的財產(chǎn)，包括元素分布、硬度和鈣鹽沉積。結(jié)果表明，Ga作為一種生物活性金屬，促進了磷灰石的形成。分別使用大鼠骨髓間充質(zhì)干細胞（BMSCs）和大鼠髓內(nèi)釘模型在體外和體內(nèi)評估了Ti–Ga合金的成骨性能。生物學結(jié)果表明，Ti–Ga合金為細胞粘附和擴散提供了合適的條件，促進了BMSCs的成骨分化，并比純Ti更好地增強了體內(nèi)骨整合。轉(zhuǎn)錄組學結(jié)果進一步表明，Ga通過下調(diào)gremlin表達增強了骨整合。本研究介紹了Ti-Ga合金作為具有比純鈦更好的骨整合的有前途的植入材料，并闡明了Ga促進成骨的可能機制。
轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果展示：
項目文章：A prospective diagnostic and prognostic biomarker for hepatocellular carcinoma that functions in glucose metabolism regulation: Solute carrier family 37 member 3
發(fā)表期刊：BBA - Molecular Basis of Disease
影響因子：6.633
合作單位：天津醫(yī)科大學朱憲彝紀念醫(yī)院
樣本類型：人肝細胞癌細胞系（n=6）
研究內(nèi)容：肝細胞癌（HCC）是最常見的癌癥類型。由于HCC發(fā)病隱匿，早期診斷相對困難。HCC對一線治療藥物也表現(xiàn)出強烈的耐藥性。因此，迫切需要新的精確診斷和預(yù)測HCC的生物標志物。作者采用生物信息學分析、體外細胞功能實驗和體內(nèi)異種移植腫瘤模型的組合方法，系統(tǒng)地研究溶質(zhì)載體家族37成員3（SLC37A3）在HCC進展中的作用。SLC37A3敲低的HCC細胞的RNA-seq分析表明，1型糖尿�。═1DM）相關(guān)的信號通路顯著改變。胰島素分泌相關(guān)基因和糖酵解/糖異生相關(guān)基因的表達水平也發(fā)生了變化，表明SLC37A3可能參與葡萄糖穩(wěn)態(tài)的調(diào)節(jié)�？傊�，SLC37A3是HCC的前瞻性診斷和預(yù)后生物標志物，在糖代謝調(diào)節(jié)中發(fā)揮作用。
轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果展示：
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