甲殼動物神經(jīng)肽譜圖庫在DIA數(shù)據(jù)分析中的應(yīng)用

數(shù)據(jù)依賴采集(DIA)由于靈敏度高、重現(xiàn)性好，比較適合神經(jīng)肽的質(zhì)譜檢測與鑒定。甲殼類動物由于相對簡單的神經(jīng)系統(tǒng)而成為神經(jīng)肽組學(xué)研究的經(jīng)典模型。來自威斯康星大學(xué)麥迪遜分校的李靈軍教授團(tuán)隊(duì)從北黃道蟹(Cancer borealis)的腦、心包組織和胸椎神經(jīng)節(jié)組織中分別提取神經(jīng)肽，采集了其DIA數(shù)據(jù)，并比較了譜圖庫搜索（Spectral Library）和library-free數(shù)據(jù)庫搜索對DIA譜圖的解析深度。結(jié)果顯示在胸椎神經(jīng)節(jié)組織中，譜圖庫鑒定數(shù)量顯著優(yōu)于數(shù)據(jù)庫搜索，其他兩種組織無顯著差異。DIA的譜圖庫建立及分析使用PEAKS Online完成，數(shù)據(jù)庫檢索結(jié)合DIA-Umpire和PEAKS Studio完成。

Figure 1 實(shí)驗(yàn)流程

Figure 2 譜圖庫統(tǒng)計(jì)

譜圖庫分析直接在PEAKA Online軟件中完成，直接數(shù)據(jù)庫搜索先通過DIA-Umpire對數(shù)據(jù)解卷積然后用PEAKS Studio完成搜庫（Tips:PEAKS Online和PEAKS Studio均可直接對DIA數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)庫搜索，不需要其他軟件預(yù)處理哦~)。如Figure 3的對比結(jié)果所示，對于本次采集的神經(jīng)肽DIA數(shù)據(jù)，譜圖庫搜索能鑒定到更多肽段，胸椎神經(jīng)節(jié)組織（TG）差異更加顯著。此外，從腦和心包組織的結(jié)果對比可以看出（Figure 3 B-C），譜圖庫和直接數(shù)據(jù)庫搜索可以結(jié)合使用，作為互補(bǔ)，達(dá)到更深度的DIA譜圖解析效果。相對來說，譜圖庫檢索的重現(xiàn)性更加穩(wěn)定（Figure 4）。

Figure 3 譜圖庫和直接數(shù)據(jù)庫DIA數(shù)據(jù)分析結(jié)果對比

（PO：心包組織，TG：胸椎神經(jīng)節(jié)組織）

Figure 4 譜圖庫與直接數(shù)據(jù)庫檢索重現(xiàn)性

本研究的結(jié)果表明，即使沒有針對同批樣本的DDA多餾分?jǐn)?shù)據(jù)作為譜圖庫，利用同類樣本已獲得的前期DDA數(shù)據(jù)構(gòu)建譜圖庫也是一種高效、可行的方法，并且無需消耗額外的樣品和機(jī)時(shí)。盡管譜圖庫的構(gòu)建也受限于多種因素，但該方法在本研究中，對于神經(jīng)肽的鑒定提供了可靠的結(jié)果，并且PTMs的鑒定和位點(diǎn)定位也很準(zhǔn)確。此外，譜圖庫和直接數(shù)據(jù)庫檢索結(jié)合使用不失為一種更加全面的方法。

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