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國(guó)際植物表型網(wǎng)絡(luò)（IPPN）近期發(fā)布的2017年度報(bào)告，現(xiàn)對(duì)其進(jìn)行翻譯整理與廣大植物表型專家學(xué)者分享。

摘要

IPPN旨在促進(jìn)全球范圍內(nèi)重要植物表型鑒定中心之間的討論交流，并與來自學(xué)術(shù)界和工業(yè)界的表型科學(xué)家，用戶和技術(shù)開發(fā)者進(jìn)行討論。主要活動(dòng)包括：

• 組織第四屆國(guó)際植物表型研討會(huì)。 IPPN近年來組織了國(guó)際植物表型研討會(huì)（Canberra 2009，Jülich2011，Chennai 2014，CIMMYT 2016）。 最后一次研討會(huì)CIMMYT 2016 IPPN成立之后的第一個(gè)非盈利性組織研討會(huì)（2015年12月）。

• 擴(kuò)展會(huì)員資格。自此，IPPN e.V.已經(jīng)成為整合植物表型活動(dòng)的重要核心，從2015年11月成立以來，從17個(gè)增加到30個(gè)機(jī)構(gòu)成員。

• 建立和運(yùn)行專題工作組。主要議題由成立工作組的委員會(huì)成員確定。目前有五個(gè)工作組正在開展相關(guān)科研與業(yè)務(wù)活動(dòng)，另有兩個(gè)正在籌備中。

• 表型延伸傳播活動(dòng)。IPPN網(wǎng)站正在成為植物表型群落的重要信息平臺(tái)，例如，擁有表型設(shè)施的數(shù)據(jù)庫(kù)現(xiàn)在涵蓋了超過70個(gè)全球表型設(shè)備。 為了進(jìn)一步傳播和促進(jìn)植物表型活動(dòng)，IPPN現(xiàn)有一個(gè)Twitter賬號(hào)和一個(gè)YouTube頻道，可以觀看2016年CIMMYT主辦的第四屆IPPS演講，以及2015年巴塞羅那研討會(huì)的演講。彌補(bǔ)了未參會(huì)而又想了解前沿表型組動(dòng)態(tài)小伙伴們的遺憾。

• 擴(kuò)展IPPN會(huì)員。目前，IPPN正致力于擴(kuò)大其會(huì)員資格，并修改現(xiàn)行法規(guī)，下一步能夠促進(jìn)工業(yè)界代表進(jìn)入表型行業(yè)學(xué)術(shù)圈交流。

 

Ⅰ. 2017 IPPN主要活動(dòng)

1.1國(guó)際植物表型研討會(huì)（IPPS）和表型會(huì)議

 

1.1.1基于第四屆IPPS的特刊

參與組織第四屆IPPS的IPPN同事與Matthew Reynolds共同擔(dān)任總編，組織一期在《crop science》上的特刊。

下一步： Matthew Reynolds正在與撰寫雜志評(píng)論。

 

1.1.2“IPPN象征樹”

IPPN辦公室正協(xié)調(diào)在國(guó)際植物形態(tài)學(xué)研討會(huì)（堪培拉，Julich,Chennai,El Batan）的不同地點(diǎn)種植栽培樹木，并建立一個(gè)network。

 

1.1.3會(huì)議精簡(jiǎn)和協(xié)調(diào)

為了精簡(jiǎn)會(huì)議，盡量減少重疊的國(guó)際表型會(huì)議，IPPN辦公室聯(lián)系了其他會(huì)議組織者(包括Lemnatec, Phenospex, PSI, ASPB, CPPN, LatPPN等)，將重點(diǎn)放在植物表型技術(shù)本身上，并與他們討論如何協(xié)調(diào)會(huì)議。許多組織都表示有興趣與IPPN合作以減少潛在的會(huì)議沖突。Lemnatec已經(jīng)停止組織Phenodays，他們有興趣與IPPN聯(lián)手舉行未來的國(guó)際表型會(huì)議。

 

1.1.4阿德萊德第五屆表型組國(guó)際會(huì)議

IPPN在阿德萊德大學(xué)的同事和APPF正在就準(zhǔn)備于2018年10月在阿德萊德舉辦的第五屆IPPS與IPPN工作組合作。

 

1.2會(huì)員

1.2.1新成員

在大會(huì)正式批準(zhǔn)之前，IPPN歡迎新成員的加入：

• 德國(guó)弗勞恩霍夫研究所The FraunhoferInstitute

• Noble Research Institute

• 以色列：希伯來大學(xué)，特拉維夫大學(xué)和魏茨曼科學(xué)研究所

• 日本：Kazusa DNA研究所和東京大學(xué)

下一步：IPPN成員和IPPN辦公室應(yīng)進(jìn)行互動(dòng)，以進(jìn)一步增加成員數(shù)量 - 特別是在目前沒有IPPN成員的國(guó)家。根據(jù)上次IPPN委員會(huì)的建議，IPPN提出如何支持發(fā)展中國(guó)家的成員資格的建議。

 

1.2.2行業(yè)互動(dòng)和會(huì)員選擇

大會(huì)授權(quán)IPPN執(zhí)行委員會(huì)開始與工業(yè)界討論IPPN內(nèi)潛在的相互作用。CIMMY的IPPN研討會(huì)期間，在Jülich主導(dǎo)的表型研討會(huì)上，組織了兩次面對(duì)面的會(huì)議。此外，與IPPN理事會(huì)確定的行業(yè)成員進(jìn)行了一些視頻會(huì)議討論。目前，多個(gè)工業(yè)界成員提供了加入IPPN的意向書。在討論的基礎(chǔ)上，IPPN起草了一個(gè)新版本的章程，修改成包括工業(yè)界成員。

 

1.3支持5個(gè)工作小組

IPPN辦公室支持他們組織部分會(huì)議（例如公告等），跟蹤活動(dòng)并要求工作組的業(yè)務(wù)計(jì)劃。目前，每個(gè)工作組根據(jù)其提供的商業(yè)計(jì)劃獲得每年高達(dá)5000歐元的支持，該計(jì)劃經(jīng)IPPN董事會(huì)批準(zhǔn)。

為早期職業(yè)科學(xué)家提供旅行補(bǔ)助；

IPPN委員會(huì)決定支持早期的職業(yè)科學(xué)家提供差旅補(bǔ)助金，參加CIMMYT的第四屆IPPS，授予:

• Konstantinos N. Blazakis博士，希臘干尼亞地中海農(nóng)藝研究所

• Sruti Das Choudhury博士，美國(guó)內(nèi)布拉斯加州大學(xué)

• Tove Sundgren女士，挪威生命科學(xué)大學(xué)

此外，在工作組活動(dòng)的框架內(nèi)，還支持進(jìn)一步的早期職業(yè)科學(xué)家參加第4屆IPPS的根衛(wèi)星會(huì)議:

• Saoirse Tracy博士，愛爾蘭都柏林大學(xué)

• Christian Kuppe， 德國(guó)ForschungszentrumJülich

• Alexander Bucksch， 美國(guó)佐治亞州大學(xué)

最后，在密蘇里州的IPG根生物學(xué)會(huì)議的與會(huì)者得到了根工作組框架的支持:

• Shirley Nichols博士，新西蘭AgResearch

• Mina Rostamza博士，普渡大學(xué)

• Hannah Schneider女士，賓夕法尼亞州立大學(xué)

下一步：繼續(xù)開展這項(xiàng)活動(dòng)，增加年輕研究人員參與IPPN研討會(huì)的工作。

 

1.4通訊

1.4.1網(wǎng)站更新

IPPN網(wǎng)站進(jìn)一步擴(kuò)展:

• IPPN網(wǎng)站上的活動(dòng)和新聞頁面已經(jīng)建立。 所有IPPN成員都可以將新聞和活動(dòng)發(fā)送到IPPN辦公室，并與整個(gè)世界分享。

• 平臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)包含來自全球各地的70多個(gè)表型平臺(tái)詳細(xì)說明；數(shù)據(jù)庫(kù)的功能正在重新配置，以便成員可以編輯自己的平臺(tái)列表。

• 網(wǎng)站添加并包括IPPN內(nèi)部可下載文件。

• 可用于支持WG活動(dòng)的會(huì)議組織。

• 專家數(shù)據(jù)庫(kù)即將完成，以使IPPN成員能夠描述其最新進(jìn)展和概況。

 

1.4.2社交媒體和互聯(lián)網(wǎng)

為了更廣泛的傳播IPPN的信息并分享同事的活動(dòng)，我們建立了一個(gè)Twitter帳戶。

為了分享在IPPN活動(dòng)上的談話，我們建立了自己的YouTube頻道。您可以在頻道上找到座談會(huì)和研討會(huì)的談話。

Twitter: https://twitter.com/IPPN

YouTube: https://www.youtube.com/channel/UC7uUa8CGxCuGCgT4YVUffwQ

 

Ⅱ. 2018年IPPN辦公室活動(dòng)計(jì)劃

在2018年，如果我們把IPPN擴(kuò)大到工業(yè)界，我們將迎來大約15名新成員。這些新成員中的大多數(shù)來自于工業(yè)界，更多來自學(xué)術(shù)界，主要來自我們已經(jīng)討論過的單位。

IPPN辦公室提出：

• 成立新的工作小組：我們預(yù)計(jì)將啟動(dòng)新的工作組，并且現(xiàn)有的工作組將開展工作，以便于2018年開展大約八到十個(gè)專門工作組活動(dòng)，并得到IPPN的支持。

• 開展培訓(xùn)活動(dòng)。IPPN還將專門與工作組密切配合，促進(jìn)培訓(xùn)活動(dòng)的發(fā)展。這些活動(dòng)應(yīng)針對(duì)引進(jìn)和招聘更多的年輕研究人員進(jìn)行植物表型鑒定，確定培訓(xùn)需求，并發(fā)現(xiàn)如何滿足日益增長(zhǎng)的表型需求。

• 繼續(xù)支持早期的職業(yè)科學(xué)家。與前一年一樣，但由于預(yù)期會(huì)員人數(shù)增加，IPPN將進(jìn)一步支持早期職業(yè)科學(xué)家提供差旅補(bǔ)助金，以便可以在IPPN活動(dòng)上展示他們的工作，例如計(jì)劃2018年在阿德萊德舉辦的研討會(huì)和其他工作小組會(huì)議。

• 鼓勵(lì)與工業(yè)界的聯(lián)系。為了充分利用預(yù)期工業(yè)界成員的加入，IPPN還將致力于探討專門為鼓勵(lì)和支持產(chǎn)學(xué)研交流的研討會(huì)的機(jī)會(huì)。

• 提高新興國(guó)家的成員資格。來自發(fā)展中國(guó)家的成員數(shù)量較低，IPPN也希望確定和開展吸引包括發(fā)展中國(guó)家成員的活動(dòng)，以擴(kuò)大植物表型國(guó)際影響力。

• 進(jìn)一步發(fā)展溝通。IPPN還將通過專門的通訊促進(jìn)網(wǎng)站之外的溝通，收集和共享整個(gè)表型學(xué)術(shù)界的信息。

 

Ⅲ. 工作組

3.1低成本表型技術(shù)研究小組

目標(biāo)：本工作組側(cè)重于低成本和便捷的表型技術(shù)，以加強(qiáng)傳播現(xiàn)代表型的概念和方法。應(yīng)該解決更廣泛的植物科學(xué)和繁殖群體直接獲取和使用現(xiàn)代表型裝置和概念的需求，以滿足表型技術(shù)多樣化需求。

活動(dòng)：工作組于5月15日至17日舉行了第一次研討會(huì)，該研討會(huì)吸引了來自世界各地的40多名與會(huì)者。研討會(huì)側(cè)重于低成本的表型分析方法，并且還有表型儀器實(shí)際操作的示范。工業(yè)界也有很好的代表，這可能為IPPN拓展未來的會(huì)員基礎(chǔ)鋪平道路。會(huì)議報(bào)告已經(jīng)發(fā)布在網(wǎng)站上。

2018年計(jì)劃：

• 主要活動(dòng)將于2018年在阿德萊德召開的IPPN研討會(huì)上組織研討會(huì)。將提出講習(xí)班的概念，并須經(jīng)理事會(huì)核準(zhǔn)。

• 計(jì)劃在2018年繼續(xù)并完成一份涵蓋低成本方法的新興需求和示例應(yīng)用的手稿。這將是明年工作組的具體成果。

 

3.2表型影像工作組

目標(biāo)：工作小組的目的是通過為開發(fā)者和用戶提供一個(gè)討論新出現(xiàn)的挑戰(zhàn)、方法、技術(shù)和應(yīng)用的論壇，來推進(jìn)基于圖像的植物表型的方法研究。通過設(shè)立這個(gè)工作組，國(guó)際社會(huì)將有一個(gè)在項(xiàng)目之外進(jìn)行互動(dòng)的平臺(tái)。

活動(dòng)：

?)成像工作組正在運(yùn)行一系列有關(guān)主題的在線網(wǎng)絡(luò)研討會(huì)。這些網(wǎng)絡(luò)研討會(huì)旨在增加網(wǎng)絡(luò)和信息共享。會(huì)員可以觀看國(guó)際專家的現(xiàn)場(chǎng)對(duì)話，提問，并通過音頻和文本聊天工具討論問題。

在線研討會(huì)加入地址: http://join.me/plant-phenotyping

網(wǎng)絡(luò)研討會(huì)錄音網(wǎng)站 (https://www.plant-phenotyping.org/Imaging-Workgroup-Webinars):

• 6月份，影像工作組舉辦了首個(gè)網(wǎng)絡(luò)研討會(huì)。PouriaSadeghi-Tehran的演講“Field Scanalyzer：現(xiàn)代高通量現(xiàn)場(chǎng)表型自動(dòng)化機(jī)器人系統(tǒng)”，為研討會(huì)的參與者介紹了自動(dòng)化現(xiàn)場(chǎng)表型分析設(shè)備Field Scanalyzer。

• 影像工作組在8月份舉行了第二次在線研討會(huì)。計(jì)算機(jī)視覺實(shí)驗(yàn)室的成員、諾丁漢大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)學(xué)院的助理教授Michael Pound解釋了CNNs的背景，他們與傳統(tǒng)的機(jī)器學(xué)習(xí)有何不同，是什么使他們?nèi)绱藦?qiáng)大。Michael講述了他們是如何在實(shí)踐中訓(xùn)練和使用的，以及這對(duì)植物表現(xiàn)型的特殊意義。

影像工作組計(jì)劃在未來舉辦更多的網(wǎng)絡(luò)研討會(huì)，以涵蓋相關(guān)主題，旨在發(fā)揮指導(dǎo)作用，增加網(wǎng)絡(luò)和信息共享。

?)2017年10月，成像工作組在ICCV上舉行CVPPP研討會(huì)。ICCV是全球范圍內(nèi)最有聲望的國(guó)際計(jì)算機(jī)視覺會(huì)議。今年在意大利的威尼斯舉辦。影像工作組獲得了從Lemantec和Phenospex的贊助，以支持受邀演講者的旅費(fèi)。

?）成像工作小組也于7月份在瓦赫寧根開設(shè)了暑期學(xué)校。因?yàn)槭钇趯W(xué)校的重點(diǎn)是對(duì)植物的表型做一個(gè)概述，觀眾是新來的科學(xué)家和學(xué)生。

?）成像工作組活躍于網(wǎng)絡(luò)。要了解更多有關(guān)他們的活動(dòng)，請(qǐng)?jiān)L問以下鏈接，這些鏈接可在他們的主頁上訪問(https://www.plant-phenotyping.org/ippn_wg_imaging):

網(wǎng)絡(luò)研討會(huì)：https://www.plant-phenotyping.org/Imaging-Workgroup-Webinars

博客：https://plant-phenotyping.tumblr.com/Twitter

推特：https://twitter.com/IPPNImagingWG

2018年計(jì)劃

研討會(huì)

• 日期待定：IAMPS @ Nottingham。目標(biāo)觀眾：注重實(shí)踐的植物生物學(xué)家

網(wǎng)絡(luò)研討會(huì)

• 下一次研討會(huì)正在籌備中，日期待定。

• 在提供離線版本之前，需澄清法律限制。

 

3.3根系表型工作組

目的：工作組旨在成為一個(gè)論壇，以確定根表型的科學(xué)和技術(shù)界限，促進(jìn)根表型，加快應(yīng)用于全球農(nóng)業(yè)和環(huán)境挑戰(zhàn)。

活動(dòng)：為了支持早期職業(yè)科學(xué)家，根表型工作組再次向在美國(guó)密蘇里州參加IPG根生物學(xué)會(huì)議的三名受助者提供旅行補(bǔ)助（https://www.plant-phenotyping.org/travel_grant_Root_Biology_Meeting）。三名接收人是：

• Shirley Nichols博士，新西蘭AgResearch

• Mina Rostamza博士，普渡大學(xué)

• Hannah Schneider女士，賓夕法尼亞州立大學(xué)

三名接受人在會(huì)議上出示了一張密蘇里州的海報(bào)。

該組織歡迎諾布爾研究所的Larry York作為新的委員會(huì)成員。

2018年計(jì)劃

面對(duì)面會(huì)議：

• 為了保持與相關(guān)國(guó)際科學(xué)會(huì)議的聯(lián)系，工作組將于2018年7月8日在ISRR國(guó)際基礎(chǔ)研究學(xué)會(huì)第十次會(huì)議上組織一次會(huì)議。欲了解更多信息，請(qǐng)?jiān)L問：http：//www.rootresearch.org/

田間根表型培訓(xùn)研討會(huì)

• 加上2018年澳大利亞阿德萊德，工作組將在第5次的IPPS上舉辦衛(wèi)星會(huì)議。

2019年計(jì)劃

根表型研討會(huì)

• 美國(guó)阿德摩爾的諾貝爾研究院將于2019年3月至6月舉辦一場(chǎng)研討會(huì)。研討會(huì)將包括發(fā)言人和實(shí)踐練習(xí)�；�本根表型將包括“藍(lán)皮書”方法，根瘤菌，根冠表型，土壤取心，洗滌，掃描等。我們將嘗試解決從實(shí)驗(yàn)室到現(xiàn)場(chǎng)，從實(shí)惠到昂貴的方法。試著從開始到結(jié)束都要從頭開始。包括一些圖像分析和統(tǒng)計(jì)分析。

白皮書

• 工作組正在研究一份白皮書:“如何將數(shù)據(jù)管理的公平原則付諸實(shí)踐?”將傳達(dá)給資助機(jī)構(gòu)、全球研究機(jī)構(gòu)(如CGIAR)和其他利益相關(guān)者。

 

3.4種子表型工作組（SPWG）

目的：SPWG應(yīng)以加強(qiáng)種子表型創(chuàng)新為首要目標(biāo)，切實(shí)加快具體目標(biāo)的進(jìn)展。具體目標(biāo)包括：

1）為IPPN會(huì)議提供建設(shè)性的意見，并闡述利用新技術(shù)發(fā)展種子庫(kù)和創(chuàng)新農(nóng)業(yè)的好處；

2）在表型數(shù)據(jù)方面促進(jìn)種子庫(kù)的數(shù)據(jù)共享和交換，互用性，數(shù)據(jù)使用，數(shù)據(jù)分析和最佳實(shí)踐；

3）通過合作、倡導(dǎo)、研究、開發(fā)和實(shí)施多學(xué)科的資源和機(jī)會(huì)，建立一個(gè)植物表型支柱模型。

活動(dòng)：于2017年9月在德國(guó)舉辦的“圓桌討論：種子與種質(zhì)表型”，在種子庫(kù)和表型技術(shù)社區(qū)中建立起動(dòng)力和興趣，并與DivSeek GG：基因庫(kù)表型進(jìn)行合作。

2018年計(jì)劃

通過各成員和部門的專業(yè)發(fā)展，建立種子庫(kù)的表型能力。

第二屆亞太植物表型會(huì)議（2018年3月，南京舉辦）

2019年計(jì)劃

繼續(xù)發(fā)展戰(zhàn)略聯(lián)盟和伙伴關(guān)系，通過聯(lián)合研究和出版物來促進(jìn)種子表型分類，并實(shí)現(xiàn)技術(shù)進(jìn)步的更大影響力。

 

3.5國(guó)際受控環(huán)境植物表型組（I_CEPPG）

目的：I_CEPPG專注于評(píng)估在明確的實(shí)驗(yàn)條件下模擬各種現(xiàn)在和未來氣候情景的植物性能特征，并旨在將研究人員聚集在一起，模擬不同受控環(huán)境中運(yùn)行植物表型平臺(tái)，研究人員包括植物遺傳學(xué)家，（生態(tài)）生理學(xué)家，發(fā)育生物學(xué)家，農(nóng)藝學(xué)家，氣候研究員，土壤學(xué)家，生物信息學(xué)家和生物學(xué)家，以及與植物發(fā)育、生理過程和氣候情景建模相關(guān)的其他相關(guān)領(lǐng)域的科學(xué)家，傳感技術(shù)開發(fā)者使用設(shè)施或貢獻(xiàn)的概念,技術(shù)和方法開發(fā)。

活動(dòng)：計(jì)劃于2018年開展新活動(dòng)。

2018年及以后的計(jì)劃：

• I_CEPPG將為I_CEPPG成員和相關(guān)團(tuán)體在受控環(huán)境設(shè)施現(xiàn)場(chǎng)組織一系列的現(xiàn)場(chǎng)座談會(huì)：第一屆I_CEPPG座談會(huì)將于2018年秋季在I_CEPPG的IPK會(huì)議成員間舉行，同時(shí)從已成立的工作組如NCERA-101，NCR-101，UKCEUG，GCEUG等邀請(qǐng)嘉賓發(fā)言，旨在與植物栽培大廳中新型表型平臺(tái)的開幕共同舉辦。

• 隨后將會(huì)在其他的受控環(huán)境設(shè)施現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行一系列的現(xiàn)場(chǎng)講習(xí)班，包括操作演示和為與會(huì)者提供經(jīng)驗(yàn)/培訓(xùn)(在適當(dāng)?shù)那闆r下)。

• I_CEPPG將進(jìn)行衛(wèi)星會(huì)議活動(dòng)（例如國(guó)際植物表型研討會(huì)，國(guó)際植物學(xué)大會(huì)，PAG會(huì)議，植物生物學(xué)國(guó)際會(huì)議，EPSO / FESPB會(huì)議，ASPB會(huì)議，氣候變化/農(nóng)業(yè)會(huì)議，EUCARPIA會(huì)議等），讓更多的植物表型和植物生物學(xué)社區(qū)關(guān)注I_CEPPG及其活動(dòng)，并使I_CEPPG接觸到更多的社區(qū)。

• I_CEPPG將撰寫并出版（在2019年）一份白皮書，作為IPK最初現(xiàn)場(chǎng)研討會(huì)的后續(xù)工作，介紹受控環(huán)境植物表型分類平臺(tái)和程序的當(dāng)前概念和用途（包括現(xiàn)有計(jì)劃的概況、設(shè)施和能力）以及進(jìn)一步發(fā)展的選擇和要求。本文的執(zhí)行摘要以及有關(guān)I_CEPPG信息的傳單以及I_CEPPG活動(dòng)（研討會(huì)）的公告將通過在國(guó)際會(huì)議上分發(fā)的方式向投資機(jī)構(gòu)和研究機(jī)構(gòu)提供信息。

 

3.6 IPPN數(shù)據(jù)管理（IDaM）

目的：進(jìn)行中

活動(dòng)：進(jìn)行中

 

3.7 深度植物表型分析

目的：進(jìn)行中

活動(dòng)：新成立于2017年