化合物虛擬篩選平臺技術(shù)交流問答

以下內(nèi)容來自殷賦學(xué)術(shù)交流群，由小殷收集整理，希望對大家有所幫助。

虛擬篩選相關(guān)

A:問一下，貴公司有沒有關(guān)于虛擬篩選的在線培訓(xùn)課程?

小殷 :沒有呢。不過今年平臺會上線虛擬篩選功能，屆時會針對此功能進(jìn)行免費培訓(xùn)。

A :哦哦，之前看過公眾號的教程，哈哈哈，但是想系統(tǒng)學(xué)一下如何選擇和使用分子庫。

殷賦科技 : 分子庫大多使用商業(yè)庫，主要看你們經(jīng)費條件。盡量選擇結(jié)構(gòu)多樣性良好的庫。化合物庫還需要經(jīng)過一系列仔細(xì)的處理，包括：結(jié)構(gòu)檢查、加氫(質(zhì)子化)、加電荷、能量優(yōu)化。我們會在平臺上提供這項功能。

如果有版權(quán)，可以用MOE來處理，先wash，再minimize。或者你手頭有其他軟件，也可以使用，Sybyl、DS這些軟件都有完善的工具。我們是使用免費開源的編程庫來編寫程序的，這方面恐怕難以傳授。最好使用我們的平臺，它是我們多年的技術(shù)經(jīng)驗的積累。

A :謝謝啊，我參考你們的教程和paper，可以做現(xiàn)有單個化合物模擬(模仿)，但是還不太懂選擇庫，好的 ，很期待。

殷賦科技 : 你說的是兩件事吧，一個是使用分子對接預(yù)測結(jié)合模式，另一個是虛擬篩選。前者不用選庫啊，而是你指定若干個化合物，最好經(jīng)過實驗驗證的。后者也是根據(jù)需要去挑選，比如想篩選有機(jī)小分子的，可以選Specs、ChemDiv、Enamine等庫。

B:第一個是反向篩靶的是么?就是指定化合物篩選其靶標(biāo)?

殷賦科技:不是啊，也不是正向篩選，就是對某些感興趣的化合物進(jìn)行分子對接，去了解他們在蛋白口袋中的結(jié)合模式(方式)和相互作用情況。

如果對編程感興趣，我們也可以教授一些基礎(chǔ)，用來處理日常工作。建議學(xué)習(xí)Linux和Python。

A:好的，我對編程感興趣，但是它對我不感興趣，我先等平臺吧。

殷賦科技: Python很好學(xué)，當(dāng)年我花了一個晚上就看完這篇《A byte of python》(建議學(xué)Python3)：https://python.swaroopch.com/，我能學(xué)會，大家都可以。

云計算平臺

D:目前云平臺可以進(jìn)行什么分析，是免費的嗎?還是如何收費的？

小殷:目前可做分子對接的vina與dock6方案，注冊會送2張計算券。dock6方案80元/個分子，vina60元/個分子。

C:vina和dock6差別大么？

殷賦科技: 不同對接算法，打分也不同。

D:目前有分子動力學(xué)模擬的項目嗎？

小殷：打算今年開發(fā)。

D:這個的價格大概會在多少錢？

小殷: 還沒推出的功能，暫時還沒定價。不過相對人工服務(wù)，還是非常便宜的。

E:請問貴公司分子動力學(xué)的算法適用于DNA的模擬嗎?

殷賦科技:  動力學(xué)是調(diào)用GROMACS等開源免費軟件，我們是在此基礎(chǔ)上進(jìn)行加工和拓展。GROMACS有適用于DNA的力場(Amber ff99SB等力場)，非常適合用來模擬DNA。

ECD圖譜制作

F:張老師，問你個專業(yè)問題，用SpecDis怎么對多個化合物的ECD圖譜進(jìn)行比較呢?還是需要用其它軟件?

殷賦科技:這個過程需要操作的東西比較多，待我細(xì)細(xì)道來：

假設(shè)有3個構(gòu)象，gaussian計算結(jié)果文件為a-1.log、a-2.log、a-3.log。步驟如下：

1、建立3個文件夾，如1、2、3，將log文件分別放進(jìn)去;

2、使用SpecDis的Tools，分別提取heat和spectra。此時，得到了新的文件夾heat和spectra;

3、將heat文件夾中的*.heat文件復(fù)制到spectra文件夾中;

4、使用SpecDis中的sum spectra，選擇spectra文件夾中的三個*.cd.bil文件，點擊Start，即得到復(fù)合曲線(玻爾茲曼平均圖譜)。

然后就是一般的比較過程了，我們會在平臺上實現(xiàn)此功能，到時候就不需要如此麻煩的操作了。

F:怎么對多個化合物，比如手性拆分后的對應(yīng)異構(gòu)體的測量圖譜和計算圖譜放在一個圖里面呢?

我現(xiàn)在就一步計算一個文件夾，之前請教過您這個問題。

我用這個只會比較一個擬合圖譜和測量圖譜,能不能對比多個擬合圖譜和測量圖譜？

殷賦科技:不建議用SpecDis來做圖，可以把圖譜數(shù)據(jù)導(dǎo)出來，用Excel或者其他軟件來做。

F:我也想過用Excel作圖，但是紫外校正和sigma值的調(diào)整怎么實現(xiàn)呢?

殷賦科技:點擊右下角Plot settings，修改一下命名，比如：

殷賦科技:然后回到主界面，點擊右下角plot PNG。就會得到xy文件了。注意：這些文件需要校正，所以，你要記下來計算曲線對應(yīng)的UV-Shift值和scaling factor值。在Excel作圖的時候，就將計算曲線的橫坐標(biāo)±Shift值，縱坐標(biāo)×或÷scaling factor值。

F:我記得是不是還有一個sigma值，就是調(diào)整峰款的寬？

殷賦科技:sigma已經(jīng)用上了，你在SpecDis上看到的曲線就是sigma的結(jié)果。

F:那個EXCEL里怎么實現(xiàn)？

殷賦科技:所以，不用再Excel里使用sigma。

G:那么計算出來譜圖縱坐標(biāo)和實測譜圖的Mdeg縱坐標(biāo)，是什么關(guān)系？

F:這個問題我還沒弄明白，還是請張老師回答吧。

殷賦科技:我們忽略縱坐標(biāo)單位就好，因為做了scaling嘛，計算曲線縱坐標(biāo)的絕對值已經(jīng)沒有意義了。

F:反正我看文獻(xiàn)里面寫啥單位的都有。

殷賦科技:實驗是啥單位，圖譜就啥單位。

G:噢，那就是只要趨勢一樣，就行了吧？

F:對對，就是這樣，我曾經(jīng)用PS把一個圖譜里的譜線復(fù)制到了另一個圖譜里，對齊坐標(biāo)，現(xiàn)在想想真傻。

H：計算ECD怎么收費？

殷賦科技:現(xiàn)在人工服務(wù)4000起，等平臺上上線了自助計算方案，就便宜了，不過還沒定價格。

G:張老師，我還有一個問題，就是有的文獻(xiàn)里計算一個，再把結(jié)果鏡像一個(偷懶了)。但是有的文獻(xiàn)把一對對映異構(gòu)體都算了，最后ecd譜圖還不是成鏡像的?這是什么導(dǎo)致的?

殷賦科技: 偷懶的方法是肯定對稱，真正去算對映異構(gòu)體的話，因為構(gòu)象搜索不如量化計算那么精確，甚至如果你用的是隨機(jī)算法，產(chǎn)生構(gòu)象就不對稱了，所以結(jié)果有偏差也不足為奇。

G:那就是偷懶的方法-做個鏡像，可能和理論更相符點。實際計算還可能有誤差?

殷賦科技:如果確定構(gòu)型判斷沒問題，就用偷懶的方法來做圖。

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