PCR Efficiency在線分析工具在預(yù)測PCR擴(kuò)增效率的使用

目前已開發(fā)多種工具可以進(jìn)行PCR引物的設(shè)計(jì)，但大多數(shù)工具只考慮避免發(fā)夾結(jié)構(gòu)形成、3'末端核苷酸的選擇、引物解鏈溫度等問題，并沒有考慮內(nèi)在擴(kuò)增子的特征以及沒有預(yù)測給定擴(kuò)增子和引物對的PCR擴(kuò)增效率。
 

Izaskun Mallona等人^[1]使用了一種基于90個引物對組合的統(tǒng)計(jì)方法，擴(kuò)增來自細(xì)菌、酵母、植物和人類的模板，擴(kuò)增子大小在74到907bp 之間，以確定影響PCR效率的參數(shù)。最終開發(fā)了一個擬合數(shù)據(jù)的廣義加法模型，并構(gòu)建了PCR Efficiency在線分析工具（http://130.60.24.89/efficiency.html），允許從給定序列開始獲得針對PCR 優(yōu)化的寡核苷酸，并可以預(yù)測出擴(kuò)增效率。
 

有個這款小工具，還怕做不好PCR實(shí)驗(yàn)嗎？現(xiàn)在快快試用我們的數(shù)字PCR系統(tǒng)和實(shí)時熒光定量PCR系統(tǒng)，你們就知道預(yù)測工具好不好用了。
 

naica^®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)
 

naica^®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)，以Sapphire芯片（全自動）或Opal（高通量）芯片為耗材，形成由25,000-30,000個微滴組成的單層二維陣列，該單層微滴陣列形成后直接進(jìn)行PCR擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)。反應(yīng)完成后對微滴進(jìn)行三通道成像，從而對起始核酸濃度進(jìn)行絕對定量。僅需2.5小時即可獲取結(jié)果。

Azure Cielo™實(shí)時熒光定量PCR系統(tǒng)
 

Azure Cielo™實(shí)時熒光定量PCR系統(tǒng)來自于美國Azure Biosystems公司，配備高品質(zhì)溫度模塊，采用光纖和CMOS的檢測系統(tǒng)，高能LED的激發(fā)，提供高靈敏和可靠的數(shù)據(jù)。
 

參考文獻(xiàn)：

[1] Izaskun M ,  Julia W ,  Egea-Cortines M . pcrEfficiency: a Web tool for PCR amplification efficiency prediction[J]. BMC Bioinformatics, 2011, 12(1):404.