iTRAQ定量蛋白組學(xué)：從樣本制備到數(shù)據(jù)解析的實驗注意事項

一、選樣之精準(zhǔn)，賦予數(shù)據(jù)生命

或許你認(rèn)為每次實驗前的選樣與準(zhǔn)備步驟毫無新意，但在iTRAQ定量蛋白組學(xué)中，這卻能巧妙賦予數(shù)據(jù)生命。選擇適合的生物樣品，對疾病的闡釋，對結(jié)果的真實性有著深遠(yuǎn)影響。選樣期間，我們應(yīng)盡量減少個體差異而選擇均一的樣品，對樣品的質(zhì)量嚴(yán)格把關(guān)。減少干擾因素，讓數(shù)據(jù)更加清晰。

二、蛋白提取與鑒定，漩渦中尋找真相

只有在適用且準(zhǔn)確的手段下，才能找出真實的定量結(jié)果。因此，選擇適合的蛋白提取和鑒定方案，確保蛋白的完整性和生物活性，是前期實驗的關(guān)鍵。在蛋白提取過程中，要嚴(yán)厲抑制蛋白酶活性，防止蛋白降解。精確地鑒定每一種蛋白，是找出疾病發(fā)生、發(fā)展規(guī)律的有效途徑。

三、標(biāo)簽修飾，演奏生命的樂章

標(biāo)簽修飾是iTRAQ技術(shù)的精華部分，它讓我們有機(jī)會生成更可靠的定量信息。掌握正確的標(biāo)記方法，省略不必要的標(biāo)記步驟，既可以節(jié)約實驗時間，又可以增加實驗的可重復(fù)性。對于標(biāo)記效率的測定和檢查，也有助于了解實驗的進(jìn)展，及時改正實驗錯誤。

四、實驗操作中的盲點，才是探索未知的階梯

實驗步驟與細(xì)節(jié)，似乎微不足道，但卻關(guān)乎iTRAQ定量分析的準(zhǔn)確性與有效性。尤其是多樣本處理和混合過程中，誤差的控制應(yīng)當(dāng)精準(zhǔn)到微量。同時，對iTRAQ實驗不同階段的優(yōu)化，無疑可以為整個實驗流程提供更大效率和質(zhì)量保障。

五、數(shù)據(jù)解析，揭示定量的真理

數(shù)據(jù)解析過程中，定量策略的選擇，需要根據(jù)實驗?zāi)繕?biāo)來定。有時我們關(guān)注的是全局蛋白表達(dá)差異，有時又對某特定蛋白的表達(dá)差異更感興趣。更重要的是如何優(yōu)雅地處理實驗中的不可避免差異，在量化結(jié)果展示時保持透明度。

本章除了詳述從樣本制備到數(shù)據(jù)解析的整個實驗流程，還強(qiáng)調(diào)了在蛋白定量質(zhì)量的關(guān)鍵：精確的樣本選擇、嚴(yán)謹(jǐn)?shù)牡鞍滋崛『丸b定，正確的標(biāo)記方法，細(xì)心的實驗操作，并且，相關(guān)的數(shù)據(jù)解析和展示也應(yīng)具備透明性。蛋白定量質(zhì)譜實驗中所有小細(xì)節(jié)都會影響到結(jié)果的一致性和可復(fù)制性，因此我們需認(rèn)識并重視每個步驟，制定出一個科學(xué)且有效的蛋白定量策略。

圖1

總結(jié)一句：iTRAQ定量蛋白組學(xué)實驗的每一個步驟都值得我們用心對待，只有這樣，我們才能以最精準(zhǔn)的實驗方法，探索出最真實的生命秘密。