空間轉(zhuǎn)錄組系列二月高分文獻(xiàn)速遞

為幫忙大家更快了解最新科研進展，掌握科研熱點，擴展科研思路，伯豪生物特此推出最新高分文獻(xiàn)速遞系列推文。本期是2025年2月最新發(fā)表的空間轉(zhuǎn)錄組相關(guān)高分文獻(xiàn)集萃，2月不僅有常規(guī)空間轉(zhuǎn)錄組，還有Xenium高分文章哦！

高分文獻(xiàn)一 01
標(biāo)題：Signal Transduct Target Ther - 時空轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示了暴發(fā)性病毒性心肌炎的發(fā)病機制

文章標(biāo)題：Spatiotemporal transcriptomics elucidates the pathogenesis of fulminant viral myocarditis
期刊：Signal Transduct Target Ther
影響因子：40.8
文章摘要：暴發(fā)性心肌炎（FM）是一種嚴(yán)重的心肌炎癥狀況，經(jīng)常導(dǎo)致猝死，特別是在年輕人中。在本研究中，我們采用單核和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)對柯薩奇病毒B3（CVB3）誘導(dǎo)的A/J小鼠FM進行了綜合分析，跨越了治療前和治療后7個不同的時間點。我們的研究結(jié)果表明，間皮細(xì)胞作為CVB3感染的主要靶點，在心肌炎的早期階段發(fā)揮著關(guān)鍵作用。這觸發(fā)巨噬細(xì)胞的激活，引發(fā)一級炎癥。隨后，促炎炎癥_mac和T細(xì)胞浸潤心肌，導(dǎo)致組織損傷。我們還鑒定了Cd8+效應(yīng)T細(xì)胞是心肌細(xì)胞損傷的關(guān)鍵介質(zhì)。這些細(xì)胞釋放細(xì)胞毒性分子，特別是IFN-γ，它可以調(diào)節(jié)Spi1的表達(dá)，Spi1是一種與加劇心肌細(xì)胞死亡和放大疾病進展有關(guān)的因子。針對IFN-γ/ Spi1軸的治療干預(yù)在FM模型中顯示出顯著的療效。值得注意的是，靜脈注射免疫球蛋白（IVIG）治療降低了死亡率，抑制了病毒增殖，并減輕了FM的過度炎癥狀態(tài)。IVIG治療還下調(diào)了IFN-γ和Spi1的表達(dá)，強調(diào)了其免疫調(diào)節(jié)和治療潛力。這種全面的時空轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析為FM的發(fā)病機制提供了深刻的見解，并強調(diào)了可操作的治療靶點，為這種危及生命的疾病的更有效的管理策略鋪平了道路。

高分文獻(xiàn)二：Xenium技術(shù)頂刊 02
標(biāo)題：Nature-組織駐留記憶CD8 T細(xì)胞在腸道中的位置決定了它們的作用

文章標(biāo)題：Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted
期刊：Nature
影響因子：50.5
文章摘要：組織駐留記憶CD8 T（TRM）細(xì)胞在屏障部位提供免受感染的保護。在小腸中，TRM細(xì)胞至少存在于兩個不同的亞群中：一個具有更高的載體分子表達(dá)，另一個具有更大的記憶潛能。然而，這種多樣性的起源尚不清楚。在這里，我們提出了不同的組織生態(tài)位驅(qū)動了TRM細(xì)胞的表型異質(zhì)性。為了驗證這一點，我們利用了人類樣本的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)、急性系統(tǒng)性病毒感染的小鼠模型和一種新建立的合并光學(xué)編碼基因擾動策略，以單轉(zhuǎn)錄分辨率分析病原體特異性TRM細(xì)胞分化的位置、相互作用和轉(zhuǎn)錄組。我們開發(fā)了計算方法來捕獲沿小腸三個解剖軸的細(xì)胞位置，并可視化細(xì)胞類型和基因表達(dá)的時空分布。我們的研究表明，腸道結(jié)構(gòu)的區(qū)域化信號通路支持兩種不同的TRM細(xì)胞狀態(tài)：分化的TRM細(xì)胞和祖細(xì)胞樣TRM細(xì)胞，分別位于上絨毛和下絨毛。這種多樣性是由不同的配體-受體活性、細(xì)胞因子梯度和特殊的細(xì)胞接觸介導(dǎo)的。通過抗原特異性CD8 T細(xì)胞阻斷TGFβ或CXCL9和CXCL10的感知，揭示了一個與解剖學(xué)描述的早期命運特化相一致的模型。最終，我們的組織免疫網(wǎng)絡(luò)研究框架揭示了T細(xì)胞的位置和功能狀態(tài)從根本上是相互交織的。
 

高分文獻(xiàn)三 03
標(biāo)題：Nature-人類下丘腦全面的空間細(xì)胞圖譜

文章標(biāo)題：A comprehensive spatio-cellular map of the human hypothalamus
期刊：Nature
影響因子：50.5
文章摘要：下丘腦是大腦中一個在協(xié)調(diào)基本生物學(xué)功能中起著關(guān)鍵作用的區(qū)域。然而，直到最近，我們對其潛在的細(xì)胞成分和神經(jīng)回路的理解才主要來自于嚙齒類動物的研究。在這里，我們將433,369個人類下丘腦細(xì)胞的單核測序與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)相結(jié)合，生成了一個全面的下丘腦空間細(xì)胞轉(zhuǎn)錄圖，即“低胚層”。盡管基于轉(zhuǎn)錄組特征，人類和小鼠之間的神經(jīng)元細(xì)胞類型的保守性通常很高，但也有明顯的例外。特別是，這兩個物種之間的前阿片黑素皮質(zhì)激素神經(jīng)元的身份和g蛋白偶聯(lián)受體的表達(dá)水平存在顯著差異，這些差異對目前批準(zhǔn)的肥胖治療有直接影響。在452種下丘腦細(xì)胞類型中，我們發(fā)現(xiàn)有291個神經(jīng)元簇在身體質(zhì)量指數(shù)（BMI）全基因組關(guān)聯(lián)研究基因的表達(dá)方面顯著富集。這種富集是由426個“載體”基因驅(qū)動的。其中6種罕見的有害變異（MC4R、PCSK1、POMC、CALCR、BSN和CORO1A）在人群水平上與BMI相關(guān)，而CORO1A以前沒有與BMI相關(guān)。因此，亞代謝酶提供了空間背景下人類下丘腦的詳細(xì)圖譜，并作為一個重要的資源來確定新的藥物靶點來治療各種疾病，包括生殖、晝夜節(jié)律和代謝障礙。
 

高分文獻(xiàn)四 04
標(biāo)題：Nature - 揭秘膠質(zhì)瘤髓系細(xì)胞功能

文章標(biāo)題：Programs, origins and immunomodulatory functions of myeloid cells in glioma
期刊：Nature
影響因子：50.5
文章摘要：神經(jīng)膠質(zhì)瘤是一種不可治愈的惡性腫瘤，以其具有免疫抑制微環(huán)境和豐富的髓系細(xì)胞而聞名，其免疫調(diào)節(jié)表型仍然不佳。在這里，我們通過整合單細(xì)胞RNA測序、染色質(zhì)可及性、空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)和膠質(zhì)瘤類器官外植體系統(tǒng)，系統(tǒng)地研究了這些表型。我們發(fā)現(xiàn)了四種免疫調(diào)節(jié)表達(dá)程序：小膠質(zhì)細(xì)胞炎癥和清道夫免疫抑制程序，這都是原發(fā)性腦腫瘤所特有的，以及系統(tǒng)炎癥和補體免疫抑制程序，這也在非腦腫瘤中表達(dá)。這些程序并不取決于髓系細(xì)胞類型、發(fā)育起源或腫瘤突變狀態(tài)，而是由微環(huán)境線索驅(qū)動的，包括腫瘤缺氧、白細(xì)胞介素-1β、TGFβ和標(biāo)準(zhǔn)護理地塞米松治療。它們的相對表達(dá)可以預(yù)測免疫治療反應(yīng)和總生存率。通過將各自的程序與介導(dǎo)的基因組元件、轉(zhuǎn)錄因子和信號通路聯(lián)系起來，我們發(fā)現(xiàn)了操縱髓系細(xì)胞表型的策略。我們的研究為理解神經(jīng)膠質(zhì)瘤中髓系細(xì)胞的免疫調(diào)節(jié)提供了一個框架，并為開發(fā)更有效的免疫療法奠定了基礎(chǔ)。