蛋白合成交流群之如何選擇平臺(tái)分析實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)

Autodock、Autodock Vina與Dock6

A:有沒有關(guān)于分子對(duì)接結(jié)果解讀之類的文章呢，有些時(shí)候結(jié)果出來了不會(huì)分析不會(huì)看。

殷賦科技:《【文獻(xiàn)重現(xiàn)】D715-2441 抑制劑與PB2蛋白的結(jié)合模式研究》的最后就有分析，解讀無非就是看圖說話，再結(jié)合一些實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)、相關(guān)文獻(xiàn)進(jìn)行拓展。

A:dock6也是開源的嗎，感覺autodock各種教程網(wǎng)上更多呢。

殷賦科技:開源啊，如果按照dock6官方教程去操作，非常麻煩，AutoDock相對(duì)好些，dock6安裝起來就比較麻煩，還必須在linux下;vina不用安裝，下載即用。

B:請(qǐng)問大神，autodock4可不可以做共價(jià)對(duì)接。

殷賦科技:http://autodock.scripps.edu/resources/covalentdocking。

C:windows系統(tǒng)能用autodock和vina嗎?

殷賦科技:可以啊。

D:這個(gè)是網(wǎng)頁版的嗎?

B:需要下載Cygwin，模擬Linux系統(tǒng)。

殷賦科技:vina在Windows中用DOS命令即可，autodock4不建議用，也不清楚。

E:vina和autodock加入到環(huán)境變量里面應(yīng)該都可以運(yùn)行。

F:請(qǐng)問一下大家，有誰用autodock做過柔性對(duì)接嗎?請(qǐng)問如何選擇合適的flexible residue?

殷賦科技:一般不建議用flexible -receptor docking，經(jīng)驗(yàn)表明它并不比rigid-receptor docking更好，可能反而更差。一定要用的話，先用rigid計(jì)算一遍，看看哪些殘基與ligand有直接或間接相互作用又柔性較強(qiáng)的(比如，Lys這樣的長(zhǎng)支鏈氨基酸)，定義為flexible residues后再對(duì)接。不宜定義太多。

墨靈格:今天將UCSF DOCK的作者John Irwin在2005年回答分子對(duì)接與打分函數(shù)的郵件翻了出來，分享一下他對(duì)(1)什么是成功的分子對(duì)接;(2)關(guān)于打分值與實(shí)驗(yàn)值的相關(guān)性理解。http://blog.molcalx.com.cn/2019/05/01/predict-binding-affinity.html#ucsfdock。

原文：http://mailman.docking.org/pipermail/dock-fans/2005-February/000035.html。15年前的標(biāo)準(zhǔn)，不知是否有變。

殷賦科技:從我的經(jīng)驗(yàn)來看，dock6的篩選能力應(yīng)該有所提高，標(biāo)準(zhǔn)可以提升一些。I的做法是：先用vina過濾大型數(shù)據(jù)庫(～150萬)，挑選top 1000個(gè)化合物，再用dock6篩選，得100-200個(gè)，然后聚類分析和人工挑選，最后購買～25個(gè)化合物去做生物活性測(cè)試，能發(fā)現(xiàn)幾個(gè)活性化合物。我認(rèn)為，dock6功不可沒。

墨靈格:方法肯定沒有問題。

殷賦科技:在預(yù)測(cè)結(jié)合模式方面，我粗略比較過vina, dock6和根據(jù)以前在實(shí)驗(yàn)室時(shí)使用moe的經(jīng)驗(yàn)，認(rèn)為dock6更好。薛定諤沒有用過。有時(shí)間不妨做個(gè)測(cè)試集和腳本，讓大家一起做一遍，親身體會(huì)下各軟件的能力。

結(jié)合力的預(yù)測(cè)和與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的相關(guān)性方面，我一直都認(rèn)為絕對(duì)值沒有實(shí)際意義。但用于少量同骨架化合物的比較，相對(duì)值還是能跟其活性數(shù)據(jù)對(duì)應(yīng)上的。做過的一個(gè)項(xiàng)目，就表現(xiàn)出～0.9的相關(guān)性。

蛋白與多肽對(duì)接

G:請(qǐng)問autodock可以用來做蛋白質(zhì)和多肽的對(duì)接嗎？

殷賦科技:可以，但要看你的多肽有多長(zhǎng)，太長(zhǎng)就不適合。多肽要在6個(gè)氨基酸以下，最好是4個(gè)氨基酸以下。超過6個(gè)氨基酸，要用專門的軟件或web服務(wù)。

G:對(duì)于比較長(zhǎng)的多肽或者兩個(gè)蛋白質(zhì)對(duì)接，用什么軟件或者web比較好？

殷賦科技:蛋白對(duì)接有ZDOCK、Rosetta、I-TASSER。

如何發(fā)表好的SCI文章

G:現(xiàn)在想發(fā)表比較好點(diǎn)的SCI，做完對(duì)接后一般都需要補(bǔ)充實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)吧。

殷賦科技:要用對(duì)接結(jié)果來指導(dǎo)實(shí)驗(yàn)嗎?要做實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證嗎？

G:是的。

殷賦科技:一般的套路是實(shí)驗(yàn)(觀察)+計(jì)算(解釋)，更好是計(jì)算(預(yù)測(cè))+實(shí)驗(yàn)(驗(yàn)證)。

G:只做預(yù)測(cè)但是不驗(yàn)證估計(jì)發(fā)不了文章吧。

殷賦科技:可以發(fā)的，IF比較低罷了。既然你都說想發(fā)好點(diǎn)的，那就加上實(shí)驗(yàn)吧，因?yàn)橛?jì)算方面你不會(huì)做得很深。

氨基酸突變

G:嗯，是的。后面估計(jì)要通過突變來驗(yàn)證觀察到的作用位點(diǎn)。

H:也可以跑模擬。

殷賦科技:那就做完對(duì)接跑動(dòng)力學(xué)，甚至在動(dòng)力學(xué)中也做個(gè)突變的模擬。用優(yōu)化好的蛋白，手動(dòng)修改需要突變的氨基酸，再跑一次動(dòng)力學(xué)。

H:pymol可以做殘基突變。

I:那知道殘基了，那要突變成哪個(gè)氨基酸，一般是怎么選擇?pymol怎么做?有插件?還是?

殷賦科技:這個(gè)……你做實(shí)驗(yàn)想突變成什么就改成什么咯，一般是丙氨酸，也就是刪掉支鏈。但并非刪掉支鏈就可以，還要修改氨基酸殘基的名稱，實(shí)際操作中是選中要突變的氨基酸殘基，然后利用軟件的突變功能，點(diǎn)擊一下，完成突變。

殷賦科技:不建議用pymol做分子操作，可以用DS Visualizer。

J:pymol里點(diǎn)一下就突變?yōu)槟阆胍�的任何氨基酸�?/p>

K:但是這個(gè)突變后的氨基酸的伸展方向可以改變嗎?

Sheldon Celan Livermuch:突變?yōu)楸�氨酸就沒有伸展方向了。

K:明白了。做別的氨基酸的話。就不行了吧？

殷賦科技:也可以啊，那要看情況了�？梢约s束蛋白其他氨基酸，做個(gè)快速的能量?jī)?yōu)化。

K:pymol可以做到嗎?我只做過簡(jiǎn)單的突變。

殷賦科技:突變可以，優(yōu)化不行(吧?)

從激酶DFG-IN構(gòu)象去模擬它的DMG-OUT構(gòu)象

L:請(qǐng)問一個(gè)問題: 大家有什么好的方法，從激酶DFG-IN構(gòu)象去模擬它的DMG-OUT構(gòu)象。有沒有看到這樣的tools或者web server？

殷賦科技:動(dòng)力學(xué)模擬咯，用amber或gromacs，至于如何才能模擬出來，這就要你對(duì)體系有足夠了解，知道它的機(jī)制了。

L:這個(gè)我也想過，那個(gè)變化還是很大的。

殷賦科技:必要時(shí)，用拉伸動(dòng)力學(xué)。

L:MD也需要手動(dòng)設(shè)置好才行吧，不然計(jì)算也耗不起。

殷賦科技:要啊，初始狀態(tài)盡可能接近。最好找同源蛋白，看看有沒有OUT構(gòu)象，拿來參考。

L:關(guān)鍵是loop一般都是部分解析，MD得給它補(bǔ)個(gè)完全的出來。

殷賦科技:不長(zhǎng)還好，長(zhǎng)loop模擬起來容易失真。

L:其實(shí)這個(gè)loop本身就是動(dòng)來動(dòng)去。

殷賦科技:看情況吧，說多了也只是紙上談兵。

L:激酶現(xiàn)在很多TYPE2 的解析結(jié)構(gòu)也難，得靠你自己判斷。

L:嗯，是的，我看到有些文章報(bào)道DFG model一種統(tǒng)計(jì)學(xué)方法。

殷賦科技:那就好啊，拿來試試。

L:明天再搜搜有沒有這類簡(jiǎn)單一些方法。

J:用馬爾可夫態(tài)模型基于分子動(dòng)力學(xué)方法是研究構(gòu)象變化的自由能變化很不錯(cuò)，也就是MSM+MD。

NMR計(jì)算

M:殷賦科技-張老師好，最近計(jì)算了一個(gè)化合物NMR數(shù)據(jù)，看文獻(xiàn)上好多都做了DP4+Probability分析，也在 http://www.jmg.ch.cam.ac.uk/tools/nmr/DP4找到了文獻(xiàn)里說的小程序，但是那個(gè)小程序下載之后不知道怎么打開的，請(qǐng)問張老師這個(gè)分析具體是怎么做的呢?

殷賦科技:我沒有用過文獻(xiàn)的小程序去做DP4，而是采用OLS做直線回歸。請(qǐng)參考：http://cheshirenmr.info/Instructions.htm。我們正在開發(fā)ECD/NMR計(jì)算平臺(tái)，今年會(huì)上線。

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