在此次的新型冠狀病毒疫情中,核酸檢測作為確診的金標準發(fā)揮著重要的作用。眾所周知,本次新冠病毒的核酸檢測流程為采樣(咽拭子、肺泡灌洗液),提取病毒RNA,再經(jīng)過RT-qPCR或者一步法RT-數(shù)字PCR檢測樣本。但近期關于核酸檢測準確性的討論也甚囂塵上,其中PCR實驗污染是導致實驗有偏差的原因之一, 造成PCR實驗污染的主要原因有以下幾點,樣本間交叉污染(樣本泄漏引起的交叉,樣本提取過程中移液器、耗材的污染),PCR試劑的污染(容器、耗材、移液器,水等被污染),PCR擴增產(chǎn)物污染,氣溶膠污染,克隆質粒污染等。
在病毒核酸檢測過程中,結果的準確性除了檢測方式的靈敏度很重要以外,保證提取RNA樣本的完整性也十分重要。今天我們就聊聊如何防止RNA降解,獲得高質量的RNA進行后續(xù)試驗。導致RNA降解最主要的物質就是RNase,RNase非常穩(wěn)定,且無處不在,用常規(guī)的高溫高壓蒸汽方法和蛋白酶抑制劑不能使所有的RNase完全失活。
RNase結構
除上述方法外,研究人員最常用的就是使用DEPC等對實驗過程中使用的耗材和試劑進行處理,但DEPC處理時間長且有毒,下面給出遠離DEPC的三大理由:
1、DEPC 對人體有害,DEPC為高活性烷化試劑,能對蛋白質進行共價稀釋,使其組氨基團的乙氧基甲酸化(RNase 活性位點有兩個組氨基酸,故能被滅活);同時能使 RNA 分子中沒配對的腺嘌呤羥甲基化,改變其活性,嚴重時會影響 RNA 形成雜交雙鏈的能力,歸為強致癌物,使用時要十分小心。
2、不能處理一些試劑:例如:一級胺的試劑TRIS,PBS等,會發(fā)生化學反應;二是不能高壓滅菌的試劑,DTT,dNTP,Mgcl2,因為 DEPC必須通過高壓滅菌去除;三是不能用于PH低于4及以下的試劑,DEPC在此條件下對RNase沒有滅活作用。
3、DEPC不適合某些實驗,測OD值的實驗,OD讀數(shù)跟 PH 有關, DEPC 在溶液中分解后變成乙醇和二氧化碳,部分二氧化碳與水反應形成碳酸,導致 PH 降低,進而降低OD值。
實驗者迫切需要一種非常快速且方便的去除RNase的方法,保證結果的準確性。使用 KeyPro™KP100生物污染紫外凈化儀,通過275nm和365nm雙紫外的協(xié)同作用可在5min解除上述污染煩惱。免清洗,無化學殘留,方便快捷,適用于高保真 RNA 文庫制備,測序和 PCR 實驗室中的微孔板去污、移液器、水、金屬、陶瓷、塑料、玻璃等表面RNase的滅活等。同時KeyPro™KP100還可以去除病毒和細菌等的污染,防止實驗用品導致的實驗結果和環(huán)境污染。
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