2020年環(huán)狀RNA高分文章怎么發(fā)？

​文章導讀

環(huán)狀RNA作為最新發(fā)現(xiàn)的RNA分子，從誕生之日起就是光環(huán)加身，屢屢登上Science、Nature、Cell等高分期刊。近期發(fā)表的《2019研究前沿》中，“環(huán)狀RNA作為癌癥新的生物標志物”成為生物科學領域6個新興前沿之一。2019年環(huán)狀RNA共發(fā)表SCI論文885篇，較2018年增長約20%，其中大于10分的文章約60篇，是2018年的3倍左右。2019年關于環(huán)狀RNA的國自然審批金額高達8000多萬，環(huán)狀RNA的火熱程度可想而知。

近期國際頂級雜志Cancer Cell上再次刊登了關于環(huán)狀RNA研究，來自瓦倫西亞大學等機構的科學家們通過研究開發(fā)了一種有效阻斷黑色素瘤發(fā)生轉(zhuǎn)移的新方法；文章中，研究人員發(fā)現(xiàn)環(huán)狀RNA-CDR1as可結(jié)合IGF2BP3，CDR1as表達降低后可釋放IGF2BP3，改變一些靶基因的表達狀態(tài)，參與黑色素瘤的遷移侵襲及GPX4藥物敏感性，環(huán)狀RNA-CDR1as有望成為新型癌癥生物標志物從而幫助開發(fā)新型抗癌療法。下面小編和大家一起解讀這篇23分的高分文章。

原文鏈接：Epigenetic Silencing of CDR1as Drives IGF2BP3-Mediated Melanoma Invasion and Metastasis
發(fā)表期刊：Cancer Cell
影響因子：23.916
發(fā)表日期：20200113
運用技術：全轉(zhuǎn)錄組測序、RIP-seq（云序提供以上服務）

文章內(nèi)容

1.circRNA測序分析揭示了CDR1影響黑色素瘤發(fā)生發(fā)展

作者分析了4例黑色素瘤細胞和10例短培養(yǎng)黑色素瘤細胞（STCs）的全轉(zhuǎn)錄組測序（云序提供此服務）數(shù)據(jù)，共發(fā)現(xiàn)7,849個環(huán)狀RNA，其中上調(diào)116個，下調(diào)572個。重要的癌癥相關的環(huán)狀RNA--CDR1as，它的成環(huán)比例比預期的要低，10例STCs中6例檢測不到CDR1as，作者發(fā)現(xiàn)另外的4例是從黑色素瘤腦轉(zhuǎn)移的病灶分離的，懷疑是由于分離的標本中摻雜了膠質(zhì)細胞的緣故。黑色素瘤的細胞系中CDR1as的表達也降低。進一步分析表明相對于初發(fā)的患者，高轉(zhuǎn)移侵襲的黑色素瘤標本中CDR1as的表達顯著降低。生存分析表明，CDR1as的低表達與患者的不良預后相關。這些現(xiàn)象表明，環(huán)狀CDR1as與黑色素瘤的發(fā)生發(fā)展相關。

圖1 環(huán)狀CDR1as在黑色素瘤中低表達

2. 環(huán)狀CDR1as與黑色素瘤侵襲相關

為了探索環(huán)狀CDR1as在黑色素瘤中的功能，作者沉默環(huán)狀CDR1as后檢測黑色素瘤細胞的表型。結(jié)果顯示在高表達CDR1as的黑色素瘤細胞（WM278和WM115）中干擾CDR1as并不能顯著影響細胞增殖，但可以顯著提高細胞侵襲能力。在低表達LINC00632/CDR1as的細胞（SK-MEL-28 和 501MEL）中，干擾CDR1as對侵襲表型沒有影響。在SK-MEL-28 和 501MEL細胞中過表達CDR1as能降低侵襲性，體內(nèi)成瘤實驗也表明，干擾CDR1as并不顯著改變腫瘤大小和生長速度，但可以顯著提高肺轉(zhuǎn)移比例。

3. 環(huán)狀CDR1as的生成調(diào)控

早期曾有報道發(fā)現(xiàn)CDR1as來自于非編碼RNA--LINC00632的基因內(nèi)部。本文作者進一步驗證了這個假設，并證明CDR1as的表達與LINC00632高度相關。利用SAM CRISPR/Cas9技術增強LINC00632的表達后，CDR1as的數(shù)目也會增加。這些數(shù)據(jù)均證實了之前的報道，即CDR1as來源于LINC00632。miR-671-5p可通過RNAi機制促進CDR1as的降解，但還沒有報道表明LINC00632是miR-671-5p的作用底物，因此作者分析了黑色素瘤組織和細胞中三者的表達關系，結(jié)果表明在病人組織和細胞中miR-671-5p與CDR1as的表達相關性較弱。過表達miR-671-5p可降低CDR1as的表達，但不影響LINC00632的表達，而敲降miR-671-5p并不能使得CDR1as表達值恢復。綜上，黑色素瘤中CDR1as的表達似乎并非由miR-671-5p的調(diào)控實現(xiàn)，更可能是由于CDR1as的來源基因LINC00632表達的影響造成的。

4. IGF2BP3與CDR1as相互作用介導黑色素瘤的侵襲

為揭示CDR1as在黑色素瘤中的作用機制，作者首先思考了CDR1as可能的相互作用蛋白。作者首先從CLIP-seq的在線數(shù)據(jù)中分析了可能的結(jié)合蛋白，并從中發(fā)現(xiàn)了IGF2BP家族蛋白存在與CDR1as相互作用的證據(jù)。為進一步驗證，作者進行了RIP-seq（云序提供此服務），發(fā)現(xiàn)IGF2BP3對CDR1as的富集作用最強，并且對LINC00632的結(jié)合不高，說明IGF2BP3具有特異性結(jié)合CDR1as的作用。干擾IGF2BP3可挽救由于CDR1as缺失導致的侵襲增強現(xiàn)象。

CDR1as干擾前后IGF2BP3結(jié)合的靶分子種類沒有太明顯的改變，但CDR1as干擾后變化顯著的基因更傾向于富集到IGF2BP3結(jié)合的靶分子列表中。為進一步分析這些基因?qū)�CDR1as敲降后促進侵襲的表型的關系，作者進行了小規(guī)模RNA干擾文庫的分析，針對CDR1as干擾后表達會增高的9種基因進行RNAi文庫分析，其中6 種基因能顯著逆轉(zhuǎn)因干擾CDR1as導致的侵襲增加。其中SNAI2 和MEF2C在CDR1as干擾后的表達增高是由IGF2BP3介導的。

圖4 IGF2BP3與CDR1as相互作用介導黑色素瘤的侵襲

5. CDR1as表達狀態(tài)與GPX4抑制劑敏感性相關

最后，為分析CDR1as表達狀態(tài)與黑色素瘤中藥物敏感性和基因型的相關性，作者對不同數(shù)據(jù)庫進行挖掘，并根據(jù)CDR1as表達狀態(tài)進行了分組，分別為高、中和低表達三組。作者發(fā)現(xiàn)低表達CDR1as 組的細胞對多種MAPK通路的抑制劑更敏感，而CDR1as高表達組中對BRAF抑制劑的不敏感性。同樣，高表達CDR1as組的細胞也對GPX4抑制劑更敏感。數(shù)據(jù)庫分析表明，黑色素瘤中GPX4抑制劑的敏感性與MITF / AXL基因的表達情況有關。作者分析發(fā)現(xiàn)CDR1as高表達的細胞傾向于表現(xiàn)出MITF低表達和AXL高表達，而CDR1as低表達的細胞傾向于表現(xiàn)出MITF高表達和AXL低表達。實驗結(jié)果也表明CDR1as表達狀態(tài)與GPX4抑制劑敏感性相關，低表達CDR1as組的細胞對GPX4抑制劑更敏感。然而在高表達CDR1as的細胞中干擾CDR1as后并不能提高對GPX4的敏感性，說明CDR1as可作為黑色素瘤對GPX4抑制劑敏感性的指標，但并非該藥物發(fā)揮功能的關鍵因素。

圖5 CDR1as表達狀態(tài)與GPX4抑制劑敏感性相關

總結(jié)：

腫瘤轉(zhuǎn)移是癌癥患者死亡的主要原因。了解和探究腫瘤轉(zhuǎn)移擴散的機制，將會揭示重要的腫瘤發(fā)生發(fā)展生物學過程，進而為臨床提供新的治療方向和靶點。本文作者以黑色素瘤為模型，通過全轉(zhuǎn)錄組測序和RIP-seq等技術（云序提供以上服務）研究了環(huán)狀RNA--CDR1as在腫瘤轉(zhuǎn)移中的作用。作者發(fā)現(xiàn)CDR1as的生成主要受其來源的長鏈非編碼RNA--LINC00632的表達影響，并通過IGF2BP3蛋白介導的機制促進黑色素瘤的侵襲和轉(zhuǎn)移。此外，CDR1as表達狀態(tài)與GPX4抑制劑敏感性相關。本文的研究揭示了CDR1as的功能、預后和預測作用，并揭示了環(huán)狀RNAs在轉(zhuǎn)移中的關鍵作用。

圖6環(huán)狀CDR1as通過 IGF2BP3蛋白介導機制促進黑色素瘤的轉(zhuǎn)移

云序生物—環(huán)狀RNA研究領跑者�。ㄏ露萎斨挟a(chǎn)品超鏈接）

云序生物作為國內(nèi)早期提供環(huán)狀RNA測序的測序公司，自行建立的環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫circDB，憑借物種覆蓋廣、數(shù)據(jù)量大、疾病背景多的特點為客戶提供優(yōu)質(zhì)的服務。云序積累了超過10000例環(huán)狀RNA測序的經(jīng)驗，樣本覆蓋20多個物種以及50多種疾病。云序生物提供系統(tǒng)性環(huán)狀RNA服務，從篩選（全轉(zhuǎn)錄組測序）到驗證（qPCR）再到機制研究（RIP、RNA pull-down、chip）以及上游表觀調(diào)控（m6A甲基化、m5C甲基化、m1A甲基化、m7G甲基化、ac4c乙�；瘻y序、2’-O-RNA甲基化測序），為您全方位的覆蓋環(huán)狀RNA上下游分子機制驗證的重要研究環(huán)節(jié)。除了提供組織和細胞的樣本類型測序之外，我們還提供體液、血清血漿、外泌體石蠟樣本等特殊樣本的測序服務。回首過去，從國內(nèi)環(huán)狀RNA測序到全轉(zhuǎn)錄組測序概念提出，到m6A等RNA甲基化測序平臺，再到如今的eccDNA測序服務，我們一直在緊跟國際科研熱點方向進行測序技術的創(chuàng)新。

云序生物環(huán)狀RNA一站式服務相關產(chǎn)品

云序客戶環(huán)狀RNA相關文章

相關產(chǎn)品：

全轉(zhuǎn)錄組測序
環(huán)狀RNA測序
LncRNA測序
mRNA測序
miRNA測序
RIP 測序
RNA pull-down
ChIP測序
ATAC測序
Cut-tag測序

往期回顧

1. circRNA和m6A再次秀恩愛攜手登上Nature Communication
2. 全轉(zhuǎn)錄組測序一箭三雕怎么玩？
3. 環(huán)狀RNA做ceRNA機制還能發(fā)10分以上文章嗎？
4. 做了環(huán)狀RNA，還愁5分文章不好發(fā)？丨云序客戶最新環(huán)狀RNA成果揭秘
5. circRNA再發(fā)IF=18.88高分文章--您想知道的circRNA機制研究，都在這兒
6. 云序客戶發(fā)表首篇直腸癌轉(zhuǎn)移肝癌環(huán)狀RNA文章，影響因子高達7.8分!

電話：021-64878766 郵箱：market@cloud-seq.com.cn