新型冠狀病毒(2019-nCoV)雙熒光qRT-PCR試劑盒使用說(shuō)明

1.需要用戶自己準(zhǔn)備的耗材、儀器和試劑
a.具有FAM和VIC熒光通道的熒光定量PCR儀。
b.DNase-free、RNase-free的吸頭、離心管、熒光定量PCR用96孔板或384孔板、PCR板封板膜。
c.生物安全柜。
d.RNA提取試劑盒。

2.樣本準(zhǔn)備
a.本試劑盒適用樣本類型：上呼吸道標(biāo)本(包括咽拭子、鼻拭子、鼻咽抽取物、深咳痰液)；下呼吸道標(biāo)本(包括呼吸道抽取物、支氣管灌洗液、肺泡灌洗液、肺組織活檢標(biāo)本)；組織培養(yǎng)物等樣本。
b.樣本采集具體方法請(qǐng)參考“2019新型冠狀病毒核酸檢測(cè)專家共識(shí)”和“新型冠狀病毒肺炎實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)技術(shù)指南”。
c.樣本采集后，可保存在病毒樣品常規(guī)保存液進(jìn)行病毒的保存，并須當(dāng)日完成檢測(cè)。否則按下述方案保存：2~8℃保存，不超過(guò)24小時(shí)；-20℃保存，不超過(guò)3個(gè)月；-70℃以下可長(zhǎng)期保存，但應(yīng)避免反復(fù)凍融。也可以使用病毒RNA穩(wěn)定保存液進(jìn)行保存，室溫可以保存7天左右。
d.將樣品按照病毒RNA提取試劑盒中相應(yīng)的要求和步驟進(jìn)行RNA提取，提取的RNA可直接用于檢測(cè)。若提取后不立即檢測(cè)，也可保存于-70℃?zhèn)溆�，同時(shí)應(yīng)盡量避免反復(fù)凍融。
e.經(jīng)假病毒模擬驗(yàn)證，本試劑盒也適用于保存于常規(guī)病毒保存液中的咽拭子、唾液等樣品的直接檢測(cè)，無(wú)須進(jìn)行RNA的抽提。但實(shí)際操作時(shí)，須根據(jù)病毒樣本的來(lái)源、保存液類型進(jìn)行一定的對(duì)比測(cè)試。對(duì)于保存在病毒RNA穩(wěn)定保存液的樣品，必須進(jìn)行RNA抽提后才能使用本試劑盒進(jìn)行檢測(cè)。不同數(shù)量的新冠病毒N基因慢病毒保存在含咽拭子的各種病毒保存液(TE、PBS及含F(xiàn)BS和抗生素的HBSS)、細(xì)胞培養(yǎng)液(DMEM、1640，不含F(xiàn)BS)、RNA病毒直接qRT-PCR保存液中，未經(jīng)抽提直接使用本試劑盒進(jìn)行qRT-PCR檢測(cè)的效果見下表。此處的病毒量為每個(gè)PCR反應(yīng)體系中病毒的IU數(shù)。從下表數(shù)據(jù)可以看出，TE、PBS及常用的細(xì)胞培養(yǎng)液中保存的假病毒可以直接用于本試劑盒檢測(cè)，而 RNA病毒直接qRT-PCR保存液效果更佳。含有FBS的HBSS可能由于FBS的影響，Ct值會(huì)高出約2-3。

f.核酸檢測(cè)的各個(gè)步驟需要在指定區(qū)域進(jìn)行，以避免交叉污染。例如樣本處理、加樣在樣本處理區(qū)，擴(kuò)增試劑準(zhǔn)備在PCR前準(zhǔn)備區(qū)，核酸擴(kuò)增在檢測(cè)區(qū)。

3.qRT-PCR反應(yīng)體系的設(shè)置
a.融解并混勻反應(yīng)所需的各種溶液，置于冰浴上或冰盒內(nèi)。
參考下表在室溫或冰浴上設(shè)置qRT-PCR反應(yīng)體系(以96孔板，每孔反應(yīng)體系為25µl為例)。下表中的Template RNA為樣品RNA、試劑盒中提供的Negative Control或Positive Control。建議每次檢測(cè)都設(shè)置陰性對(duì)照(Negative control)和陽(yáng)性對(duì)照(Positive control)。

*注：實(shí)際操作時(shí)，如果經(jīng)驗(yàn)證測(cè)試可免RNA抽提而直接檢測(cè)，則用RNA病毒樣本直接替代Template RNA。
c.用移液器輕輕吹打混勻或輕微Vortex混勻，室溫離心數(shù)秒，使液體積聚于管底。
d.將設(shè)置好的PCR反應(yīng)管或PCR反應(yīng)板置于熒光定量PCR儀上，開始PCR反應(yīng)。
e.熒光檢測(cè)通道的選擇：ORF1ab基因熒光基團(tuán)是VIC，可選擇檢測(cè)通道(Reporter)為VIC/HEX/JOE，淬滅基團(tuán)(Quencher)是BHQ1，如果沒(méi)有BHQ1，則選擇無(wú)；N基因熒光基團(tuán)是FAM，可選擇檢測(cè)通道為FAM，淬滅基團(tuán)是TAMRA，如果沒(méi)有TAMRA，則選擇無(wú)。請(qǐng)將儀器的熒光內(nèi)參設(shè)置為“None”，例如：對(duì)于ABI系列儀器，將“Passive Reference”設(shè)置為“None”。

4.qRT-PCR反應(yīng)程序
本試劑盒建議采用如下的qRT-PCR程序，本程序是以ABI QuantStudio™ 6 Flex熒光定量PCR儀為例：
a.反轉(zhuǎn)錄：50℃ 20min
b.預(yù)變性：95℃ 2min
c.變性：95℃ 15sec
d.退火/延伸：60℃ 20sec
e.重復(fù)步驟c和步驟d，總共45個(gè)循環(huán)
f.最后使用熒光定量PCR儀提供的軟件分析檢測(cè)結(jié)果。

5.結(jié)果的定性判斷
a.陽(yáng)性對(duì)照：呈典型S型擴(kuò)增曲線且Ct值≤33。
b.陰性對(duì)照：無(wú)典型S型擴(kuò)增曲線或Ct值>38。
c.陽(yáng)性：如果待測(cè)樣本檢測(cè)結(jié)果VIC通道和FAM通道均Ct值≤35，則可判斷為新冠狀病毒(2019-nCoV)核酸陽(yáng)性。
d.陰性：如果兩個(gè)通道檢測(cè)Ct值無(wú)數(shù)值或Ct值>38，且陽(yáng)性對(duì)照品檢測(cè)結(jié)果為陽(yáng)性，此次結(jié)果判斷為新冠狀病毒(2019-nCoV)核酸陰性，但不排除其它冠狀病毒感染的可能。
e.可疑：如果待測(cè)樣本35<Ct值≤38，則此樣本應(yīng)重新提取核酸后再次進(jìn)行檢測(cè)。如重復(fù)檢測(cè)結(jié)果顯示兩個(gè)通道Ct值均≤35，則判斷為新冠狀病毒(2019-nCoV)核酸陽(yáng)性；如兩個(gè)通道檢測(cè)Ct值無(wú)數(shù)值或Ct值>38，則判斷為新冠狀病毒(2019-nCoV)核酸陰性；如其中任一通道35<Ct值≤38，則該樣本為可疑樣本，應(yīng)通過(guò)其它方法如測(cè)序進(jìn)行進(jìn)一步的分析和檢測(cè)。