Xenium亞細胞空間原位分析技術之樣本制備及應用方向的介紹

Xenium原位技術平臺可以提供的端對端完整解決方案，幫助用戶實現(xiàn)亞細胞分辨率的靶向基因和蛋白表達原位分析。該平臺可以將單分子RNA和蛋白檢測的功能與強大的光學元件、數(shù)據(jù)采集和精確解碼技術相結合，能夠以亞細胞分辨率在整張切片上快速檢測大量靶點的組織原位表達水平�？梢约嫒荻喾N樣品類型，包括新鮮冷凍（FF）組織和福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）組織。
 

樣本準備
1. 新鮮樣本：需要OCT包埋，干冰法或者異戊烷法皆可。
2. 石蠟樣本：需要送石蠟塊。（與空轉V2版本不同，Xenium樣本只能貼在正式芯片上實驗，而非貼在白片上進行轉片，所以不能直送切片。）
3. 可貼片區(qū)域：10mm*22mm（大框區(qū)域12*24mm，邊上“+”定位點不能被切片覆蓋）。
4. 可多樣本拼片（但同一芯片選擇的panel必須相同）。
 

Xenium原位技術 Panel列表

1. 人乳腺癌panel：280 genes，可再定制100 genes；
2. 小鼠腦panel：248 genes，可再定制100 genes；
3. 目前人和小鼠都有泛組織的panel；
4. 后續(xù)我司也會預定制panel：腫瘤、免疫、神經(jīng)方向等。

Xenium原位技術實驗流程

1. Xenium的實驗流程主要分四部分：組織切片、探針雜交與擴增、上機測試、數(shù)據(jù)分析；
2. 從組織切片到數(shù)據(jù)下機所需時間為：6-8天（依樣本貼片大小而增減上機時間，樣本覆蓋面越大，上機時間越長）。

Xenium原位技術-下機數(shù)據(jù)

1. 網(wǎng)頁質控：基礎信息、提示警告或者錯誤信息；
2. 擬合的DAPI圖像：OME-TIFF（格式）；
3. 細胞切割和邊界信息：細胞核和細胞邊界坐標；
4. 亞細胞分辨率轉錄本定位（基因表達）信息：轉錄本定位和細胞分配信息；
5. 細胞-分析物表達矩陣：HDF5 和 MTX（后續(xù)可以直接進行分析）；
6. 后續(xù)分析：包含表達水平，細胞定位、分型，聚類，降維分析和差異表達。

Xenium原位技術應用技術場景
1. 疾病組織異質性的量化評價；
2. 組織微環(huán)境免疫細胞組學深度分析；
3. 伴隨診斷組織空間標志物的篩選；
4. 藥物創(chuàng)新靶點的發(fā)現(xiàn)和藥物輔助開發(fā)。

Xenium原位技術多組學聯(lián)合
1. Xenium獨立分析：探究關注基因集（panel）的空間表達特征，解析復雜組織中細胞組成及細胞間的互作，研究特定生理病理結構區(qū)域下的基因表達信息。推薦腫瘤、免疫、神經(jīng)（神經(jīng)性疾病、或者做感知、認知方向）等研究領域的客戶；
2. Xenium+單細胞聯(lián)合分析：解鎖各個細胞群的空間位置信息，更高靈敏度及特異性地挖掘細胞間互作及分子調控機制，對關注基因的表達及目標細胞群（如新鑒定到的細胞亞群）進行亞細胞定位研究；
3. Xenium原位雜交+空轉：解析亞細胞水平時空基因組學；
4. 單細胞+空轉+Xenium原位雜交：對多細胞類型近距離共存區(qū)域的細胞類型進行精確定位。
 

在關注非典型導管增生區(qū)域（多細胞類型近距離共存區(qū)域）時可以清晰的定位八種細胞類型