SBC ToolBox在Small RNA-seq定量數據分析中的應用（下）

Small RNA-seq數據量那么少，又不需要重新比對定量，簡簡單單的做個差異分析、畫個圖（火山圖、heatmap）、PCA、相關性計算、篩選下差異基因、預測下miRNA的靶基因，靶基因GO&KEGG注釋，使用SBC ToolBox三下五除二，只要你手速快，結果就立馬展現你的面前。

 

在上一期內容中，我們通過介紹「數據認知」、「模塊登錄」與「差異分析」，初步了解了使用SBC ToolBox對Small RNA-seq定量數據分析的流程，本期緊接上述內容，為您介紹更多模塊。

 

 

四 SBC ToolBox檢驗樣本重復性模塊

i. PCA分析

a) 登錄PCA分析模塊，先登錄SBC ToolBox導航頁面，側邊欄找到并點擊點圖按鈕，點擊PCA模塊。

 

 

b) 進入PCA模塊，界面展示

 

 

c) 上傳數據提交分析   

    1. 上傳數據：上傳CPM數據定量結果及樣本對應分組文件用于顏色匹配。   

    2. 示例數據：具體格式參考差異分析，也可以點擊下載示例數據進行修改。

 

 

d) 提交分析，結果即時反饋在主界面上，如下圖所示，調整輸出圖片的寬和高，點擊下載保存按鈕即可將PCA結果保存到本地。

 

ii. 相關性分析

a) 登錄相關性熱圖分析模塊，先登錄SBC ToolBox導航頁面，側邊欄找到并點擊熱圖按鈕。

b) 上傳表達數據直接相關性計算，主界面會展示相關性熱圖，結果可以保存相關圖和樣本間相關性系數。

這里只需要上傳CPM數據即可，詳細參考PCA分析的定量數據，也可以在應用操作指南界面找到示例數據。

c) 上傳數據提交分析結果如下：

d) Heatmap 添加分組bar展示

    1. 登錄分組熱圖展示：

    2. 上傳數據，這里需要相關性系數矩陣和樣本對應的分組文件，跟PCA和相關性分析一致，同樣可以在應用操作指南頁面找到示例數據。

    3. 提交分析：

 

iii. 層級聚類分析

a) SBC ToolBox 導航頁面?zhèn)冗厵邳c擊線圖按鈕，進入層級聚類圖模塊。

b) 上傳提交數據，這里使用的數據與PCA分析所需數據一致，也是定量數據和樣本分組數據，這里直接上傳PCA分析使用數據即可，提交分析層級聚類結果就展示在主界面上。

c) 調整樹形結構為環(huán)形結構。

層級聚類圖，線的顏色隨著Cluster數量改變而改變，標簽的顏色隨著分組的數量而改變。

 

五 SBC ToolBox差異數據展示模塊

i. 火山圖

a) 完成差異計算，想要展示差異基因的分布情況，一般會使用火山圖來進行展示，火山圖需要主要使用Pvalue和FC進行展示。

b) 登錄SBC ToolBox火山圖來畫一個專屬的火山圖，進入SBC ToolBox導航頁，側邊欄點擊點圖按鈕，點擊火山圖模塊進入火山圖主界面。

 

c) 上傳數據，數據格式，打開沒有篩選Pvalue和FC的差異表格，保留以下四列數據，第一列為RNA信息，第二列為Pvalue，第三列為logFC，第四列用于RNA標記，一般為GeneSymbol，這里沒有，可以直接手搓數據-復制粘貼第一列。

d) 提交分析，這里可以根據自己的喜好調整上下調顏色，基因的標記，信息，P&FC閾值，自定義專屬火山圖。

 

ii. Heatmap

a) 差異基因的Heatmap可以使用熱圖模塊完成展示，一共有三個，簡單熱圖、分組添加bar熱圖、復雜熱圖。下面使用復雜熱圖來展示差異基因的Heatmap。

b) 登錄SBC ToolBox側邊欄找到熱圖，點擊ComPlexHeat模塊。

c) 上傳數據說明：數據第一列為基因信息，剩余列為基因對應樣本的表達信息，數據排列如下，也可以在應用操作指南找到示例數據。

d) 隱藏行名，展示目標基因，對行和列進行分割，提交分析結果如下。

根據實際需求，可以調整色階的變化，是否中心化處理等操作。

 

六 靶基因的GO&KEGG注釋

完成miRNA的靶基因預測，如何使用SBC ToolBox對靶基因進行GO & KEGG注釋？SBC ToolBox有專屬的富集分析模塊提供GO和KEGG注釋。

 

i. GO注釋

a) SBC ToolBox導航頁找到 GO分析 模塊，點擊進入

b) 將靶基因的GeneSymbol列復制粘貼到GO注釋文本框中，下單物種菜單，選擇正確的物種信息，提交分析，即可完成GO注釋分析，默認是使用DotPlot展示方式進行可視化GO注釋結果。

c) 對默認的可視化結果不滿意，可以登錄GO bachart或者Dotchart進行展示

    1. GO Barchart & DotChart，SBC ToolBox可以找到

    拖拽或者上傳GO注釋分析.xlsx結果到BarChart模塊，提交分析。

    2. GO DotChart 將GO注釋結果上傳至Dotchart模塊，提交分析。

ii. KEGG注釋

a) 操作方式請參考GO注釋流程。

 

完成以上分析，一套完整的Small RNA-seq定量下游數據分析的大部分內容就基本上圓滿了，回顧一下流程：

SBC ToolBox生信云所見及所得，讓你的數據分析變得簡單起來。