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生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)——RIM數(shù)據(jù)庫(kù)
RIM生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)提供了多種數(shù)據(jù)存儲(chǔ)方式(對(duì)象數(shù)據(jù)庫(kù)、關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)和xml數(shù)據(jù)庫(kù))。
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人類基因組計(jì)劃(Human Genome Project)的提前完成標(biāo)志著生命科學(xué)的研究進(jìn)入了后基因組時(shí)代。高通量生物醫(yī)學(xué)技術(shù)的發(fā)展,推動(dòng)生物學(xué)數(shù)據(jù)繼續(xù)呈爆炸性增長(zhǎng)的趨勢(shì),如何理解這些海 量的遺傳信息成為后基因組時(shí)代的重要任務(wù)。這種需求推動(dòng)了生物信息和計(jì)算生物技術(shù)迅速發(fā)展,也使其越來(lái)越成為生命科學(xué)研究與生物醫(yī)藥研發(fā)不可或缺的基礎(chǔ)。 2006年國(guó)家863計(jì)劃啟動(dòng)了重大疾病的分子分型和個(gè)體化診療”重大項(xiàng)目,這標(biāo)志著我國(guó)逐步實(shí)現(xiàn)重大疾病防治從疾病晚期推移至早期乃至疾病發(fā)生之前的轉(zhuǎn) 移。由于分子分型數(shù)據(jù)需要整合臨床醫(yī)療數(shù)據(jù)(包括圖像數(shù)據(jù))和高通量生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)(SNP/蛋白質(zhì)組/轉(zhuǎn)錄組等),因此需要一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)化的臨床資源庫(kù),建立 以患者為中心的生物數(shù)據(jù)匯集中心,從而發(fā)揮我國(guó)資源優(yōu)勢(shì),開創(chuàng)我國(guó)分子醫(yī)學(xué)新時(shí)代。
 
RIM數(shù)據(jù)庫(kù)可以用于存儲(chǔ)臨床試驗(yàn)中已經(jīng)開始使用基因組數(shù)據(jù)。在臨床基因組學(xué)術(shù)語(yǔ)方面,微陣列基因表達(dá)標(biāo)記語(yǔ)言(MAGE-ML)用于基因表達(dá),而生物信 息串接卷標(biāo)語(yǔ)言(BSML)用于生物序列分析。RIM數(shù)據(jù)庫(kù)還可與控制性醫(yī)療詞匯(例如系統(tǒng)化醫(yī)療術(shù)語(yǔ)——SNOMED)兼容,用于臨床醫(yī)療數(shù)據(jù)的構(gòu)建。
 
RIM生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)提供了多種數(shù)據(jù)存儲(chǔ)方式(對(duì)象數(shù)據(jù)庫(kù)、關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)和xml數(shù)據(jù)庫(kù)),各有優(yōu)劣,可根據(jù)用戶需求定制。RIM數(shù)據(jù)庫(kù)是以HL7組織提供的 標(biāo)準(zhǔn)編寫的API為基礎(chǔ),其數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)方式和導(dǎo)出的數(shù)據(jù)均符合HL7標(biāo)準(zhǔn),在數(shù)據(jù)的匯總和數(shù)據(jù)發(fā)送均具有優(yōu)勢(shì)。RIM數(shù)據(jù)庫(kù)目前提供的標(biāo)準(zhǔn)套件是構(gòu)建于關(guān) 系數(shù)據(jù)庫(kù)——MySQL,在此基礎(chǔ)上可以完成數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)/查詢等功能。
 
在RIM數(shù)據(jù)庫(kù)的基礎(chǔ)上我們提供應(yīng)用復(fù)雜生命系統(tǒng)多種觀測(cè)數(shù)據(jù)重構(gòu)與可視化技術(shù)和服務(wù)——數(shù)據(jù)挖掘、文本挖掘和知識(shí)發(fā)現(xiàn);生物信息和生物統(tǒng)計(jì)方法; 多因素基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、表觀遺傳網(wǎng)絡(luò)、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路和生化代謝途徑的預(yù)測(cè)、分析、重構(gòu)、建模;小分子和藥物調(diào)控通路和毒性預(yù)測(cè)研究,復(fù)雜疾病基因定位, 疾病分子分型, 診斷和預(yù)后分析。
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