分子對(duì)接-云計(jì)算平臺(tái)

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平臺(tái)入口

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平臺(tái)概述

本平臺(tái)是殷賦科技自主研發(fā)的生物醫(yī)藥云計(jì)算平臺(tái)，集成并持續(xù)拓展豐富的專家解決方案，解決國(guó)內(nèi)外院校與研發(fā)企業(yè)科研人員的計(jì)算難題。平臺(tái)包含完善的綜合方案和豐富實(shí)用的小工具，提供簡(jiǎn)明的操作教程，讓計(jì)算專家和技術(shù)小白都能快速入門、各得所需。本平臺(tái)所有計(jì)算任務(wù)均在云服務(wù)器進(jìn)行，用戶通過(guò)瀏覽器或微信小程序即可隨時(shí)隨地訪問(wèn)使用。
我們致力于打造一個(gè)豐富強(qiáng)大、靈活便利的生物醫(yī)藥云計(jì)算平臺(tái)，歡迎各位用戶朋友提出寶貴意見和建議，也歡迎有志之士加入我們的團(tuán)隊(duì)，助力科研社區(qū)。

平臺(tái)優(yōu)勢(shì)

1、按需購(gòu)買，性價(jià)比高；
2、標(biāo)準(zhǔn)操作，智能提示，避免出錯(cuò)；
3、強(qiáng)大的開發(fā)團(tuán)隊(duì)和計(jì)算專家做后盾。

注意事項(xiàng)

1、若不能正常顯示分子結(jié)構(gòu)，請(qǐng)將瀏覽器更新到最新版本！
2、在使用平臺(tái)過(guò)程中遇到任何問(wèn)題，請(qǐng)使用工單提交問(wèn)題，我們會(huì)盡快協(xié)助您解決。

計(jì)算教程

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充值購(gòu)買

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計(jì)算方法參考

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引用范例：
The docking calculation was performed using Yinfo Cloud Computing Platform, a friendly and versatile web server for biomedicinal, material, and statistical researches  (https://cloud.yinfotek.com).

致謝范例：
We thank Guangzhou Yinfo Information Technology Co., Ltd. for providing a friendly and versatile web server (https://cloud.yinfotek.com) to aid the docking studies.

核心功能介紹
1、計(jì)算方案

Dock6分子對(duì)接（結(jié)合模式預(yù)測(cè)）

– 簡(jiǎn)介
分子對(duì)接（molecular docking）是一種基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)方法，經(jīng)常用于預(yù)測(cè)生物大分子與有機(jī)小分子的結(jié)合模式及親和力。本計(jì)算方案采用UCSF DOCK 6.9軟件作為分子對(duì)接引擎，實(shí)現(xiàn)了蛋白、多肽、核酸與有機(jī)小分子、短肽、核酸片斷的分子對(duì)接功能。根據(jù)官方的測(cè)試數(shù)據(jù)和我們多年的使用經(jīng)驗(yàn)，該方案的結(jié)合模式預(yù)測(cè)效果相當(dāng)好，對(duì)接打分易于解釋相互作用。我們推薦使用。

– 應(yīng)用場(chǎng)景
生物大分子（蛋白、多肽、核酸）與有機(jī)小分子（或短肽、核酸片斷）的結(jié)合模式與親和力預(yù)測(cè)。

– 收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)
普通：100元/個(gè)分子
套餐：敬請(qǐng)期待

– 教程

http://www.yinfotek.com/tutorials

– 參考文獻(xiàn)
P. Therese Lang, Scott R. Brozell, Sudipto Mukherjee, Eric F. Pettersen, Elaine C. Meng, Veena Thomas, Robert C. Rizzo, David A. Case, Thomas L. James, and Irwin D. Kuntz. DOCK 6: Combining techniques to model RNA–small molecule complexes. RNA. 2009 Jun; 15(6): 1219–1230. doi: 10.1261/rna.1563609

Vina分子對(duì)接（結(jié)合模式預(yù)測(cè)）

– 簡(jiǎn)介
AutoDock Vina是一款最為流行的開源分子對(duì)接軟件。本方案采用Vina 1.0程序作為分子對(duì)接引擎，經(jīng)過(guò)拓展，針對(duì)蛋白、多肽、核酸與有機(jī)小分子，建立了完整便捷的分子對(duì)接流程。通常情況下，1小時(shí)內(nèi)即可完成一篇分子對(duì)接文章所需的全部計(jì)算工作。

– 應(yīng)用場(chǎng)景
生物大分子（蛋白、多肽、核酸）與有機(jī)小分子（或短肽、核酸片斷）、主客體體系的結(jié)合模式與親和力預(yù)測(cè)。

– 收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)
普通：100元/個(gè)分子
套餐：敬請(qǐng)期待

– 教程

http://www.yinfotek.com/tutorials

– 參考文獻(xiàn)
Oleg Trott and Arthur J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Comput Chem. 2010 Jan 30; 31(2): 455–461. doi: 10.1002/jcc.21334