真核轉(zhuǎn)錄組測序

對于真核生物來說，在具備參考基因組的情況下，基于 Illumina HiSeq 平臺的 mRNA 測序能夠快速獲得基因表達譜；基于測定的序列可以同時對 cSNP、可變剪接等轉(zhuǎn)錄本的序列及結(jié)構(gòu)信息進行高精度地分析；另外對于檢測低豐度轉(zhuǎn)錄本和發(fā)現(xiàn)新轉(zhuǎn)錄本具有其獨特的優(yōu)勢。

樣本處理：超過 200 種樣本的 RNA 抽提經(jīng)驗；易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案；

文庫構(gòu)建：兼容組織、細胞、FFPE、血漿、外泌體等特殊樣本的建庫能力；

質(zhì)控管理：ISO9001 認證，Illumina CSPro 認證；

數(shù)據(jù)分析：學術(shù)界權(quán)威的算法和流程；針對 mRNA、lncRNA 和 circRNA 的整合分析；靈活的定制分析。

實驗設計——樣本取材——RNA 抽提——polyA 富集——文庫構(gòu)建——測序——數(shù)據(jù)分析

樣本類型：total RNA

樣本總量：≥2μg

樣本濃度：≥50 ng/ul

推薦數(shù)據(jù)量：≥6Gb/ 樣本

案例一

曹雪濤研究團隊研究發(fā)現(xiàn) RNA 解螺旋酶 DDX 家族成員 DDX46 可以與干擾素轉(zhuǎn)錄本結(jié)合，并阻止其出核，致使干擾素轉(zhuǎn)錄本不能進入細胞質(zhì)進行翻譯，而在細胞核內(nèi)大量累積，進而表現(xiàn)出 DD46 對天然免疫反應的負調(diào)控。DDX46 與干擾素的結(jié)合是通過與 RNA 去甲基化酶 ALKBH 作用實現(xiàn)的，DDX46 在抗病毒免疫反應中會招募大量的 ALKBH，ALKBH 能夠清除干擾素轉(zhuǎn)錄本上的甲基化修飾。DDX46 與 ALKBH 共同作用，完成了對Ⅰ型抗病毒反應中干擾素轉(zhuǎn)錄本的 m6A 去甲基化并將其捕獲于細胞核中，導致 IFN- β 表達顯著減少，機體的天然免疫反應受到抑制。該研究提出了一種新的天然免疫與炎癥調(diào)控機制，為病毒感染和炎癥性疾病的防治提供了新的潛在靶標與思路，上海伯豪生物助力完成了轉(zhuǎn)錄組可變剪接的分析部分。

▲敲除 DDX46 增強抗病毒天然免疫反應

原文出處：Zheng Q,Hou J,Zhou Y,Li Z,Cao X. The RNA helicase DDX46 inhibits innate immunity  by entrapping m6A-demethylated adtiviraltranscripts in the nucleus. Nat Immunol.2017.

案例二

近年來我國的乳腺癌發(fā)病率持續(xù)上升，其中三陰性乳腺癌（triple negative breast cancer,TNBC) 是惡性程度較高的一種乳腺癌亞型。TNBC 是指雌激素受體（ER)、孕激素受體（PR) 和人表皮生長因子受體 2(Her-2) 均為陰性。TNBC 侵襲力極強，遠處轉(zhuǎn)移風險大，預后極差。目前 TNBC 治療以化療為主，手段比較單一，極易復發(fā)和轉(zhuǎn)移。與其他類型乳腺癌相比，內(nèi)分泌治療和分子靶向治療對三陰性乳腺癌均無效。因此三陰性乳腺癌的診斷手段和個性化治療選擇是研究人員關(guān)注的重要問題。

上科院的研究人員通過 RNA-seq(由上海伯豪生物提供技術(shù)服務）對三陰性乳腺癌（TNBC) 進行轉(zhuǎn)錄組學分析。研究發(fā)現(xiàn) IL6 的高度異常表達以及 JAK2/STAT3 的持續(xù)活化可能是 TNBC 發(fā)生遠端轉(zhuǎn)移的重要原因。研究還發(fā)現(xiàn)是 Wwox 而非 SOCS3 在 TNBC 發(fā)生 IL6/JAK2/STAT3 信號通路持續(xù)活化過程起特異性抑制作用。一系列功能實驗結(jié)果表明 Wwox 是通過與 JAK2 的結(jié)合來阻止 JAK2 和 STAT3 的磷酸化，從而降低 STAT3 的活性，進而抑制乳腺癌細胞的增殖和轉(zhuǎn)移。進一步試驗表明 Wwox 可以抑制 STAT3 結(jié)合到 IL- 6 啟動子區(qū)域從而抑制 IL- 6 蛋白高表達。該研究證明了 Wwox 對腫瘤細胞 JAK2/STAT3 的高磷酸化和持續(xù)活化具有較強的抑制作用，Wwox 有望成為 TNBC 個體化治療的新靶點。

Renxu Chang, Lele Song, Yi Xu. et al. Loss of Wwox drives metastasis in triple-negative breast cancer by JAK2/STAT3 axis. Nature Communications. 2018.

案例三

玉米一般指玉蜀黍（學名：Zea may L.），是禾本科、玉蜀黍?qū)僦参?nbsp;。據(jù)國家統(tǒng)計局 2017 年公示數(shù)據(jù)，2017 年全國糧食總產(chǎn)量 12358 億斤，其中玉米達 4318 億斤，占據(jù)了糧食總產(chǎn)三分之一強�？梢�，玉米在我國的糧食安全中具有舉足輕重的作用。玉米胚乳是主要的營養(yǎng)儲存組織，是發(fā)育高度分化的組織。但是目前胚乳發(fā)育和營養(yǎng)代謝的調(diào)控網(wǎng)絡仍然不是很清楚。

宋任濤教授以玉米經(jīng)典籽粒突變體 opaque11 為研究對象，通過圖位克隆，發(fā)現(xiàn) O11 編碼了胚乳特異的 bHLH 轉(zhuǎn)錄因子。通過 RNA-Seq（上海伯豪提供）與 ChIP-Seq 分析，解析了 O11 的下游調(diào)控網(wǎng)絡。結(jié)果發(fā)現(xiàn) O11 不僅直接調(diào)控胚乳發(fā)育和營養(yǎng)代謝的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子，還直接調(diào)控 cyPPDKs 和多種碳水化合物代謝酶。研究篩選和鑒定到多個與 O11 直接互作的蛋白，其中 ZmICE1 和 O11 協(xié)同調(diào)控冷脅迫應答相關(guān)的基因以及植物發(fā)育中重要信號開關(guān) ZmYODA。此外研究還發(fā)現(xiàn)，O11 作為關(guān)鍵調(diào)控因子，協(xié)調(diào)了胚乳細胞發(fā)育、儲藏物代謝和逆境響應等生物學過程，是胚乳整體基因調(diào)控網(wǎng)絡的核心調(diào)控節(jié)點。

Fan Feng, Weiwei Qi, Yuandan Lv. et al. Opaque11 Is a Central Hub of the Regulatory Network for Maize Endosperm Development and Nutrient Metabolism. Plant Cell. 2018.

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