DAP-seq是一項(xiàng)可高通量檢測轉(zhuǎn)錄因子或DNA結(jié)合蛋白在基因組上的結(jié)合位點(diǎn)的有利技術(shù)。
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DNA親和純化測序(DAP-seq)
高通量檢測轉(zhuǎn)錄因子或DNA結(jié)合蛋白在基因組上的結(jié)合位點(diǎn)
在功能基因組學(xué)和表觀遺傳學(xué)研究中,轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)(transcription factor binding sites,TFBS)的發(fā)掘一直是研究熱點(diǎn)。傳統(tǒng)的染色質(zhì)免疫共沉淀測序(ChIP-seq)方法,在抗體質(zhì)量很好的情況下能夠有效檢測到TFBS,然而,好抗體可遇而不可求,而且植物種類抗體本就不夠齊全,這在很大程度上限制了ChIP-seq技術(shù)更廣泛的應(yīng)用。
2016年,O'Mally RC 等人在Cell上發(fā)表了使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術(shù),快速繪制轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控靶向DNA區(qū)域圖譜的文章。2017年,Bartlett A 等人在Nature Protocol上發(fā)表了DAP-seq的實(shí)驗(yàn)方法。
DAP-seq技術(shù)的出現(xiàn),使TFBS的研究不再局限于物種,不再受抗體質(zhì)量的限制,為生命科學(xué)領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄因子的研究提供了新的有效工具,特別是植物方面的研究。
藍(lán)景科信 可為您提供DAP-seq全流程技術(shù)服務(wù)和個(gè)性化數(shù)據(jù)分析,目前,我們已有100多個(gè)物種,1000多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)。
服務(wù)內(nèi)容 | 周期 | 交付結(jié)果 |
蛋白表達(dá)載體構(gòu)建 | 1-2周 |
構(gòu)建載體的測序結(jié)果 實(shí)驗(yàn)過程圖 原始測序數(shù)據(jù) 分析結(jié)果 |
蛋白無細(xì)胞表達(dá) | 1-2周 | |
DAP-seq文庫構(gòu)建 | 1周 | |
DNA親和純化 | 1-2周 | |
上機(jī)測序(1個(gè)input文庫+ 2個(gè)親和純化文庫) | 2周 | |
標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)分析 | 2周 |
已做物種:擬南芥、煙草、水稻、小麥、玉米、大豆、棉花(陸地棉)、苜蓿、高粱、大麥草、百脈根、黃瓜、菜心、荔枝、香蕉、葡萄、蘋果、柑橘、甜橙、桃、甜瓜、甘蔗、櫻桃、芍藥、棗、核桃、毛果楊、胡楊、油松、毛白楊、大青楊、白樺、光皮樺、歐洲云杉、柳、麻風(fēng)樹、金銀花、丹參、木薯、地錢、飛蝗 等。
已做轉(zhuǎn)錄因子(部分):bHLH、BES1、GATA、ARF、ERF、bZIP、C2H2、GRAS、DREB、EIN3、WRKY、AP2、NAC、TCP、G2-like、HD-Zip、MADS、MYB、BZP、NFY、RAV、SPL、WOX、CAMTA、BZR、SBP、Co-like、Dof 等。
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