全長(zhǎng)鳥槍法測(cè)序

   全基因組測(cè)序主要有二種策略,一種是分級(jí)鳥槍法測(cè)序,另一種是全基因組鳥槍法測(cè)序.微生物是一種十分重要的遺傳資源,運(yùn)用全基因組鳥槍法可以方便、快捷地完成其基因組的測(cè)序任務(wù).。

       信利來公司擁有ABI3730xl測(cè)序平臺(tái)和齊全的配套設(shè)施，其全基因組鳥槍法測(cè)序（Whole Genome Shotgun Sequencing），無需構(gòu)建各類復(fù)雜的物理圖譜和遺傳圖譜，采用最經(jīng)濟(jì)有效的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)方案，直接將整個(gè)基因組打成不同大小的DNA片段構(gòu)建Shotgun文庫(kù)，對(duì)文庫(kù)進(jìn)行隨機(jī)測(cè)序，最后運(yùn)用生物信息學(xué)方法將測(cè)序片段拼接成全基因組序列。信利來公司測(cè)序平臺(tái)目前已經(jīng)完成十余例50kb到500kb大小基因組測(cè)序服務(wù)項(xiàng)目，積累了豐富的經(jīng)驗(yàn)。

   全基因組鳥槍法測(cè)序的主要步驟是：第一，建立高度隨機(jī)、插入片段大小為1.6kb到4kb左右的基因組文庫(kù)�？寺�數(shù)要達(dá)到一定數(shù)量，即經(jīng)過兩端測(cè)序的克隆片段的堿基總數(shù)應(yīng)達(dá)到基因組大小的6到10倍。第二，高效、大規(guī)模的克隆雙向測(cè)序。第三，序列拼裝。借助Phred, Phrap, Consed 軟件進(jìn)行序列組裝，產(chǎn)生一定數(shù)量的contig。第四，填補(bǔ)缺口。有兩種待填補(bǔ)的缺口，一是沒有相應(yīng)模板DNA的物理缺口，我們通過PCR的方法進(jìn)行填補(bǔ)；二是有模板DNA但未測(cè)到的序列缺口。我們直接在模板DNA上設(shè)計(jì)引物測(cè)序。

項(xiàng)目適用范圍

BAC、Fosmid、cosmid、線粒體、葉綠體等

服務(wù)內(nèi)容

基本服務(wù)內(nèi)容：shotgun文庫(kù)構(gòu)建，大規(guī)模測(cè)序，序列組裝。
高級(jí)服務(wù)內(nèi)容：信息處理和分析，包括比較基因組、基因功能注釋和分類。

樣品要求

   動(dòng)物、植物、微生物組織請(qǐng)?zhí)峁┳懔康男迈r樣品（4℃保存，不超過一天）或?qū)⑿迈r樣品立即存于液氮或-80℃，一周內(nèi)寄樣。

   已純化 DNA要求濃度＞10ng/ul ，最小量＞20ug，OD 260 /OD 280值：1.80～2.00

服務(wù)費(fèi)用

基因組文庫(kù)構(gòu)建不收取任何費(fèi)用。

大規(guī)模測(cè)序，基因組組裝的費(fèi)用按照基因組堿基數(shù)收費(fèi)，收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)為0.8元/堿基。

BAC： 8.5萬元人民幣    完成時(shí)間：3個(gè)月

Fosmid：3.5萬元人民幣    完成時(shí)間：2個(gè)月

cosmid：3.5萬元人民幣     完成時(shí)間：2個(gè)月

生物信息：免費(fèi)