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基因組學(xué)服務(wù)
第二代測序儀高通量基因測序
服務(wù)類別：測序/合成總訪問：2099
最后更新：2011-2-19半年訪問：31
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基因組學(xué)服務(wù)
1. 服務(wù)內(nèi)容
測序與重測序 ：
Illumina Genome Analyzer系統(tǒng)都是當(dāng)今世界上最先進(jìn)、最經(jīng)濟(jì)的平臺(tái)，納奧公司可測定的整個(gè)基因組的序列和基因組上一個(gè)大片斷候選區(qū)域的序列。
SNP發(fā)現(xiàn)、篩選：
SNP(single nucleotide polymophism/是單核苷酸多態(tài)性)是發(fā)生在基因組序列中由單個(gè)堿基的變化引起的一種DNA序列變化，納奧公司利用高準(zhǔn)確度的DNA測序技術(shù)提供以下SNP發(fā)現(xiàn)、篩選服務(wù)：
1. 高通量的SNP 發(fā)現(xiàn)服務(wù)；高通量質(zhì)譜對(duì)已知SNP位點(diǎn)進(jìn)行大規(guī)模篩選； 
2. 提供SNP篩選、確定新的SNP位點(diǎn)和發(fā)生頻率統(tǒng)計(jì)比較等一系列服務(wù) 。
基因表達(dá)測序：
通過對(duì)樣本中數(shù)以百萬計(jì)的cDNA標(biāo)簽同時(shí)進(jìn)行序列測定，可對(duì)整個(gè)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行數(shù)字化的分析；同時(shí)在無需事先知道基因組的注釋情況下，可進(jìn)行全基因組轉(zhuǎn)錄子的發(fā)掘與定量分析。小RNA鑒定與定量分析：
納奧公司可提供適用于各個(gè)物種的小RNA深度鑒定與定量分析研究。通過大量的平行測序，可以發(fā)掘、鑒定并定量出任何物種全基因組水平的小RNA圖譜。
測序流程：
 
 
2. 設(shè)備描述
Illumina/Solexa公司的基因組測序儀是根據(jù)目前最新一代的測序技術(shù)研制而成的測序儀，該技術(shù)可在一張芯片獲取1G的堿基數(shù)據(jù)，每個(gè)樣品提供大約2百萬個(gè)序列標(biāo)簽，超過了過去一臺(tái)Megabace測序儀近百倍的工作量，并且大大的降低了成本。對(duì)長片段質(zhì)粒及基因組測序及重測序找出突變點(diǎn)并進(jìn)行SNP分析；提供數(shù)字化基因表達(dá)圖譜、small RNA表達(dá)圖譜及全基因組甲基化圖譜分析。
Illumina/Solexa公司測序技術(shù)為廣大用戶提供了強(qiáng)大的下一代測序方法，為目前遺傳分析和功能基因組等熱門研究領(lǐng)域的部分熱門課題提出了全新的應(yīng)用方案。如需進(jìn)一步了解，請(qǐng)?jiān)L問http://www.illumina.com.cn/productsSolexa.asp。
 
3. 
測序與重測序 ：
  1. 將待測序的DNA進(jìn)行純化，并保證DNA的完整性，且OD 260/280的比值在1.8-2.0之間；
  2. 取1-10 µg符合上述要求的DNA采用超聲破碎的方法隨機(jī)打斷DNA，保證DNA片段主要集中在800 bp以下，產(chǎn)物要通過預(yù)實(shí)驗(yàn)的電泳檢測，確定產(chǎn)物片段大�。�
  3. 將超聲破碎后的DNA樣品純化（建議采用QAIquick PCR Purification kit），50 µl EB洗脫，-20℃保存。
SNP發(fā)現(xiàn)、篩選：
  1. 總DNA濃度大于103拷貝/μl，保證在103-105拷貝/μl，提供足夠使用的DNA；
  2. 提供有關(guān)樣品來源及DNA提取詳細(xì)信息（納奧公司可另行提供DNA提取服務(wù)）；
基因表達(dá)測序：
由于RNA樣品的特殊性，除非樣品總量的非常受限，我們在實(shí)驗(yàn)進(jìn)行之前將對(duì)客戶提供的RNA樣品進(jìn)行質(zhì)量檢測，如果樣品未通過質(zhì)量監(jiān)控，我們將在芯片雜交之前通知客戶，并按照總費(fèi)用的10%收取費(fèi)用。
    品質(zhì)優(yōu)良的RNA樣本是實(shí)驗(yàn)成功的重要因素，因此我們要求客戶在送樣品之前首先要對(duì)該RNA樣品進(jìn)行質(zhì)量監(jiān)測，同時(shí)我們也將用Agilent BioAnalyzer 2100儀器檢測RNA的純度和完整性。
①.RNA質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)介紹：
  1. OD260 / OD280在1.9-2.1之間；
  2. 電泳28S條帶亮度與18S條帶亮度的比值大于1.8；
  3. Bioannalyzer分析RNA完整性數(shù)據(jù)（RIN）大于9.0；
  4. 無基因組DNA污染。
    RNA樣品在符合上述要求后，還必須避免含有蛋白、其它細(xì)胞器、以及許多分離方法中使用的有機(jī)溶劑（如苯酚或乙醇）和鹽。
    另：RNA的抽提方法有很多種，Ambion公司的ToTALLY RNA™ Kit 或Qiagen公司的RNeasy都是不錯(cuò)的方法。我們希望任何按照TRIZOL方法抽提得到的RNA最后都能經(jīng)過RNeasy柱純化。如因樣品未經(jīng)RNeasy純化而導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗，我們不負(fù)任何責(zé)任。
②.RNA樣品數(shù)量要求：
將5-10 µg符合要求的總RNA樣品稀釋于50-100 µl無RNase的超純水中，-20℃保存。
小RNA鑒定與定量分析：
客戶只需提供實(shí)驗(yàn)最初需要的總RNA即可，而總RNA可以通過許多分離方法得到， Ambion公司的ToTALLY RNA™ Kit 或Qiagen公司的RNeasy都是不錯(cuò)的方法。 RNA質(zhì)量控制與 轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析的標(biāo)準(zhǔn)相同（見上）。 我們建議客戶在送樣品之前首先用1%瓊脂糖凝膠和EB染色的方法檢測RNA的質(zhì)量，并采用安捷倫公司2100生物檢測儀（Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer）檢測總RNA的完整性；同時(shí)客戶將樣品送來后，我們也將首先用該生物檢測儀對(duì)RNA進(jìn)行質(zhì)量控制，每個(gè)樣品的檢測費(fèi)用為30美元。
RNA質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)及RNA數(shù)量要求同“基因表達(dá)測序”。
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