基因分型是通過使用生物學試驗檢查個體的DNA序列的過程,也是將目標序列與另一個體的序列或參考序列進行比較來確定個體的遺傳構(gòu)成(基因型)差異的過程。
PCR 是一種常見的基因分型方法,用于對樣本的基因型進行擴增和鑒定。但由于基因分型通常需要檢測成百上千份樣品,樣品處理、提取基因組DNA、PCR擴增目的基因的工作量使得基因分型PCR非常耗時,因此,我們提供了幾個簡單的PCR優(yōu)化方法,幫助您克服基因分型中的常見障礙。
01.省略基因組DNA提取
傳統(tǒng)做法是從組織樣品中純化基因組DNA進行基因分型PCR。即使使用快速提取試劑盒,該過程也可能至少需要0.5-1小時,并需要使用離心機和加熱等實驗室專用設備。使用到的提取試劑還需要相應的處理,需要較多的實驗時間和實驗成本。
02.使用PCR預混液減少配制時間和污染
預混為2×Mix的產(chǎn)品包含Taq DNA聚合酶、dNTPs、MgCl2、反應緩沖液等PCR所需的成分,使用時僅需加入DNA模板和引物即可進行擴增,降低了PCR 實驗配置出錯、試劑污染等的風險,也節(jié)省實驗時間。
03.縮短PCR反應時間
以下三個方面縮短 PCR 反應時間:
使用快速PCR酶,可以以15-30 sec/kb的速度合成DNA(替代傳統(tǒng)的60 sec/kb)的酶。
結(jié)合使用快速PCR儀,例如可以快速升高或降低至所需循環(huán)溫度的PCR儀。
選擇儀器適用的“快速”耗材產(chǎn)品,低容的耗材高度更低,最大程度減少了蒸發(fā)的影響并提高熱傳導效率,而薄壁PCR管可實現(xiàn)更好的熱傳遞。
04.擴增后PCR 產(chǎn)物直接上樣電泳
傳統(tǒng)的PCR產(chǎn)物檢測方法是在電泳之前,將PCR產(chǎn)物與一定比例的含染料的上樣緩沖液混合后上樣到凝膠孔。這個過程看似微不足道,但涉及到計算所需體積、制備上樣染料、吸取PCR樣品,最后進行混合。這些步驟需要時間及額外的耗材。而選擇使用含染料的直接PCR 預混液可省略這些步驟,擴增完成后直接上樣進行電泳檢測。
05.選擇通用性預混液
麥伯生物提供的Magic Direct PCR Mix是已含染料的直接PCR預混液,可耐受植物中的多糖多酚、全血、血清、血漿中的肝素、高濃度的血紅蛋白、甘油三脂、乙醇、胍鹽、SDS等強PCR抑制劑,適用于血液、動物組織、植物葉片、種子、果實等多種樣本的直接PCR擴增,讓您無需重新選擇和采購試劑即可進行多種樣本的分型實驗,高效、快速、方便。