PowerBiofilm與PowerSoil的區(qū)別

在之前的文章，我們解說了提取生物薄膜（Biofilm）和生物墊（Biomats）的注意事項。這類物質不同于一般的環(huán)境樣品，它們需要特殊的化學手段降解胞外聚合物（EPS）以釋放其中的細胞并進一步裂解處理。

國際紅樹林生態(tài)系統(tǒng)協(xié)會（ISME）在西澳大利亞舉行的第十三屆展覽會上，各科學家問最多的問題是：PowerSoil與最新出的PowerBiofilm DNA Kit有什么區(qū)別？ 下文將介紹給讀者關于這兩款頗有針對性創(chuàng)新技術的異同點。

1、研磨珠套管

Power Biofilm Kit使用了新的研磨珠套管，里頭混合了有玻璃研磨珠和石榴石研磨珠。兩種研磨珠的混搭使用，經(jīng)實驗證明能有效裂解各類不同硬度、含水量和組成成分的生物薄膜（Biofilm）和生物墊（Biomats）。

PowerSoil Kit 和PowerLyzer PowerSoil Kit的研磨珠套管中都只含有一種研磨珠。MoBio獨創(chuàng)的PowerSoil DNA Isolation Kit研磨珠套管中已經(jīng)預先灌入了研磨均質緩沖液。在渦旋儀上使用石榴石材質研磨珠比玻璃珠更合適。表面鋒利不規(guī)則的石榴石質地相對柔軟，在快速破碎土壤及糞便樣品的同時對DNA傷害很小。而當使用高速研磨機時，0.1mm玻璃研磨珠最合適不過。研究發(fā)現(xiàn)，一些像粘土、沉積物性質的樣品使用玻璃珠和石榴石混合研磨珠取得的研磨效果反而沒有單獨使用0.1mm玻璃珠的好。所以我們只采用了單種研磨珠。

2、化學手段

PowerBiofilm Kit使用了獨有的化學配方用于溶劑多糖，降解胞外聚合物（EPS）。多種溶液結合增強作用力，溶解樣品表面粘性物質提高研磨珠擊打破碎效率。過度的研磨擊打胞外聚合物（EPS）可能會導致DNA和RNA的損失。而在擊打破碎前先溶解掉一部分，就可以在稍輕的研磨條件下獲得更大的得率。 PowerSoil kit并沒有使用此創(chuàng)新的溶解EPS化學手段。其IRT系統(tǒng)足以完全去除植物殘骸留在土壤中的多糖類物質。

3、抑制因子去除技術（IRT）

PowerSoil和PowerBiofilm kit都采用了IRT技術。絕大部分的生物薄膜（Biofilm）和生物墊（Biomats）都富含腐植酸。因此去腐植酸步驟非常有必要。為了獲得高純度土壤DNA，PowerSoil Kit必須采用IRT技術。

5、硅膠薄膜純化技術（Silica Technology）

兩種試劑盒都采用了硅膠薄膜純化技術來回收去除腐植酸后的核酸。最終溶解到Tris緩沖液的DNA可以直接用于下一步實驗。

6、PowerBiofilm RNA Kit

細菌薄膜RNA只有一種小提規(guī)格的kit。RNA Kit與DNA Kit最大的區(qū)別在于采用了不一樣成分不一樣濃度的鹽溶液來綁定核酸到離心柱上。在洗脫核酸前還采用了DNase處理來去除基因組DNA成分，節(jié)省后期處理的時間。

而土壤中RNA含量本來就很低，于是在土壤RNA的盒子中，樣品起始量設在2g。采用了苯酚來強化細胞裂解。后期采用了陰離子交換樹脂技術，以分離到非常高純度的RNA。此時DNA與RNA共同存留在二氧化硅薄膜上，使用另一款產(chǎn)品12867可同時分離出同一個樣品的DNA。博文中有篇文章給出了提取土壤RNA的一些小訣竅。

我們還寫了一篇Powerfilm Kit的使用訣竅。正在使用這款盒子的同學，抽空去看看吧。

這些就是兩個試劑盒的不同之處。有些人告訴我，他們正在用PowerSoil來提取生物薄膜樣品。當然，PowerSoil在提取一些EPS含量不高，生物量很高的樣品結果也會很理想。但，如果提取生物薄膜和生物墊，想得到一致得率和純度時，請選用PowerBiofilm Kit。