導(dǎo)讀
在傳統(tǒng)微生物代謝研究中,同位素標(biāo)記法是探索細(xì)胞/細(xì)菌特定代謝進(jìn)程的常用手段。由于同位素會(huì)影像生物大分子的化學(xué)震動(dòng),科研工作者可以通過(guò)紅外光譜成像對(duì)含有同位素的微生物或細(xì)胞進(jìn)行紅外檢測(cè)。但是傳統(tǒng)紅外的分辨率有限,致使多數(shù)研究只能聚焦于細(xì)胞群落層面,難以深入至單個(gè)細(xì)胞。基于新型光學(xué)光熱紅外 (O-PTIR) 化學(xué)成像技術(shù)的發(fā)展,為該領(lǐng)域帶來(lái)了重要轉(zhuǎn)機(jī)。該技術(shù)大幅提升了傳統(tǒng)紅外化學(xué)成像的空間分辨率,能夠在亞微米空間尺度下,依據(jù)化學(xué)特征,對(duì)不同物質(zhì)進(jìn)行特異性化學(xué)成像。借助O-PTIR技術(shù),科研人員不僅能對(duì)的同位素標(biāo)記的微生物進(jìn)行紅外波譜分析,還能對(duì)同位素的單個(gè)微生物、細(xì)胞進(jìn)行化學(xué)成像,為微生物單細(xì)胞代謝研究提供更為豐富、詳盡的信息。
新一代化學(xué)成像顯微鏡
美國(guó)PSC公司研發(fā)的新一代高分辨化學(xué)成像顯微鏡——mIRage,大大地拓展了光學(xué)顯微鏡的應(yīng)用。該設(shè)備基于新型光學(xué)光熱紅外(O-PTIR)技術(shù),能夠?qū)ξ镔|(zhì)的分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行化學(xué)成像,解決了傳統(tǒng)化學(xué)成像空間分辨率低的問(wèn)題,其化學(xué)成像分辨高達(dá)500 nm,可在亞微米尺度上對(duì)單個(gè)細(xì)胞、微生物內(nèi)同位素標(biāo)記物進(jìn)行成像與波譜分析。同時(shí),該系統(tǒng)還兼具拉曼波譜,可以對(duì)同一個(gè)樣品進(jìn)行紅外/拉曼共定位分析,為微生物代謝組學(xué)、微生物藥物組學(xué)、藥學(xué)等多個(gè)生命科學(xué)研究領(lǐng)域提供了新的表征手段。
新一代高分辨化學(xué)成像顯微鏡——mIRage
mIRage的特有優(yōu)勢(shì):
• 亞微米空間分辨的紅外光譜和拉曼高光譜成像(~500 nm);
• 與透射模式相媲美的反射模式下的圖譜效果;
• 非接觸測(cè)量模式—使用簡(jiǎn)單快捷,無(wú)交叉污染風(fēng)險(xiǎn);
• 很少或無(wú)需樣品制備過(guò)程(無(wú)需薄片), 可測(cè)試厚樣品;
• 可透射模式下觀察溶液中的樣品;
• 實(shí)現(xiàn)同時(shí)同地相同分辨率的IR和Raman測(cè)試;
• 熒光顯微成像實(shí)現(xiàn)熒光標(biāo)記樣品快速定位。
mIRage部分同位素成像應(yīng)用
一、mIRage助力單細(xì)胞水平同位素成像研究細(xì)菌代謝
英國(guó)利物浦大學(xué)Roy Goodacre教授發(fā)表了關(guān)于同位素標(biāo)記的細(xì)菌振動(dòng)光譜研究成果。該研究借助于新一代高分辨化學(xué)成像顯微鏡——mIRage,通過(guò)紅外光譜和成像分析,揭示了細(xì)菌代謝的過(guò)程和機(jī)理,不僅包含細(xì)菌群落,還包含微生物之間的相互作用。該成果創(chuàng)新性的運(yùn)用新型光學(xué)光熱紅外 (O-PTIR) 化學(xué)成像技術(shù),實(shí)現(xiàn)了在單細(xì)胞水平上準(zhǔn)確評(píng)估細(xì)菌對(duì)標(biāo)記化合物的吞并行為過(guò)程,為細(xì)菌代謝研究開(kāi)辟了新的途徑。
二、 mIRage高分辨率表征助力細(xì)菌耐藥性研究
近期,mIRage的高空間分辨率和光譜質(zhì)量又助力一科研團(tuán)隊(duì)通過(guò)氘同位素標(biāo)記在單細(xì)胞水平上快速鑒定抗菌素耐藥性。在該研究中,作者采用了光學(xué)光熱紅外 (O-PTIR) 化學(xué)成像技術(shù)的非破壞性表型分析方法,結(jié)合氘同位素探測(cè) (DIP) 和多元統(tǒng)計(jì)分析作為代謝指紋識(shí)別方法,在單細(xì)胞和群體水平上檢測(cè)尿路致病大腸桿菌中的抗生素耐藥性。
下圖為未處理和甲氧芐啶TMP處理?xiàng)l件下生長(zhǎng)的兩種大腸桿菌分離株(上圖A和D為光學(xué)成像)的 O-PTIR成像。未處理(圖A)和 TMP 處理(圖D)大腸桿菌細(xì)胞(分離株 147,TMP 敏感)的光學(xué)圖像突出顯示了單個(gè)細(xì)胞的位置。在未處理(圖B)和TMP處理(圖E)條件下生長(zhǎng)的這些細(xì)菌細(xì)胞在蛋白質(zhì)酰胺 I 帶的1,655 cm-1峰進(jìn)行紅外成像,也顯示出與背景的明顯對(duì)比。然而,在同一視野下,使用 2,163 cm-1 處的峰值(歸因于 C-D 振動(dòng)),未經(jīng)處理的TMP敏感大腸桿菌細(xì)胞(圖C)清晰可見(jiàn),表明它們具有代謝活性并吸收了氘,而TMP處理的細(xì)胞幾乎未被檢測(cè)到,表明它們不具有代謝活性,因此不能吸收氘(圖F)。
通過(guò)O-PTIR 光譜數(shù)據(jù)鑒別由于氘摻入細(xì)菌細(xì)胞導(dǎo)致的明顯光譜偏移 (C-D 特征峰),從而可以在單細(xì)胞水平上快速檢測(cè)和分類敏感和耐藥分離株,并發(fā)現(xiàn)了甲氧芐啶敏感菌株在暴露于這種抗生素時(shí)攝入氘的能力降低。本研究的結(jié)果表明mIRage是一種可在單細(xì)胞水平上快速檢測(cè)抗生素抗藥性的有效工具。
三、mIRage協(xié)助研究單細(xì)胞水平的多種同位素的光譜變化
mIRage紅外光譜協(xié)助科研工作者在單細(xì)胞水平上研究碳-氘動(dòng)力學(xué)和同位素光譜偏移。在該研究中,團(tuán)隊(duì)采用了多種重穩(wěn)定同位素 (D、13C、15N 和 18O) 組合,使用光學(xué)光熱紅外 (O-PTIR) 化學(xué)成像技術(shù)在單細(xì)胞水平上評(píng)估中紅外區(qū)域所有可能的同位素光譜偏移。
如下圖所示,由于重同位素?fù)饺肓烁鞣N生物分子,通過(guò)mIRage可以觀察到多種同位素組會(huì)導(dǎo)致的多種振動(dòng)峰的幾個(gè)光譜偏移。單個(gè)大腸桿菌細(xì)菌細(xì)胞的 O-PTIR 光譜數(shù)據(jù)在所有含有重水的條件下都顯示出兩個(gè)不同的峰(Csingle bondD 特征峰),包括D2O(圖A)、13C + D2O(圖B)、15N + D2O(圖C)和 13C + 15N + D2O(圖D)。在同時(shí)含有 13C 和 D2O 的條件下,在 13C + D2O(圖B)以及13C + 15N + D2O(圖D)條件下,對(duì)稱 CD3(從 2,213 cm-1 到 2,198 cm-1)和對(duì)稱 CD2(2175 cm-1 到 2163 cm-1)中觀察到了額外的偏移。
這項(xiàng)研究的結(jié)果表明,O-PTIR 可以作為監(jiān)測(cè)單個(gè)細(xì)菌中多種同位素標(biāo)記的有效工具。
總結(jié)
在上述案例中,mIRage展現(xiàn)了能夠?qū)蝹(gè)微生物內(nèi)同位素標(biāo)記物質(zhì)進(jìn)行高分辨化學(xué)成像的能力。這意味著它不僅可以準(zhǔn)確捕獲單個(gè)細(xì)胞、微生物內(nèi)同位素標(biāo)記的圖像,也可以對(duì)單個(gè)細(xì)胞的同位素藥物攝入過(guò)程進(jìn)行表征。尤其值得注意的是,面對(duì)同一細(xì)胞內(nèi)多種同位素并存的復(fù)雜情況,mIRage也能實(shí)現(xiàn)特異性表征,準(zhǔn)確地反饋特定物質(zhì)在細(xì)胞內(nèi)的分布與化學(xué)變化。
憑借上述超卓的性能,mIRage在微生物代謝組學(xué)、微生物藥物代謝、藥學(xué)等領(lǐng)域具有巨大的應(yīng)用潛力,能夠?yàn)榭蒲泄ぷ髡咛峁┎灰粯拥难芯恳暯呛蜏?zhǔn)確的數(shù)據(jù)。
除了上述應(yīng)用外,mIRage這一熒光、紅外、拉曼三合一的化學(xué)成像顯微還在多個(gè)科研領(lǐng)域有所應(yīng)用:
1. 環(huán)境微塑料
微塑料顆粒(~600 nm)的O-PTIR光譜及成像分析
(引自Microscopy Today, 2022, 17, 3, 76-85)
2. 高分子材料
1210 cm-1處采集的PP/PTFE的O-PTIR光譜和顯微圖像
(引自Materials & Design, 211 (2021), 17, 110157)
3. 半導(dǎo)體
薄膜晶體管顯示器中污染物的O-PTIR分析
器件表面缺陷的紅外和拉曼光譜同步(同時(shí)間、同位置)分析
(引自Microscopy Today, 2020, 28, 3, 26-36)
4. 生命科學(xué)
腦組織的明場(chǎng)顯微圖像、O-PTIR光譜及成像分析
5. 文物鑒定
柯羅19世紀(jì)繪畫(huà)作品中鋅皂異質(zhì)性的O-PTIR顯微光譜及成像分析
(引自Anal. Chem. 2022, 94, 7, 3103–3110)
mIRage國(guó)內(nèi)部分發(fā)表文章一覽
☛ 中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)借助mIRage成功實(shí)現(xiàn)對(duì)玉米粉中痕量微塑料的原位可視化表征。該工作發(fā)表在Science of the Total Environment上。
☛ 中科院過(guò)程工程研究所使用mIRage對(duì)利拉魯肽微球的藥物與載藥顆粒的化學(xué)成分與空間分布進(jìn)行了鑒定,該成果發(fā)表在ACS Applied Materials & Interfaces上。
樣機(jī)體驗(yàn)
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1、非接觸亞微米分辨紅外拉曼同步測(cè)量系統(tǒng)—mIRage(材料領(lǐng)域)
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