高通量測序服務(wù)——細菌基因組測序

應(yīng)用Roche 454長片段測序、Illumina Solexa短片段高覆蓋測序，結(jié)合454雙末端測序及Solexa末端配對測序技術(shù)，針對不同的基因組測序類型，提供專業(yè)的測序服務(wù)。

服務(wù)類別：	測序/合成	總訪問：	6378
最后更新：	2015-7-14	半年訪問：	288
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服務(wù)商：上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司

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服務(wù)介紹
公司簡介

高通量測序服務(wù)——細菌基因組測序

詳細描述：

隨著細菌基因組研究的迅速發(fā)展，全基因組測序已逐步成為微生物基礎(chǔ)研究的重要手段之一。截至2010年11月，全世界已發(fā)布了1748個細菌基因組、61個真菌基因組和103個古細菌基因組序列。新一代高通量測序技術(shù)大大減少了基因組測序的成本和時間，讓更多實驗室可以開展微生物基因組測序項目。

根據(jù)不同的研究目的和測序要求，細菌基因組測序可分為四種類型：細菌基因組Scanning、細菌基因組框架圖、細菌基因組精細圖和細菌基因組完成圖。美吉生物靈活應(yīng)用Roche 454長片段測序、Illumina Solexa短片段高覆蓋測序，結(jié)合454雙末端測序（Paired-End Sequencing）及Solexa末端配對測序（Mate-Pair Sequencing，MP）技術(shù)，針對不同的基因組測序類型，提供專業(yè)、合理、高性價比的測序服務(wù)。

美吉優(yōu)勢

1. 擁有自主實驗室和高通量測序平臺，可以根據(jù)合作伙伴要求靈活安排實驗，實驗周期短，質(zhì)量可靠。

2. 擁有ABI3730xl常規(guī)測序平臺、Roche 454高通量測序平臺和Illumina Solexa高通量測序平臺，三種平臺聯(lián)合應(yīng)用，優(yōu)勢互補，在微生物基因組測序中取得1+1+1>3的效果。

3. 技術(shù)人員經(jīng)驗豐富，每年完成數(shù)百個BAC全長測序、幾十個微生物基因組測序的Gap Closing工作。

4. 擁有專業(yè)的生物信息團隊和大型計算機平臺，可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務(wù)。

一. 細菌基因組Scanning

細菌基因組Scanning采用Illumina 測序技術(shù)，對基因組進行50×低深度測序，根據(jù)序列組裝結(jié)果，以獲取基因組序列的基本信息。

二. 細菌基因組框架圖

細菌基因組框架圖采用Illumina短片段測序技術(shù)和末端配對測序（MP）技術(shù)，對基因組進行100×深度測序。MP測序數(shù)據(jù)用來確定Contigs之間的排列關(guān)系，結(jié)合100×測序深度，可以得到較佳的基因組拼接結(jié)果和較高的基因區(qū)覆蓋度，為隨后的基因組信息挖掘提供良好基礎(chǔ)。

生物信息分析

1. 原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計

2. 序列組裝

3. 基因預(yù)測

4. 常規(guī)基因功能注釋

三. 細菌基因組精細圖

為了避免單個平臺的測序偏向性以及短片段造成的基因組組裝錯誤，細菌基因組精細圖采用Roche 454長片段雙末端測序技術(shù)（Paired-End）搭建基因組框架，然后進行Illumina 短片段高覆蓋測序（100×），將短片段序列mapping到基因組框架中，即可獲得高質(zhì)量的基因組精細圖。在此基礎(chǔ)上，可以借助ABI3730xl測序平臺對整個基因組或其中的某一區(qū)域進行Gap Closing。

生物信息分析

1. 原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計

2. 序列組裝

3. 基因預(yù)測

4. 基因功能注釋

四. 細菌基因組完成圖

細菌基因組完成圖采用Roche 454長片段雙末端測序技術(shù)（Paired-End）搭建基因組框架，然后進行Illumina 短片段高覆蓋測序（100×），將短片段序列mapping到基因組框架中，獲得基因組精細圖，再借助ABI3730xl測序平臺對整個基因組進行Gap Closing，即可得到基因組完成圖。

生物信息分析

1. 基因組序列拼接

原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計、基因組覆蓋度計算、Contigs長度分布等。

2. 基因注釋

編碼基因預(yù)測，基因功能注釋（NR、Swissprot、Interpro等）、Non-coding RNA注釋、重復(fù)序列注釋等。

3. 基因功能分類

COG功能分類、KEGG通路分析等。

4. 比較基因組及進化分析

與近源物種的基因組序列對比，進行SNP、SV等變異結(jié)構(gòu)檢測、pan-genome和core-genome組成分析、同源基因分析、進化分析等。

成功案例

美吉生物已成功完成細菌精細圖26例和細菌完成圖15例。部分完成圖數(shù)據(jù)如下：

細菌名稱	雙歧桿菌	芽孢桿菌	某海洋菌	鏈霉菌	單胞菌
基因組大小	2.1Mb	4Mb	7.2Mb	11Mb	5Mb
基因組復(fù)雜度	簡單	中等	中等	高GC	IS多，部分區(qū)域結(jié)構(gòu)復(fù)雜
GC含量	59%	46.6%	34.4%	71%	63.9%
測序方法	454 Single & Sanger	454 Single & Sanger	454 Paired- End & Sanger	454 Paired- End & Solexa	454 Paired- End & Solexa
Scaffolds（個）	5	37	13	24	17
Contigs（個）	5	37	82	125	47
精細圖周期	1個月	1個月	1個月	1個月	1個月
完成圖周期	1個月	1個月	2.5個月	2個月	3個月

上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司專注于新一代DNA高通量測序技術(shù)的應(yīng)用和推廣、生物信息分析、臨床診斷試劑盒研發(fā)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究，是上海張江高科技園區(qū)、張江藥谷重點支持企業(yè)，華東師范大學(xué)戰(zhàn)略合作單位。目前，美吉生物在上海、北京、廣州三個一線城市建立了實驗基地，銷售網(wǎng)絡(luò)遍布全國各地。

美吉生物擁有世界一流的測序平臺，在ABI3730xl常規(guī)測序平臺的基礎(chǔ)上，先后引進了羅氏454高通量測序平臺和Illumina高通量測序平臺，專業(yè)提供動植物基因組測序、微生物基因組測序、宏基因組測序、轉(zhuǎn)錄組測序、小RNA測序、基因表達譜分析等技術(shù)服務(wù)。

美吉生物擁有一支實力雄厚的技術(shù)團隊，有從事分子生物學(xué)研究十多年、經(jīng)驗豐富的技術(shù)骨干，也有創(chuàng)新進取、拼勁十足的希望之星。技術(shù)團隊經(jīng)驗豐富，曾參與水稻、番茄、家蠶等多項大型基因組學(xué)項目，可以為您提供專業(yè)、合理、高性價比的實驗方案。

生物信息學(xué)是國際前沿的新興學(xué)科，近年來發(fā)展迅猛。美吉生物擁有一支具有國際一流水平的生物信息分析團隊，不僅可以提供標(biāo)準(zhǔn)流程化的生物信息分析，還可以根據(jù)不同的課題需求，提供個性化的深度數(shù)據(jù)挖掘。

B2B(Bench to Bedside)的轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)模式，大大縮短了醫(yī)學(xué)科學(xué)從基礎(chǔ)研究到臨床應(yīng)用的時間，加速了人類進入基因組醫(yī)學(xué)時代的步伐�；趯ξ磥磲t(yī)學(xué)發(fā)展趨勢的充分理解，美吉生物和國內(nèi)多家著名三甲醫(yī)院聯(lián)合建立了轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心，開展轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究，以迎接基因組醫(yī)學(xué)時代的到來。

美吉生物秉承“專業(yè)、卓越”的企業(yè)理念，“以客戶為本，讓客戶滿意”的服務(wù)宗旨，一如既往地致力于提供高品質(zhì)、高效率的技術(shù)服務(wù)，努力將公司打造成為國內(nèi)一流企業(yè)。因為敬業(yè)，所以專業(yè)；因為專業(yè)，所以選擇；選擇美吉，選擇滿意！

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