環(huán)狀RNA研究方法——助你快速發(fā)表5分以上文章

至2015起云序生物已經(jīng)完成10000+例環(huán)狀RNA全轉錄組測序服務，涵蓋了50+疾病，20+物種，幫助眾多客戶在環(huán)狀RNA分子的研究中取得突破性進展�？蛻舭l(fā)表的環(huán)狀RNA文章高達20篇以上。此外云序生物還提供環(huán)狀RNA機制研究手段，rip&RNA pull down技術，幫助客戶沖刺高分機制文章。本周小編來講講云序生物客戶利用全轉錄組測序如何又快速發(fā)表了一篇5分以上的文章（前期講述了好多篇環(huán)狀RNA測序直接發(fā)表5分的文章的案例，感興趣的伙伴可以點擊往期的鏈接）。 

研究背景：
作為非編碼分子的重要成員，環(huán)狀RNA分子在多種疾病生理學過程當中都扮演著重要的角色。這一次對于環(huán)狀RNA分子的研究聚焦在了電離輻射對細胞的影響。說起電離輻射，其實在我們的生活中微量輻射幾乎無處不在，土壤中有天然輻射源氡氣，體檢的時候使用的X射線機等等。要知道腸上皮細胞對（intestinal epithelium）電離放射是高度敏感的，腹部或者盆腔腫瘤病人在接受放放射治療后都會引起放射毒性造成的腸道損傷。那么問題來了，放射引起的腸道損傷較正常的腸道細胞，環(huán)狀RNA分子這一次是如何變化的？差異性的環(huán)狀分子功能如何？且聽小編慢慢的為您解讀這篇文章。

實驗設計：
整個實驗設計為對照組和照射處理組（實驗組），每組三個生物學重復。其中對照組為正常野生型小鼠，實驗組小鼠使用Cs137gamma光放射儀以恒定計量進行照射，3.5天后取兩組小鼠空腸組織提取RNA。

圖1. 技術路線圖

研究內(nèi)容：
1. 環(huán)狀RNA表達如何？差異表達的有哪些呢？
高質量的測序服務，專業(yè)的生信分析，云序生物讓環(huán)狀研究變得容易，這是一條廣告。高質量的測序技術對每一個環(huán)狀的表達都做到精準檢測，生信分析可視化從宏觀角度（染色體分布、成環(huán)位置）給出了所有對于放射處理后在小鼠空腸組織當中環(huán)狀RNA分子的表達情況。

                                                                                                   圖2. 放射處理后小鼠空腸組織環(huán)狀RNA表達情況

在此基礎上，哪些環(huán)狀RNA分子發(fā)生了差異表達？在這里火山圖、Venn圖應有盡有。根據(jù)p<=0.05和FC>=2的標準，一共發(fā)現(xiàn)42個環(huán)狀發(fā)生上調，47個環(huán)狀發(fā)生下調。

圖3. 差異環(huán)狀RNA的篩選

2. 差異環(huán)狀RNA分子的qPCR驗證
對于一篇做譜的文章，差異環(huán)狀RNA的結果驗證只需做到qPCR即可。對5個上調和5個下調的環(huán)狀RNA分子低通量qPCR結果和高通量的測序結果一致。

圖4. 差異RNA分子的qPCR驗證

3. 差異表達的環(huán)狀RNA分子功能預測
GO分析和Pathway分析作為功能預測當中必不可少的一部分也被涵蓋在本研究當中，包括結合、催化、細胞因子和細胞分泌等GO條目均發(fā)生富集。KEGG分析預測結果顯示差異環(huán)狀RNA的靶基因與MAPK信號通路相關（Cacna1e、Mras、 Prkcb、Ptpn7），要知道最近的報道顯示EGF介導的Ras/Raf/Mek/Erk/MAPK信號通路活化與腸道干細胞增值相關。

圖5. 差異表達環(huán)狀RNA分子的功能預測

海綿機制預測ceRNA網(wǎng)絡圖。按照海綿機制的反式調控方式，該網(wǎng)絡中包括42個上調和48個下調的環(huán)狀RNA分子，以及預測相互結合的22個靶基因mRNA。

圖6. ceRNA網(wǎng)絡圖

總結：
通過文章解析我們看到這是一篇典型的環(huán)狀RNA分子做譜文章，文章中展示的結果同大部分做譜文章類似，從表達、差異、富集到靶基因預測，從頭到尾一氣呵成，但是這樣一篇做譜的文章能發(fā)表在5.5分的雜志上面是有他的原因的。首先該研究是首次在輻射條件下研究腸道細胞中環(huán)狀RNA分子的變化，處理方式和解決問題的角度較以往不同，其次生信分析全面并且準確，富集分析當中多個跟腸道細胞增殖、應激過程中的信號通路以及基因相關，說明環(huán)狀在整個細胞生物學變化過程中起到了重要作用。這樣一篇經(jīng)濟實惠且思路清晰的文章相信是環(huán)狀RNA分子做譜的典范，如果老師您也希望短平快的發(fā)表這樣一篇文章，歡迎咨詢上海云序生物，我們會給您最好的科研服務。

全文信息：
Qianying Lu, Wei Gong, et al. Identification of Circular RNAs Altered in Mouse Jejuna After Radiation. Cell Physiol Biochem (2018), http://sci-hub.tw/10.1159/000491652
 
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