引物合成采用固相亞磷酰胺三酯法,具有高效、快速的偶聯(lián)以及起始反應(yīng)物比較穩(wěn)定的特點(diǎn)。
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【服務(wù)介紹】
引物合成采用固相亞磷酰胺三酯法。亞磷酰胺三酯法合成DNA片段,具有高效、快速的偶聯(lián)以及起始反應(yīng)物比較穩(wěn)定的特點(diǎn)。亞磷酰胺三酯法是將DNA固定在固相載體上完成DNA鏈的合成的,合成的方向是由待合成引物的3′端向5′端合成的,相鄰的核苷酸通過3′→5′磷酸二酯鍵連接。
常規(guī)引物:6-59 mer
長鏈引物:60-150 mer
純化方式選擇:純化方式 | 5~20 mer | 21~40 mer | 41~60 mer | 61~90 mer | 91~150 mer | 應(yīng)用 |
OPC純化 | 適用 | 推薦 | 推薦 | 適用 | 不適用 | PCR擴(kuò)增、亞克隆、點(diǎn)突變、全基因合成及DNA測序等。 |
PAGE純化 | 不適用 | 適用 | 適用 | 推薦 | 推薦 | 對40 mer以上的普通引物的純化,用于定點(diǎn)突變、克隆、蛋白結(jié)合凝膠遷移電泳分析等。 |
HPLC純化 | 推薦 | 推薦 | 適用 | 不適用 | 不適用 | 小于50 mer的普通引物的純化,上述應(yīng)用及修飾引物的純化;商業(yè)化的診斷引物或探針等。 |
引物長度 | 純化方式 | 合成量 | 收費(fèi)方式 |
6-15 mer | OPC(脫鹽) | 1-5 OD | 20元/條 |
PAGE | 1-5 OD | 20元/條 | |
HPLC | 1-5 OD | 20元/條 + 80元純化費(fèi) | |
16-59 mer | OPC(脫鹽) | 1-5 OD | 1.2元/mer |
PAGE | 1-5 OD | 1.5元/mer | |
HPLC | 1-5 OD | 1.2元/mer + 80元純化費(fèi) | |
60-90 mer | OPC(脫鹽) | 1-2 OD | 4元/mer |
PAGE | 1-2 OD | 4元/mer | |
HPLC | 1-2 OD | 4元/mer + 80元純化費(fèi) | |
90-150 mer | OPC(脫鹽) | 1-2 OD | 7元/mer |
PAGE | 1-2 OD | 7元/mer | |
HPLC | 1-2 OD | 7元/mer+80元純化費(fèi) |
我們可以合成所有常見的修飾引物。我們合成的修飾引物全部采用HPLC純化,確保引物序列準(zhǔn)確性和更好的純度。修飾引物的HPLC純化不收取純化費(fèi)用。
修飾引物的價(jià)格=普通DNA 合成價(jià)格+修飾價(jià)格。
A-1.溶液中的Oligo DNA常溫下數(shù)天(3-4天)應(yīng)該沒問題,但最好不要放置一個(gè)星期以上。其壽命受溶液中的菌體、核酸酶等的影響。
A-2.進(jìn)行OD值測定時(shí),分光光度計(jì)上顯示的數(shù)值為每毫升溶液中的OD值。當(dāng)測定200 ml溶液中的OD值為1.5時(shí),溶液整體的OD量應(yīng)該為多少?此時(shí)的OD值 = 1.5 OD/ml × 0.2 ml = 0.3 OD。
A-3. DNA的量與260 nm處的吸光度值(OD值)成正比,因此使用紫外分光光度計(jì)定量是最科學(xué)的。1個(gè)OD值的合成DNA的重量約為33 mg。
A-4.保存合成的Oligo應(yīng)該注意以下幾點(diǎn):
(1).干燥制品很穩(wěn)定,常溫下數(shù)個(gè)月無問題。但為保證萬無一失,放置于-20℃保存為好。
(2).溶解后的溶液DNA短期內(nèi)(1-2周)使用可放置在4℃下保存,長期保存請放置于-20℃。溶解DNA時(shí),請注意使用無菌、無核酸酶的水或TE Buffer。
(3).熒光標(biāo)記引物請避光保存。
A-5.所有的制品純化后都要進(jìn)行脫鹽,脫鹽是使用C18柱進(jìn)行的,偶而會(huì)有微量的樹脂溢出而進(jìn)入制品。樹脂不影響任何反應(yīng)結(jié)果,請稍許離心后取上清使用。
A-6.無論是PAGE純化,還是HPLC純化,增大每次的純化量會(huì)大大降低制品的純度。所以,為了保證制品質(zhì)量,我們一般把每次的純化量控制在2 OD左右。大OD量的提供對提高純度是不現(xiàn)實(shí),不科學(xué)的做法。一般,1 OD的20mer的DNA制品 (約5 nmol),可以進(jìn)行200-400 次的PCR反應(yīng) (50ml體系),以及1,400次的測序反應(yīng)。因此,2 OD 的DNA量可以足夠進(jìn)行一般的實(shí)驗(yàn)工作。
A-7.進(jìn)行過Oligo DNA PAGE電泳的人員都知道,同一OD量的不同序列的DNA制品電泳時(shí)的泳帶亮度(清晰度)是不一樣的。原因在于EB等染色劑的染色是滲透至DNA的雙鏈之間的,而合成的Oligo DNA是單鏈,Oligo DNA自身形成的立體結(jié)構(gòu)越復(fù)雜,EB的染色就越容易,DNA帶也就越亮。相反,有一些Oligo DNA由于不形成立體結(jié)構(gòu),根本就不為EB所染色。因此,我們認(rèn)為有些公司對所有產(chǎn)品都提供差不多同一亮度的制品的電泳照片是非常不現(xiàn)實(shí)的做法。
A-8.Oligo DNA的電泳一定要使用變性PAGE電泳。Oligo DNA是單鏈DNA,容易形成復(fù)雜的立體結(jié)構(gòu),因此進(jìn)行Agarose電泳時(shí),容易出現(xiàn)多條泳帶(更無法用Agarose電泳進(jìn)行定量了)。
A-8.Oligo DNA的電泳一定要使用變性PAGE電泳。Oligo DNA是單鏈DNA,容易形成復(fù)雜的立體結(jié)構(gòu),因此進(jìn)行Agarose電泳時(shí),容易出現(xiàn)多條泳帶(更無法用Agarose電泳進(jìn)行定量了)。
(1). A、G、C、T的組份不同,電泳速度不同;
(2). DNA的立體結(jié)構(gòu)不同,電泳速度不同。這種情況在Oligo DNA越短時(shí)越容易發(fā)生,長鏈Oligo DNA之間差別較小。
(1). 合成機(jī)管路的瞬時(shí)阻堵,造成化學(xué)反應(yīng)的瞬間中斷,其結(jié)果可能會(huì)發(fā)生單個(gè)(或一部分)堿基的缺失。
(2). 計(jì)算機(jī)程序失靈,控制錯(cuò)誤合成。
(3). 合成過程中,堿基附加至DNA片段之前,堿基和堿基之間發(fā)生了偶聯(lián),然后再附加到了DNA片段上,造成多堿基現(xiàn)象。
(4). 合成時(shí)堿基G可能會(huì)轉(zhuǎn)化成烯醇異構(gòu)體,此時(shí)進(jìn)行PCR反應(yīng)時(shí)G會(huì)轉(zhuǎn)變成A。
(5). 合成過程中的脫嘌呤作用,對脫嘌呤后的堿基DNA聚合酶不能識(shí)別,此時(shí)可能觀察到A或G的缺失。嘌呤含量越高,就越容易發(fā)生這種情況。
(6). 不完全的脫保護(hù)結(jié)果。通常C脫得快,G脫得慢。不完全脫保護(hù)會(huì)發(fā)生堿基缺失。
(7). 合成過程中的Capping(蓋帽)反應(yīng)不完全,使短片段DNA繼續(xù)參與合成,造成堿基缺失。 應(yīng)該說,上述這些情況發(fā)生的可能性都極低。然而,合成的DNA鏈越長,發(fā)生這種情況的機(jī)率也就越大。
A-11.(1). 因?yàn)橐锛兌炔豢赡苁?00%,因此,挑選克隆時(shí),有可能挑選了雜質(zhì)引物擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物的克隆。此時(shí),請重新挑選一個(gè)克隆測序,也許結(jié)果會(huì)變好。
(2). 如果挑選2 ~ 3個(gè)克隆測序情況還沒改觀,我們會(huì)免費(fèi)重新合成引物。
A-12.(1). 表達(dá)實(shí)驗(yàn)之前一定要對DNA序列進(jìn)行驗(yàn)證,這是實(shí)驗(yàn)的常識(shí)。
(2). 我們可以免費(fèi)重新合成引物。
(3). 如進(jìn)行索賠時(shí),按國際行業(yè)慣例,索賠范圍限于制品價(jià)格范圍之內(nèi)。
A-13.(1). 合成Oligo DNA時(shí),選用高純度級(jí)制品。
(2). 避免使用大于50mer的長鏈Oligo DNA,最好選用小于35mer的合成DNA制品。
(3). 進(jìn)行克隆實(shí)驗(yàn)時(shí),每次克隆都須進(jìn)行測序驗(yàn)證,以保證序列的正確性,然后再進(jìn)行進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)。進(jìn)行蛋白表達(dá)實(shí)驗(yàn)時(shí),尤其需要注意。
A-14.以每步反應(yīng)效率為99%進(jìn)行計(jì)算,粗略計(jì)算合成到100個(gè)堿基時(shí),目的DNA片段的比例便為0 (精確數(shù)為37.0%),要想保證合成DNA的堿基100%正確,Oligo DNA的長度最好不要超過70mer,80mer以上要想保證一個(gè)堿基不錯(cuò)就非常危險(xiǎn)了,須十分注意。
A-15.沒有,5'和3'末端均為-OH基。如需要加Q,訂貨時(shí)請?zhí)貏e注明,此時(shí)需收取加Q (Q修飾) 的費(fèi)用。
A-16.PCR反應(yīng)失敗的原因很多,可以從以下幾個(gè)方面考慮。
(1). 引物和模板是否配對,同源性有多大?
(2). 引物本身是否有立體結(jié)構(gòu),或者二條引物之間是否形成高次結(jié)構(gòu)?
(3). PCR反應(yīng)用試劑是否能正常工作?
(4). PCR儀是否工作正常?
(5). PCR反應(yīng)條件是否合適?
【公司簡介】
北京擎科生物科技有限公司(Tsingke Biotechnology Co., Ltd.)是一家為生命科學(xué)領(lǐng)域提供技術(shù)服務(wù)及產(chǎn)品的國家高新技術(shù)企業(yè)。公司深耕于基因合成技術(shù)及其上下游產(chǎn)品的開發(fā)應(yīng)用,業(yè)務(wù)范圍涵蓋生命科學(xué)服務(wù)及產(chǎn)品、工具酶及合成生物學(xué)產(chǎn)品、生物制造CRO/CDMO開發(fā)與生產(chǎn)服務(wù)三大方向。公司肩負(fù)推動(dòng)生物科技發(fā)展、讓世界更美好的使命,秉承品質(zhì)、創(chuàng)新、共贏、奮斗的價(jià)值觀,始終將行業(yè)需求作為公司的導(dǎo)向,為客戶提供基因測序、DNA/RNA合成、分子生物學(xué)試劑、合成儀等儀器設(shè)備、化學(xué)合成原材料以及多種科研項(xiàng)目服務(wù)。
作為基因合成領(lǐng)域的佼佼者,經(jīng)過多年的數(shù)據(jù)和經(jīng)驗(yàn)積累,專注于合成生物學(xué)研發(fā)及應(yīng)用平臺(tái)搭建,形成了完整的基因合成產(chǎn)業(yè)鏈和完善的服務(wù)體系,業(yè)務(wù)覆蓋全國并延伸至美國、德國等多個(gè)海外國家和地區(qū),累計(jì)為全球約12萬用戶提供服務(wù)與產(chǎn)品。
作為國家高新技術(shù)企業(yè)、北京市知識(shí)產(chǎn)權(quán)試點(diǎn)單位,擎科生物注重自主研發(fā)的同時(shí),通過多領(lǐng)域?qū)I(yè)人才的引進(jìn),不斷發(fā)展和完善核心技術(shù)創(chuàng)新研發(fā)體系。參與多項(xiàng)國家及省部級(jí)科技研發(fā)項(xiàng)目,同時(shí)參與制定了國家及行業(yè)相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)。自公司成立以來,先后與天津大學(xué)、浙江工業(yè)大學(xué)、天津工業(yè)生物技術(shù)研究所等多家高校和科研院所進(jìn)行戰(zhàn)略合作,并與知名院士團(tuán)隊(duì)共建生物技術(shù)聯(lián)合創(chuàng)新中心,進(jìn)行校企合作、培育行業(yè)人才,實(shí)現(xiàn)產(chǎn)學(xué)研一體化,引領(lǐng)合成生物學(xué)的創(chuàng)新發(fā)展。
擎科生物致力于為從事生命科學(xué)研究的科研人員及企事業(yè)單位提供高質(zhì)量、本地化的生物技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品,公司已通過CNAS質(zhì)量體系認(rèn)證,擁有符合生物醫(yī)藥診斷標(biāo)準(zhǔn)的10萬級(jí)潔凈生產(chǎn)車間和自動(dòng)化生產(chǎn)設(shè)備,以及超過12000m2的創(chuàng)新研發(fā)中心。截至2020年11月,擎科生物擁有91項(xiàng)專利及核心技術(shù),其中40多項(xiàng)發(fā)明專利,使用擎科生物服務(wù)和產(chǎn)品客戶發(fā)表文章累計(jì)超過3100篇,影響因子累計(jì)超過1萬。
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