Visium空間基因表達(dá)解決方案

ZVisium空間基因表達(dá)解決方案不僅可以檢測(cè)帶有空間分辨的全轉(zhuǎn)錄組表達(dá)，同時(shí)還可以捕獲相同組織切片中的組織學(xué)信息，并且可以將基因表達(dá)譜映射回組織原始的位置。

服務(wù)類別：	測(cè)序/合成	總訪問：	264
最后更新：	2023-4-20	半年訪問：	25
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基因表達(dá)·空間位置可視化

細(xì)胞在組織樣本中相對(duì)的位置關(guān)系對(duì)于理解疾病病理學(xué)至關(guān)重要。Visium空間基因表達(dá)解決方案不僅可以檢測(cè)帶有空間分辨的全轉(zhuǎn)錄組表達(dá)，同時(shí)還可以捕獲相同組織切片中的組織學(xué)信息，并且可以將基因表達(dá)譜映射回組織原始的位置。

該解決方案為癌癥，免疫生理學(xué)，神經(jīng)科學(xué)，發(fā)育生物學(xué)等領(lǐng)域的研究提供組織和基因表達(dá)復(fù)雜性的新視角。

VAisium空間基因表達(dá)解決方案主要原理

用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域（6.5x6.5mm），每個(gè)捕獲區(qū)域含有5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcoded spots），直徑為55 μm，（兩點(diǎn)之間中心的距離為100 μm），每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)獨(dú)特的條形碼序列。當(dāng)RNA從組織切片的細(xì)胞中釋放出來后，遷移到每個(gè)點(diǎn)的RNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的條形碼序列，然后進(jìn)行文庫構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。接下來，根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分配，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個(gè)位置。最終實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。

Visium空間基因表達(dá)解決方案工作流程

Visium空間基因表達(dá)解決方案送樣要求

新鮮冷凍的組織（目前已經(jīng)測(cè)試的物種包括：人，小鼠，大鼠）

Visium空間基因表達(dá)解決方案技術(shù)優(yōu)勢(shì)

➤  將空間分辨的全轉(zhuǎn)錄組分析與形態(tài)學(xué)背景相結(jié)合，補(bǔ)充單細(xì)胞基因表達(dá)在空間信息上的空白
➤  通過繪制所有基因活動(dòng)發(fā)生的位置，獲得疾病復(fù)雜性的完整視圖
➤  通過無偏分析發(fā)現(xiàn)新的目標(biāo)

Visium空間基因表達(dá)解決方案研究領(lǐng)域

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Visium空間基因表達(dá)解決方案結(jié)果展示

圖小鼠大腦空間分率的表達(dá)及聚類

A.對(duì)小鼠大腦切片進(jìn)行H＆E染色，成像，然后通過10x Genomics公司 visium空間基因表達(dá)解決方案工作流程進(jìn)行處理;
B.展示了含有UMI計(jì)數(shù)的數(shù)據(jù)與組織空間位置的圖像疊加;
C.總基因計(jì)數(shù);
D.基于總差異表達(dá)基因的空間 naive聚類( spatially naive clustering)。最右邊顯示了相比于其他細(xì)胞義，在細(xì)胞族4(綠色)中高表達(dá)的基因

圖小鼠大腦中空間分辨率的基因表達(dá)

AH＆E染色小鼠冠狀腦組織切片;基因 Selena(B)和基因Tmsb4x(C)的空間mRNA表達(dá)為大腦中已知的表達(dá)模式，主要在海馬體中表達(dá)。圖中結(jié)果顯示了這兩個(gè)基因在海馬體中有顯著表達(dá)，井且與已知的表達(dá)模式一致(注意・點(diǎn)大小不是按比例縮放)。

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